Doktorand i teoretisk kemi (MSCA COFUND projekt PRISMAS) - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

PRISMAS – PhD Research and Innovation in Synchrotron Methods and Applications in Sweden – är ett nytt doktorandnätverk för att utbilda nästa generation av 40 ledande synkrotronexperter och samfinansieras av Horizon Europe MSCA COFUND-programmet.

Som PRISMAS doktorand kommer du att få chansen att bedriva spetsforskning inom ditt område och dra nytta av toppmoderna verktyg som kommer att ge attraktiva, framtida jobbmöjligheter inom akademin eller industrin. Dessutom blir du en del av att utforma framtiden för synkrotronteknologi och instrumentering och använda dessa för att tackla några av de viktigaste globala utmaningarna som världen står inför idag, samtidigt som du skaffar dig tvärvetenskaplig och tvärsektoriell kunskap. Som del av PRISMAS-programmet får du en unik upplevelse i form av en vistelse vid världens första 4:e generationens synkrotron, MAX IV i Lund, Sverige.

Med ett skräddarsytt utbildningsprogram, inklusive kurser för att stärka vetenskaplig och teknisk kompetens samt överförbara färdigheter, får du genom PRISMAS de färdigheter, kunskaper och kompetenser som behövs för att framgångsrikt uppnå din doktorsexamen.

Arbetsplatsen

På avdelningen för teoretisk kemi (Kemiska institutionen, Naturvetenskapliga fakulteten) studerar vi kemiska processer med hjälp av beräkningsmetoder, inklusive kvantkemiska beräkningar och statistisk-mekanik-simuleringar. Syftet är att förstå kemiska system och processer på molekylär nivå, inklusive interaktioner, struktur och dynamik. Arbetet görs ofta i samband med experimentella studier. Avdelningen består för närvarande av nio seniora forskare, fem postdoktorala forskare och elva doktorander.

Gruppen för teoretisk biokemi består för närvarande av fem doktorander och två postdoktorala forskare. Vi studerar proteiner med hjälp av alla tillgängliga beräkningsmetoder, från avancerade kvantkemiska metoder och täthetsfunktional metoder till molekylärmekaniska metoder, molekylära dynamiksimuleringar och fri-energiberäkningar. Gruppen har tre fokusområden: enzymers mekanismer (främst metalloenzymer), t.ex. nitrogenas, lytiskt polysackaridmonooxygenas och partikulär metanmonooxygenas, beräkningar av inbindningsenergier (läkemedelsutveckling) och en kombination av beräkningskemi och experimentella strukturmetoder som röntgen- eller neutronkristallografi, NMR och kryogen elektronmikroskopi (cryo-EM). Flaggskeppet för det senare projektet har varit kvantförfining, en kombination av röntgenkristallografi och kvantmekaniska beräkningar, vilket gör att vi kan förbättra och tolka kristallstrukturer. Gruppen leds av prof. Ulf Ryde (https://www.teokem.lu.se/people/seniors/ryde), som disputerade 1991 och blev professor i teoretisk kemi 2004. Han har publicerat 297 artiklar, har 19 900 citeringar och ett h-index på 76.

Referenser

• J. Bergmann, E. Oksanen, U. Ryde (2022) "Combining crystallography with quantum mechanics", Curr. Opin. Struct. Biol., 72 18-26; http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00374.
• J. Bergmann, E. Oksanen & U. Ryde (2021) "Critical evaluation of a crystal structure of nitrogenase with bound N₂ ligands", J. Biol. Inorg. Chem., 26, 341-353; http://dx.doi.org/10.1007/s00775-021-01858-8.
• L. Cao & U. Ryde (2020) "Quantum refinement with multiple conformations; applications to the P-cluster in nitrogenase", Acta Crystal. D, 76, 1145-1156; http://dx.doi.org/10.1107/S2059798320012917.

Vad vi erbjuder

Lunds universitet är en myndighet vilket innebär att anställda får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets hemsida om hur det är att vara anställd vid Lunds universitet. Förmåner för anställda | Lunds universitet.

MSCA COFUND-projektet PRISMAS erbjuder dig enastående möjligheter och en stimulerande och inspirerande miljö för dig att utföra forskning i framkant. Genom att stödja mobilitet ger projektet dig optimala förutsättningar för att stärka ditt internationella nätverk.

Arbetsuppgifter

Du kommer att utveckla och tillämpa metoder för att kombinera kvantmekaniska beräkningar med tidsupplöst röntgenkristallografi av proteiner.

Röntgenkristallografi har traditionellt varit den främsta källan till strukturell information om biologiska makromolekyler. Sådan information är väsentlig för förståelsen av biomakromolekyler och den är nödvändig för att på ett meningsfullt sätt modifiera dessa molekyler, t.ex. genom mutagenes eller läkemedelsutveckling. Nyligen har utvecklingen av kraftfulla röntgenkällor öppnat möjligheten att samla in serier av strukturer under dynamiska förlopp eller i reaktioner med hjälp av tidsupplöst kristallografi. En utmaning för dessa metoder är att tolka data. Eftersom synkronisering av reaktionen aldrig är perfekt, återspeglar insamlad data normalt en blandning av strukturer, t.ex. reaktionens reaktanter, produkter och intermediater, och det är en utmaning att reda ut vad som verkligen kan ses vid den relativt dåliga upplösningen som man kan uppnå för biomakromolekyler. Normalt tolkas strukturerna som en blandning av tillstånd med fraktionella ockupationstal, med hjälp av empiriska potentialer för att säkerställa att strukturerna är kemiskt relevanta. I praktiken påverkas resultaten av vad kristallografen hoppas att se. Därför finns det ett behov av mer strikta procedurer för förfining av tidsupplösta kristallografiska strukturer. Du kommer att använda det kvantförfiningsmetoden som utvecklats i vår grupp, vilket ger en idealisk lösning för en blandning av flera tillstånd och ger en optimal kompromiss mellan experimentaldata och de kvantmekaniska beräkningarna. När elektrontätheten inte är entydig kommer de kvantmekaniska beräkningarna att ge en opartisk och korrekt tolkning av densiteten. Metoden kommer att kombineras med kinetisk modellering av reaktionen för att ge en opartisk tolkning av strukturen. En viktig del av arbetet är att göra metoderna tillgängliga för alla kristallografianvändare på MAX IV.

En plats i utbildningen innebär att du kommer få tillbringa 3–12 månader vid MAX IV synkrotron i Lund, Sverige. Ytterligare utbildningstid och/eller kortare vistelser kan ordnas i samråd med handledaren för forskningsprojektet. Dessutom kommer du att delta i internationella konferenser och periodiska projektmöten, genomgå utbildningar samt specialiserade kurser vid olika universitet för att komplettera dina kunskaper. Visst resande kommer att förekomma i samband med dessa aktiviteter.

Behörighet

Du måste ha en magister examen, civilingenjör eller motsvarande utbildning inom kemi, fysik, bioinformatik eller liknande.

Praktisk erfarenhet av teoretisk-kemi-metoder (kvantkemi, molekylär dynamik, fri energiperturbering, etc.) och praktisk erfarenhet av kristallografi är meriterande, liksom programmeringskunskaper och kurser inom kvantmekanik, statistisk mekanik, fysikalisk kemi, matematik och kristallografi.

För att vara behörig enligt mobilitetsregeln för MSCA COFUND-programmet, får du inte ha bott i Sverige i mer än 12 månader, med arbete eller studier som huvudsaklig sysselsättning, under perioden 2020-05-02 till 2023-05-01.

Senast vid anställningens start (2023-09-01) ska du ha avklarat kurser om minst 240 hp, varav minst 60 hp är från kurser på avancerad nivå, ha avlagt en magisterexamen eller ha förvärvat motsvarande kunskaper på annat sätt, antingen inom Sverige eller utomlands.

Utöver ovan nämnda kriterier måste du ha fullgjort en utbildning på avancerad nivå inom ett relevant område, till exempel kemi, fysik eller bioinformatik.

Du är behörig för PRISMAS-programmet om du är kvalificerar för en doktorandutbildning, d.v.s. inte redan har en doktorsexamen.

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Tjänsten är på heltid, tidsbegränsad till fyra år med beräknad start 2023-09-01. Antagning till doktorandutbildningen sker vid respektive universitet.

Innehavaren av denna tjänst har en primär skyldighet att framgångsrikt fullfölja sin forskarutbildning som avslutas med en doktorsexamen. En anställning som doktorand kan innehålla viss begränsad undervisning eller annat institutionsarbete på avdelningen för teoretisk kemi. Den maximala mängden sådant arbete är 20%.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.

Tjänsten är på heltid, tidsbegränsad till fyra år med beräknad start 1/9/2023. Antagning till
doktorandutbildningen sker vid respektive universitet.

Ansökan

Ansökan skickas in via Varbi och ska innehålla följande dokument:

CV i Europass-format Ett tvåsidigt följebrev som motiverar ditt intresse för utbildningsplatsen/anställningen, framför dina relevanta kvalifikationer samt din önskade prioritering i det fall du ansöker till flera PRISMAS-tjänster. Minst ett referensbrev Bevis på kunskaper i engelska 3 (lägsta B2-nivå) Kopia av akademiska meriter (inklusive betyg för alla kurser) med bifogad utskrift av examensbevis på engelska, Övriga meriter som du vill åberopa (kontaktuppgifter till referenser, rekommendationsbrev, etc.)

Samtliga dokument ska laddas upp (pdf) i jobbansökningsportalen. Kursintyg och andra dokument på papper ska skannas eller fotograferas före uppladdning.

Bedömningen av din ansökan kommer att baseras på vetenskaplig excellens, din karriärplan och ditt examensarbete samt din forskningserfarenhet, kommunikations- och samarbetsförmåga.

Detaljer om den nya, unika och gemensamma urvalsprocessen för alla PRISMAS-tjänsterna finns här: Så här ansöker du – MAX IV (lu.se)

Kontakt

För mer detaljerad information om tjänsten eller forskningsprojektet, vänligen kontakta:
Prof. Ulf Ryde, Ulf.Ryde@teokem.lu.se

För frågor om urvalsprocessen, vänligen kontakta: prismas@maxiv.lu.se

För frågor om anställningsvillkoren och universitetet, vänligen kontakta:
Mia Hedin, HR administratör, email-adress: mia.hedin@kc.lu.se