Bioinformatiker/dataingenjör vid LUDC - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av arbetsplatsen
LUDC är ett av de största diabetesforskningscentren i världen med cirka 300 forskare och anställda som arbetar för förbättrad diagnostisering, prevention och behandling av diabetes. Centret kombinerar expertis inom genetik, epidemiologi, statistik, bioinformatik, molekylär- och cellbiologi, fysiologi och klinisk diabetes och endokrinologi för att uppnå dessa mål.

Ett centralt tema för LUDC är att utveckla precisionsmedicin för att förbättra hälsan och livskvaliteten för diabetespatienter. Tjänsten som dataingenjör/bioinformatiker är förlagd inom forskargruppen Diabetes och kardiovaskulär sjukdom som leds av professor Marju Orho-Melander och är placerad vid Clinical Research Centre (CRC) i Malmö.

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra, och strävar efter en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare. Vi arbetar ständigt med att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare. Vi värnar både om den fysiska säkerheten och psykosociala arbetsmiljön.

Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss.

Arbetsuppgifter
Vi söker en kvalificerad kandidat som kommer vara central för den fortsatta utbyggnaden av avancerad data-analys/bioinformatik inom bl.a. tarmens mikrobiota, genetik, kost, läkemedel och metaboliter och dess betydelse för kardiometabola sjukdomar inom ramen för professor Marju Orho-Melanders forskargrupp Diabetes och kardiovaskulär sjukdom- genetisk epidemiologi.

Projektet kommer främst att fokusera på att undersöka sambanden mellan tarmflora, genetik, kost, läkemedel och metaboliter och risken för framtida diabetes och hjärtkärlsjukdomar i befolkningsbaserade- och interventionsstudier.

Vi förväntar oss att sökanden är en erfaren dataingenjör/bioinformatiker som kan analysera stora komplicerade dataset med hjälp av avancerade analysmetoder, som kan sammanfatta och presentera resultaten i en reproducerbar rapport inklusive publikationsfärdiga tabeller och figurer, samt bidra till artikelskrivande.

Kvalifikationer

 Krav för anställningen är:

• Magister- eller doktorsexamen i bioinformatik, biostatistik, biofysik eller närliggande område, eller civilingenjörsutbildning i datavetenskap/teknisk matematik eller motsvarande, med en dokumenterad meritlista inom dataanalys, programmering och numeriska simuleringar samt gedigen erfarenhet av programmering
• En bevisad meritlista i att tillämpa kvantitativa metoder för dataanalysuppgifter och programmering samt högpresterande beräkningar
• Gedigna kunskaper och erfarenheter av programmeringsspråk som R och/eller Python.
• Kunskap och erfarenhet av maskininlärning och numerisk modellering
• Kunskap och erfarenhet av versionskontroll och kontinuerlig integration (t.ex. Git, GitHub)
• Kunskap och erfarenhet av efterbearbetning, datavisualisering och presentation (t.ex. LaTeX)
• God samarbetsförmåga i ett tvärvetenskapligt team
• Självgående, flexibel och kan arbeta självständigt på ett väldokumenterat sätt, att hantera flera projekt parallellt samt att prioritera och hålla deadlines
• Personliga egenskaper: vi vill se individer som har hög motivation, lätt att ta initiativ, är flexibla och detaljorienterade, samt har god kommunikationsförmåga
• Dokumenterad muntlig och skriftlig språkfärdighet i engelska

Meriterande för anställningen är:

• Doktorsexamen i datavetenskap, bioinformatik, biostatistik, biofysik eller närliggande område
• Flera års forskningserfarenhet
• Kunskap om nästa generations sekvenseringspipelines och erfarenhet av att analysera och stora biologiska datamängder
• Erfarenhet av att använda vanliga bioinformatiska verktyg och statistiska metoder (t.ex. DESeq, edgeR, GATK, PLINK, STAR, BWA, Salmon, Kallisto)
• Erfarenhet av webbaserade bioinformatikverktyg och offentliga biologiska databaser.
• Erfarenhet av att analysera stora mikrobiomdataset på art- (t.ex. meta-genomiska artantal och förekomster) och gennivå (t.ex. uttryck av funktioner i termer av KEGG-ortologer), samt erfarenhet av att genomföra utforskande, hypotestestande och hypotesgenererande analyser
• Erfarenhet av metabolomik, genetisk epidemiologi, pathway-analys och kardiometabolisk sjukdom

Villkor
Anställningen är en tillsvidareanställning och avser heltid. Preliminärt startdatum är 2024-02-01 eller enligt överenskommelse. Provanställning på 6 månader tillämpas.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla ett personligt brev, CV, publikationslista och uppgifter till 3 referenser.

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.