Doktorand i teoretisk fysik med inriktning mot beräkningsbiologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Doktorandtjänst för utveckling av beräkningsmodellering inom systembiologi och maskininlärningsmetoder med tillämpningar inom precisionsmedicin.

Arbetsuppgifter

Doktoranden kommer att arbeta med tvärvetenskapliga projekt som syftar till att utveckla maskininlärningsmodeller för medicinskt beslutsstöd tillsammans med systembiologiska metoder för att kontrollera cell öde beslut. Arbetet kommer att bedrivas i samarbete med flera experimentella partners. Systembiologiprojekten kommer att involvera encellig RNA-sekvensdataanalys tillsammans med utveckling och tillämpning av beräkningsmodeller för genreglerande nätverk som styr cell öde beslut. Syftet är att göra modellförutsägelser som leder till förbättrad cellomprogrammering till olika typer av hjärnceller och stamceller. Beräkningsmodellerna är multi-level och multi-scale och inkluderar olika nivåer av cellreglering både i enskilda celler och i cellpopulationer.

Doktoranden kommer också att arbeta med ett tvärvetenskapligt projekt där maskininlärning och hyperspektral tumörsbilder kombineras för att erhålla personlig hudtumörklassificering och avgränsning. Syftet är att uppnå in vivo, automatiska, exakta förutsägelser av 3D-tumörgränser. Kandidaten kommer att utveckla maskininlärningstekniker inklusive modeller och aktiva konturalgoritmer kombinerade med bildsegmenteringsalgoritmer för att förutsäga den faktiska storleken och typen av tumören från olika typer av bild-data.

Forskningen kommer att utföras inom Computational Biology and Biological Physics (CBBP) och handledare kommer att vara Victor Olariu Ahnell.

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna ingår det även medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden.

Behörighet
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har

• avlagt examen på avancerad nivå
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, med innehåll som är relevant för forskarutbildningen
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för teoretisk fysik med inriktning mot beräkningsbiologi uppfyller den som har:

• genomgått en utbildning på grundläggande nivå inom fysik, biomedicinska ämnen, kemi, matematik, reglerteknik eller datavetenskap, och därutöver minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inom bioinformatik, beräkningsbiologi, datorprogrammering eller närliggande områden, d.v.s. totalt minst fyra års högskoleutbildning (240 högskolepoäng).

Övriga krav:

• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.
• Utmärkta programmeringskunskaper.

Bedömningsgrunder
Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

1. Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.
2. Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
3. Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
4. Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Övriga meriter:

1. Stort intresse för systembiologi och goda kunskaper om algoritmutveckling och programmering krävs. Tidigare erfarenhet av att samarbeta med experimentella grupper, encellig RNA-seq dataanalys och utveckling av beräkningsmodeller baserade på experimentella data är meriterande.
2. Erfarenhet av att utveckla metoder för maskininlärning tillsammans med erfarenhet av klassificeringstillämpningar är också meriterande.
3. Kandidaten ska ha erfarenhet av att framgångsrikt arbeta självständigt och i team.
4. Kandidaten ska ha utmärkt skriftlig och muntlig kommunikationsförmåga.
5. Förmåga att utveckla beräkningsmodeller från grunden.
6. Grundläggande cellbiologikunskaper.
7. Erfarenhet från tvärvetenskaplig forskning är meriterande. Förmåga att kommunicera både med våt-labbforskare och kirurger är viktig.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor
Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).