Bioinformatiker inom translationell genomik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av arbetsplatsen

Centrum för Translationell Genomik (CTG) är en prioriterad forskningsinfrastruktur vid Medicinska Fakulteten, Lunds Universitet, som även ingår i den nationella Clinical Genomics-plattformen vid SciLifeLab. Clinical Genomics-plattformen erbjuder genomik-baserade spjutspetsmetoder (t.ex. inom singelcell-sekvensering) för translationella och kliniska forskare över hela Sverige, samt bidrar till snabb translation av nya forskningsfynd till klinisk nytta genom ett nära samarbete med hälso- och sjukvården. Enheten är lokaliserad till BMC D14 i Lund och består för närvarande av ett multidisciplinärt team på 14 personer.

Vi söker nu 1-2 drivna och teamorienterade bioinformatiker med intresse för att utveckla och erbjuda forskningsservice i den absoluta frontlinjen inom genomik, transkriptomik och singelcell-sekvensering. Som arbetsplats värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

De huvudsakliga arbetsuppgifterna i tjänsten är dataanalys och databearbetning, samt intern projekthantering, av storskaliga sekvenseringsprojekt baserade på i första hand Illumina-plattformen. Nuvarande service inom faciliteten inkluderar såväl genomik- (t.ex. WGS) och transkriptomik-applikationer (t.ex. RNA-seq), som en rad singelcell-metoder samt spatiell transkriptomik, baserade primärt på 10x Genomics-plattformen.

Beroende på erfarenhet och bakgrund kan tjänsterna innefatta ett eller flera av ovan nämnda metodområden, samt följande arbetsuppgifter:

• Driftsansvar för befintliga bioinformatiska rutiner och flöden
• Utveckling av nya bioinformatiska, flöden och analysmetoder
• Integration av datasystem (för projekthantering och LIMS) för uppnå sömlös och automatiserad dataöverföring från projektinitiering till dataleverans till kund
• Bistå med bioinformatisk expertis i utvecklingsprojekt inom genomik, transkriptomik, och/eller singelcell-sekvensering såsom spatiala metoder mellan CTG och lokala eller nationella samarbetspartners
• Aktivt bidragande i projektmöten med användare av faciliteten samt med vetenskapliga samarbetspartners
• Möjlighet att delta i nationella spjutspetssamarbeten inom genomik och bioinformatik, t.ex. via SciLifeLab och det svenska nationella sekvenserings-inititivet Genomic Medicine Sweden

Kvalifikationer

Krav för anställningen är:

• Fil. Mag eller motsvarande inom relevant ämnesområde (d.v.s. med bioinformatik, genomik, bioteknik eller motsvarande som inriktning)
• erfarenhet av arbete med storskaliga sekvenseringsdata (DNA- och/eller RNA-baserat)
• erfarenhet av att arbeta i en terminalbaserad Linux-miljö
• erfarenhet av att arbeta i minst ett script-språk (t.ex. Python eller JavaScript)
• utmärkt förmåga till muntlig och skriftlig kommunikation på engelska

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Arbetsuppgifterna kräver att du har en utmärkt förmåga till samarbete och kommunikation, en utmärkt förmåga att strukturera och prioritera i arbetet samt utmärkt förmåga att arbeta självständigt och utveckla arbetssätt, även där befintliga rutiner saknas.

Meriterande är:

• doktorsutbildning inom adekvat forskningsområde (d.v.s. bioinformatik, genomik eller motsvarande)
• erfarenhet av att analysera genomikdata
• erfarenhet av arbete med singelcell-sekvensering och/eller spatiala analyser
• erfarenhet av arbete med bioinformatiska ”workflow managers” (t.ex. Nextflow)
• erfarenhet av arbete med ”containers” (t.ex. Singularity eller Docker)
• erfarenhet av samarbete i ett versionshanteringssystem (t.ex. Git)
• erfarenhet av arbete med ”high-performance computing” (HPC)-kluster
• erfarenhet av arbete med, eller själv ha utvecklat, projekthanteringssystem och/eller databaser

Övrigt

Anställningen är en tillsvidareanställning på heltid med tillsättning den 1 september 2023 eller snarast enligt överenskommelse. Provanställning på 6 månader kan komma att tillämpas.

Så här söker du:

Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller kvalifikationskraven samt varför du är intresserad av anställningen. Ansökan ska även innehålla CV, inklusive publikationslista, en generell beskrivning av tidigare forskningsarbete, kopia av doktorsexamen samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av examensbevis, betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.)