Doktorand i beräkningsbaserad biofysikalisk kemi

Beskrivning av arbetsplatsen 

Forskningen vid avdelningen för Biofysikalisk kemi omfattar studier av biomolekylära interaktioner, struktur och dynamik, med syftet att förstå biologiska system och processer på molekylär nivå. Tyngdpunkten ligger på experimentella och teoretiska studier av de fysikaliska egenskaperna hos proteiner i lösning.  

Avdelningen för Biofysikalisk kemi ingår i enheten Centrum för molekylär proteinforskning (CMPS, Center for Molecular Protein Science), som erbjuder en mycket kreativ miljö som möjliggör ledande forskning. Inom CMPS är vi stolta över att vara hemvist för flera prestigefyllda forskningsanslag, för närvarande inkluderar dessa 1 ERC-Consolidator, 1 ERC-Advanced, 1 ERC-Synergy och 3 projektanslag tilldelade av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. CMPS består av forskargrupper med kompetens inom en rad biokemiska och biofysikaliska metoder (se: https://www.cmps.lu.se) och erbjuder därmed en utmärkt lärmiljö för doktorander och postdocs. 

Den aktuella tjänsten är knuten till forskargrupperna ledda av professor Mikael Akke och docent Pär Söderhjelm och finansieras av ett projektbidrag från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Projektet innebär ett samarbete mellan forskargrupper som representerar kompletterande expertis inom biofysikaliska metoder: Mikael Akke (NMR-spektroskopi), Pär Söderhjelm (molekyldynamiksimuleringar och beräkningskemi) och Sara Linse (ytplasmonresonans) vid Lunds universitet samt Erik Lindahl (molekyldynamiksimuleringar och beräkningskemi) vid Stockholms universitet. Projektet behandlar sambandet mellan konformationsdynamik, energetik och allosteri i proteiner. 

Ämnesbeskrivning 

I detta doktorandprojekt kommer du att lära dig att använda avancerade simuleringsmetoder för att kartlägga det konformationella energilandskapet för ett protein bundet till olika ligander. Du kommer att undersöka dynamiken och göra beräkningsmässiga förutsägelser som kan testas experimentellt för att förbättra förståelsen av allosterisk reglering och därmed lägga grunden för nya typer av rationell läkemedelsutveckling. 

Arbetsuppgifter 

Doktorand i biofysikalisk kemi. 
Arbetet innebär att sätta upp simuleringsmodeller av proteinsystem, utforma strategier för storskalig konformationssampling av systemen, implementera dessa strategier på högpresterande datorkluster, utveckla nya analysmetoder och slutligen använda dessa metoder för att få en bättre förståelse för det specifika systemet samt allosterisk reglering i allmänhet. 

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna ingår det även medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden. Avdelningen ansvarar för kurser i fysikalisk kemi, NMR-spektroskopi och biofysikalisk kemi. 

Arbetet innefattar också deltagande i workshops och konferenser för att presentera din forskning och lära av andra. 

Behörighet 

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har 

• avlagt examen på avancerad nivå eller  
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller 
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. 

Kraven på särskild behörighet för biofysikalisk kemi uppfyller den som har: 

• en civilingenjörsexamen eller annan jämförbar examen med betydande inslag av matematik, molekylära vetenskaper och livsvetenskaper. Beroende på doktorandens forskningsprojekt kan kurser på avancerad nivå i fysikalisk kemi, biofysikalisk kemi, beräkningskemi, proteinvetenskap och/eller molekylärspektroskopi krävas. Slutligen måste studenten bedömas ha potential att genomföra utbildningen. 

Övriga krav: 

• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift. 
• Mycket god skriftlig och muntlig kommunikationsförmåga. 

Bedömningsgrunder 

Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas: 

1. Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet. 
2. Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem. 
3. Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation. 
4. Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet. 

Övriga meriter: 

• Erfarenhet av beräkningskemi, särskilt molekyldynamiksimuleringar av biomolekylära system. 
• Kunskap i statistisk mekanik och/eller biofysikalisk kemi. 
• God molekylär förståelse. 
• Erfarenhet av avancerade beräkningsmetoder, såsom Markov state modelling och Transition path sampling. 
• Förståelse av experimentella tekniker såsom protein-NMR-spektroskopi. 

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen. 
 

Vi erbjuder 

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. 
Komplettera gärna med ev. ytterligare fördelar. 
Läs mer på universitets webbplats om att Jobba hos oss. https://www.lu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss 
 

Övrigt 

Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§. 

Så här söker du 

Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande (inklusive kopior av betyg) en kopia av master-uppsats eller examensarbete (pdf), samt övrigt som du önskar åberopa (uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.). 
 

Välkommen med din ansökan!