Bioinformatiker inom mikrobiell genkontextanalys

Beskrivning av arbetsplatsen

Senior lecturer Gemma Atkinson är forskargruppsledare för forskargruppen Proteinevolution vid Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap, Lunds universitet. Hennes forskargrupp arbetar med beräkningsbaserad sekvens- och strukturanalys av mikrobiella genom och proteiner.

Projektbeskrivning 

Vi har sammanställt hundratusentals bakteriella genom med profager som döljer sig i genomet. Vi behöver identifiera dessa profager med hjälp av beräkningsmetoder och karakterisera de proteiner som de kodar för. Projektet kommer att omfatta aktiviteter såsom att identifiera hotspots för genetisk diversitet, förutsäga nya försvarsmekanismer mellan fager, samt genomföra fylogenetiska analyser av profagproteiner.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension.

Vi har även ett flextidsavtal som skapar goda förutsättningar för balans mellan arbete och fritid. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss. 

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

En anställning som bioinformatiker är tänkt som ett inledande steg i karriären och som en möjlighet att ytterligare fördjupa och bredda forskningskompetens. Dina arbetsuppgifter kommer att vara: bioinformatisk kartläggning och klassificering av fager och antiphagförsvar som är kodade i bakteriella genom, utveckling och underhåll av webbaserade portaler som presenterar resultaten av dina analyser, samt samarbete med experimentalister som kommer att testa dina prediktioner i laboratoriet.

Kvalifikationer

Krav för anställningen är:

• Den framgångsrika sökanden bör inneha en kandidat- eller magisterexamen inom teknisk eller naturvetenskaplig inriktning såsom ingenjörsutbildning eller inom bioinformatik/molekulärbiologi.
• Kompetens inom de nyckelapproacher som ska användas i detta tvärvetenskapliga projekt: i) mycket goda kunskaper i programmering i Python, ii) tidigare erfarenhet av fylogenetik och molekylär evolution samt iii) mycket god kännedom om den svenska nationella beräkningsinfrastrukturen.
• En publikationshistorik i internationella tidskrifter.
• Kunskap om fagbiologi, med särskilt fokus på antiphagförsvarssystem
• Behärskning av talad och skriven engelska.
• Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper. Arbetsuppgifterna kräver att du är både strukturerad i ditt arbete och självgående.

Meriterande för anställningen är: 

• Förtrogenhet med experimentella tekniker såsom molekylär kloning, fagisolering och tester av antiphagförsvar.

Övrigt

Anställningen är en särskild visstidsanställning under ett år på 100 procent med önskat startdatum den 2026-06-22 eller enligt överenskommelse. 

Så här söker du

Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan ska även innehålla CV och ett examensbevis.

Mer information om Medicinska fakulteten