Bioinformatiker till Centrum för translationell genomik (CTG) - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Om forskargruppen
Centrum för Translationell Genomik (CTG) är en prioriterad forskningsinfrastruktur vid Medicinska fakulteteten, Lunds universitet, som ingår i Clinical Genomics-plattformen inom SciLifeLab. Denna syftar bl.a. till att erbjuda translationella och kliniska forskare tillgång till toppmoderna analysmetoder inom genomik och transkriptomik (t.ex. WGS, RNA-seq och nya singelcell-analyser) samt till att snabbt omsätta nya forskningsfynd till klinisk nytta i nära samarbete med hälso- och sjukvården. Lokalt sker detta i tät samverkan med Sektionen för Molekylär Diagnostik vid Region Skåne. Inom CTG finns stor expertis inom den Nya Generationens Sekvenseringsteknologi (NGS), bioinformatik och en rad olika sjukdomsområden, och sett både i ett nationellt och internationellt perspektiv ligger enheten i teknisk framkant med tillgång till mycket kraftfulla sekvenseringsinstrument (t.ex. Illumina NovaSeq 6000). För databearbetning använder centrat ett dedikerat beräkningskluster vid Lunds Universitet.

Som en del i sitt nationella uppdrag ingår CTG och Clinical Genomics Lund även i ett nationellt samarbete för precisionsmedicin; Genomic Medicine Sweden, där utveckling av nya metoder för morgondagens forskning och diagnostik till stor del samordnas med motsvarande sekvenseringsenheter vid landets övriga universitetssjukhus.

Vi utökar nu vår bioinformatikgrupp med en driven och teamorienterad bioinformatiker. Anställningen är en heltidstjänst tidsbegränsad till 1 år med start den 1 januari 2021, eller enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter
Som vår bioinformatiker kommer du att ansvara för aktiviteter relaterade till projektet Genomic Pandemic Preparedness Portfolio (G3P), som är en del av SciLifeLab’s Pandemic Laboratory Preparedness-program.

Utgående från ledande genomik-forskningsinfrastrukturer i Sverige, syftar G3P-projektet till att skapa en kraftfull och nationellt koordinerad beredskap avseende genomikbaserade analysmetoder, tillämpliga på både den nuvarande och framtida virus-orsakade pandemier. De utvecklade metoderna kommer att kunna användas för ett flertal behov beroende på stadiet av pandemin, t.ex. för att övervaka den globala spridningen av olika virusstammar och för att utforma mer riktade och skalbara diagnostiska tester i tidigare skeden eller för att studera potentiella vaccinresistensmutationer i senare stadier.

Inom projektet ansvarar CTG och Clinical Genomics Lund för ett arbetspaket som syftar till att förbättra befintliga SARS-CoV-2 bioinformatik-pipelines (av helgenomsekvenseringsdata baserat på s.k. korta läsningar) samt att utveckla tolkningsverktyg för användarvänlig data-visualisering. Beroende på din bakgrund kan rollen t.ex. komma att innefatta både back- och frontend-design av en webbapplikation för övervakning av virus-agnostisk helgenomdata.

Arbetsuppgifterna kan även innefatta mer generella bioinformatikuppgifter inom faciliteten.

Kvalifikationer
För tjänsten krävs:

• Universitetsexamen från ett relevant område (d.v.s. med bioinformatik eller genomik som grund) eller motsvarande (minst 4 års) arbetslivserfarenhet inom bioinformatik, från näringsliv, sjukvård eller akademi
• Bioinformatisk erfarenhet av att arbeta med sekvenseringsdata (DNA- och/eller RNA-baserade)
• Erfarenhet av att arbeta i en terminalbaserad Linux-miljö och i minst ett skriptspråk (t.ex. Python, Perl eller R)
• Utmärkt förmåga till muntlig och skriftlig kommunikation på engelska

Stor vikt läggs vid personlig lämplighet. Arbetsuppgifterna kräver att du är strukturerad och har en utmärkt förmåga att prioritera i arbetet. Arbetet sker mycket teambaserat – såväl internt som externt - och kräver därför mycket god kommunikations- och samarbetsförmåga. Dessutom behöver du ha förmågan att arbeta självständigt. Vi söker dig som har ett prestigelöst och serviceinriktat arbetssätt.

Meriterande för tjänsten är:

• Grundläggande kunskaper om klinisk och translationell mikrobiologi, med särskilt fokus på virus
• Erfarenhet av att arbeta med back- och/eller front-end av webbdesign (t.ex. Flask eller React)
• Erfarenhet av att arbeta med containrar (t.ex. Singularity eller Docker)
• Erfarenhet av att arbeta med arbetsflödeshanterare för bioinformatik (t.ex. Snakemake eller Nextflow)
• Utmärkt förmåga till muntlig och skriftlig kommunikation på svenska

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller eftersökta kvalifikationer, ett CV samt examensbevis.

Övrigt
Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.