Forskningsingenjör inom bioinformatik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av arbetsplatsen
Forskargruppen Kardiovaskulär forskning Translationella studier bedrivs forskning inom kardiovaskulär sjukdom med fokus på biologiska skillnader som ligger till grund för hjärtinfarkt och stroke.

Verksamheten är lokaliserad på CRC i Malmö.

Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet.  

Arbetsuppgifter och ansvarsområden
Vi söker en motiverad forskningsingenjör på master-nivå inom bioinformatik till ett projekt i världsklass som arbetar med att identifiera underliggande biologiska orsaker till komplikationer av åderförkalkning, en av de vanligaste dödsorsakerna globalt.

Projektet bygger på en världsunik human vävnadsbiobank med ett mycket stort antal åderförkalkningsplack där vi studerar skillnader i biologiska processer såsom metabola mönster, cellfenotyper, inflammation och extracellulärmatrix, som ligger till grund för akuta komplikationer av åderförkalkning. Projektet använder även andra stora humana kohorter som har bilddiagnostik, RNA-sekvensering, GWAS och kliniska uppföljningsdata. Projektet bygger även på nära samarbeten med andra starka grupper i internationellt välkända miljöer (till ex Oxford, Amsterdam och Mayo kliniken i USA).

Som forskningsingenjör kommer du att arbeta i direkt samarbete med Prof Goncalves och docent Edsfeldt och i nära samarbete med övriga gruppmedlemmar. Gruppen består av 15 personer (inklusive sjuksköterskor, biomedicinska forskare, postdoktorer och doktorander) och är en del av LUDC där det finns ett stort intresse för diabetes associerade kardiovaskulära komplikationer. På grund av den växande mängden data och möjliga mål som genereras kommer forskningsingenjören att vara avgörande för oberoende målvalidering och analyser av data. Den förväntas att självständigt kunna initiera, planera, utföra och tolka analyser av data, handleda yngre kollegor och presentera publikationer samt vid internationella möten.

Den sökande skall ha intresse för och viss erfarenhet av genetiska studier och/eller maskininlärning och kommer att ansvara för att utveckla och implementera bioinformatiska analyser och verktyg för att främja forskningsprojektet. Detta innebär analysering och tolkning av storskaliga genetiska och bilddiagnostiska data, identifiering av genetiska varianter samt identifiering av biomarkörer och molekylära mekanismer som ligger till grund för åderförkalkning och som kan användas för att prediktera kardiovaskulära komplikationer.

Kvalifikationer

För anställningen krävs:

• Masters examen i bioinformatik, beräkningsbiologi, genetik eller ett närliggande område.
• Kännedom och viss erfarenhet av att analysera transkriptomik (bulk, singel cell och spatial RNA-sekvensering), bilddiagnostik (histologiska färgningar, ultraljud och datortomografi-bilder), genetik (SNP-analyser, exomsekvensering och WGS) och epigenetik (metyleringsanalyser, ChIP-sekvensering och ATAC-sekvensering) samt proteomik.
• Utmärkt analytisk förmåga och förmåga att lösa problem.
• Programmeringskunskaper i Python eller Java.
• Goda kunskaper om statistiska analyser i R eller SPSS.
• Erfarenhet av att skriva vetenskapliga manuskript för publicering.
• Utmärkt kommunikationsförmåga samt förmåga att självständigt arbeta. Det är också viktigt att kunna samarbeta i en grupp. 
• Flytande engelska (tal och skrift)

Meriterande för anställningen är:

• Beprövad erfarenhet av att utveckla/tillämpa maskininlärning inom medicinsk forskning.
• Erfarenhet av att handleda andra studenter.

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper. Arbetsuppgifterna kräver att du är flexibel, innovativ, social och intresserad av internationella samarbeten, noggrann och dokumenterar väl.

Övrigt
Anställningen är en särskild visstidsanställning på heltid under ett år med startdatum 2023-06-01 eller enligt överenskommelse. Det finns möjlighet till förlängning av denna tjänst. 

Instruktioner för ansökan

Ska innehålla:

Ett brev (max 2 sidor) där du beskriver varför du är intresserad, hur du uppfyller kvalifikationer (ink tidigare självständiga projekt och tekniska färdigheter), dina forskningsintressen och framtida karriärplaner. CV– ink namn och kontaktinformation till två tidigare handledare. Komplett publikationslista. Kopia av examensbevis.