Postdoktor i bioinformatik

Forskargruppen för cancerepidemiologi och stålning
Våra studier syftar till ökad kunskap om hur samverkan mellan våra gener, livsstil, kroppsform påverkar bröstcancerrisk samt hur samverkan mellan dessa faktorer och tumör samt tumörmarkörer är kopplade till prognos i olika behandlingsgrupper av bröstcancerpatienter. Vi använder ett integrerat synsätt där vi kombinerar information från enkäter, kroppsmått, tumörvävnad, blodprover, genotyper, journal med register för optimal uppföljning. Vi använder både publika databaser egna kohorter och mekanistiska studier för att belysa om de samband vi finner i patientmaterialen har en kausal koppling till exponeringen. Data från både egna och publika kohorter används och analyseras med statistiska och bioinformatiska metoder. Vi har tidigare rapporterat om hur vanliga livsstilsfaktorer som kaffe, rökning och alkohol är kopplat till bröstcancerprognos i olika behandlingsgrupper, men mer forskning krävs. Inom gruppen bedrivs också vidareutbildningskurser för läkare, sjuksköterskor och röntgensjuksköterskor inom strålbehandling och i allmän onkologi. Vid forskargruppen finns forskande och undervisande personal, stödpersonal som forskningssköterskor och laboratoriepersonal samt doktorander och masterstudenter.  Verksamheten bedrivs i samarbete med anställda vid Region Skåne och är placerad vid Kampradhuset SUS/Lund.

Vi söker nu en postdoktor för en tidsbegränsad anställning på heltid med tillträdesdatum 2024-07-01 eller enligt överenskommelse.

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra. Vi arbetar ständigt för att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare.

Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. 

Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet Jobba hos oss

Arbetsuppgifter
Statistiska och bioinformatiska analyser av genetiska data från egna och publika bröstcancerkohorter är en stor del av gruppens analyser. Vi har nu projekt där vi analyserar data med kopplingar mellan neuroonkologi och bröstcancer. Vi är mitt uppe i translationella projekt där bröstcancerceller från olika subtyper av bröstcancer bestrålas och där vi utvärderar hur effekten av strålbehandlingen påverkas av andra faktorer såsom andra läkemedel, kosttillskott, dietfaktorer, upp- och nedreglering av targetprotein. Mekanistiska data från cellförsöken kombineras med data från tumör mikro array (TMA) där proteinuttrycket evalueras i brösttumörer, både maligna celler och stroma.

• Arbetsuppgifternas fokus inom denna aktuella anställning är på bioinformatiska analyser av genetiska och genomiska data från stora bröstcancerkohorter.
• Våtlabbsanalyser, cellodling och utvärdering av olika behandlingar av bröstcancerceller.
• Evaluering av immunohistokemiskt färgad tumörvävnad.
• Handledning av studenter på olika nivåer såsom T5 och T10 från tex läkarlinjen inom statistiska och bioinformatiska metoder.
• Se över frysar med prover och vid behov flytta till reservfrys.

Kvalifikationer

För anställningen krävs:

• Doktorsexamen med bakgrund inom biomedicin med fokus på onkologi, molekylärbiologi, molekylär medicin el jämförbart ämnesområde. 
• Mastersexamen inom bioinformatik och cancer.
• Erfarenhet från både bröstcancer och neuroonkologi, såsom hjärntumörer eller neurodegenerativa sjukdomar.
• Gedigen erfarenhet av att självständigt analysera data med olika typer av bioinformatiska metoder.
• Gedigen erfarenhet av publika databaser såsom TCGA, METABRIC, PantherDB, Reactome, mfl.
• Dokumenterad erfarenhet av att handleda inom bioinformatik.
• Erfarenhet av sammanställning av resultat med hjälp av analysprogram och programmering i tex R, Bash/Shell Scripts, Python, Latex, Matlab.
• Erfarenhet av sammanställning av publicerbara bilder tex Illustrator, Inkscape, Biorender.
• Erfarenhet av överlevnadsanalyser, korrelations analyser, Pathway analyser, Differential Gene Expression Analyser, Gene set enrichment analyser, Gene signature analysis and scoring, Gene co-expression analysis, Clustering analys (PCA, UMAP, tSNE), RNAseq analys, Reconstruction of transcriptional networks.
• Gedigen erfarenhet av våtlabb, utföra mekanistiska studier inom bröstcancer, Cellkultur (2D & spheroid) Flödescytometri Immunoflouroscens färgning och evaluering, (2D, spheroid, patient tumor tissue), Image based quantification, Western blot, Konfocal mikroskopering, DNA och RNA prep, Sample prep, hypoxisk konditionering.
• God kännedom om Microsoft office mjukvarupaket, word, excel.
• Mycket god förmåga att kunna kommunicera på engelska i tal och skrift samt skriva manuskript inför publikation.
• Förmåga att arbeta välplanerat och effektivt med nyfikenhet på att lära sig nya saker.
• Förmåga att kunna leverera resultat inom en satt deadline.

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet som bedöms genom intervjuförfarande och inhämtande av referenser från tidigare arbetsgivare och kursledare.

Villkor
Anställningen är tidsbegränsad till två år och avser heltid, med möjlighet till förlängning med upp till ett år. Preliminärt startdatum är 2024-07-01 eller enligt överenskommelse. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter (Arbetsgivarverket, OFR-S, Saco-S och SEKO) daterat 2021-11-19.

Så här söker du
Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller kvalifikationskraven samt varför du är intresserad av anställningen. Ansökan ska även innehålla CV, inklusive publikationslista, en generell beskrivning av tidigare forskningsarbete, kopia av doktorsexamen samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av examensbevis, betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.)

Institutionen för kliniska vetenskaper i Lund (IKVL) är en av sex institutioner vid medicinska fakulteten, Lunds universitet. Institutionen har ett brett samarbete, såväl inom fakulteten som inom andra enheter vid universitet. IKVL har även ett väl utvecklat samarbete med Skånes universitetssjukhus (SUS) och Region Skåne samt det omgivande samhället och näringslivet. Detta för att främja klinisk och experimentell translationell forskning, utveckling och utbildning.