Denna annons är inte tillgänglig!
Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 47 000 studenter och mer än 8 800 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.
Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.
Arbetsuppgifter - Genetisk diversitet inom malaria infektioner
När man försöker att förstå utfall av värd-parasit-interaktioner är det oftast den genetiska variationen hos värd-individerna som har studerats. Mindre hänsyn har tagits till den genetiska variationen av de patogener som utgör infektionerna och hur denna variation påverkar hur sjuk värd-individen blir. När en värd blir infekterad av en patogen så startar sällan infektionen av en enda patogen "individ" utan av ett flertal patogen, dvs. en patogen population, som kan bestå av genetiskt olika "individer". När patogenerna väl har invaderat värden kan olika genetiska varianter av patogen nå olika framgångar. Vissa kan vara framgångsrika nog att överleva och reproducera i värden medan andra antingen nerkämpas av värdens immunförsvar eller saknar rätt genetiska verktyg för att kunna invadera värdcellerna. Detta doktorandprojekt fokuserar på den genetiska variationen som utgör fågelmalaria-infektioner. Fågelmalaria är släkt till de Plasmodium parasiter som orsakar malaria hos människor, men består av mer än tusen olika arter som kan infektera fåglar både i tempererade och tropiska delar av världen. När en infekterad mygga suger blod från en fågel, sprutar den samtidigt in en mängd haploida malaria-sporozoiter i fågeln. Eftersom sporozoiterna kan vara genetiskt olika kan de också nå olika framgångar när de reproducerar sig i fågeln. Med hjälp av olika NGS-sekvenseringstekniker kan vi nu kvantifiera och undersöka parasiternas haplotyp-population både mellan olika infekterade värdar men också följa hur haplotyp-populationen förändras under en specifik infektion. Vi söker nu en motiverad bioinformatikorienterad doktorand, med bakgrund inom evolutionsbiologi. Syftet med projektet är att utveckla verktyg för att kvantifiera haplotypdiversitet inom och mellan infektioner och tillämpa dessa metoder för att studera 1) om och hur variationen varierar över infektioner inom och mellan individer 2) om variation är relaterad till infektionsutfall 3) Om selektion av haplotyper verkar mellan arter, både under experimentella förhållanden och i naturliga populationer.Kvalifikationer
1. BSc eller MSc i Bioinformatik eller Biologi (med dokumenterad färdighet inom bioinformatik), helst men inte nödvändigt med bakgrund inom evolutionsteori och ekologi.
2. Praktiska färdigheter i; a) UNIX / LINUX, b) hantering av stora dataset genererade genom NGS-sekvensering, c) assemblering och expressionsanalys av transkriptomdata. d) variant calling analyser
3. Vissa färdigheter inom Molekylär laboration
4. En god förståelse av statistik både praktiskt och konceptuellt.
5. Utmärkt Engelska i tal och skrift
6. Villighet att bedriva fältarbete
Behörighet
Bedömningsgrund
Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.
Villkor
Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.
Anställningsform | Tidsbegränsad anställning |
---|---|
Löneform | Månadslön |
Antal lediga befattningar | 1 |
Sysselsättningsgrad | 100 % |
Ort | Lund |
Län | Skåne län |
Land | Sverige |
Referensnummer | PA2018/174 |
Kontakt |
|
Facklig företrädare |
|
Publicerat | 2018-02-02 |
Sista ansökningsdag | 2018-03-10 |