Doktorand i beräkningsbiologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Ämnesbeskrivning

Biologi är det stora ämnet om allt levande. Det spänner över allt från processer på molekylär och cellulär nivå̊ till globala processer på ekosystemnivå. Detta omfattande ämne indelas i ett antal mindre discipliner och ämnesinriktningar. Forskarutbildningen vid biologiska institutionen omfattar många av dessa inriktningar, från molekylärbiologi till tillämpad ekologi, från virus och enskilda celler till evolutionsbiologi och global biodiversitet. Att forskarutbilda sig vid biologiska institutionen innebär i regel en specialisering inom någon mer avgränsad del av hela biologins forskningsfält och kan omfatta fältarbeten, experiment, teoretiskt arbete, eller en kombination av dessa.

Arbetsuppgifter

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20% av arbetstiden.

Forntida DNA (aDNA) har förändrat historiska studier, vilket gör det möjligt för oss att analysera tidig genetisk variation direkt. De senaste åren har det skett en kraftig ökning av mängden insamlat aDNA och uppmärksammade undersökningar. Ändå har otillräcklig information om det geografiska ursprunget och inblandningen begränsat användbarheten av de insamlade uppgifterna.

Projektet syftar till att utveckla populationsgenetiska modeller och undersöka populationshistoria i mänskliga och mikrobiell populationer. Vi kommer att studera vikinga- och israelitiska populationer och bakterier som samlats in från arkeologiska platser. Vi ställer frågor som hur, var och när dessa populationer migrerade, hur reagerade de på epidemier, såväl som tidpunkten, hastigheten och omfattningen av adaptiv evolution som svar på infektionssjukdomar eller förändringar i miljön.

Vi strävar efter att rekrytera en utmärkt student som är intresserad av att göra forskning i världsklass på ett ledande labb. Kandidaten kommer att arbeta tillsammans med Dr. Eran Elhaik och experter för att utveckla statistiska metoder för projekt inom populationsgenetik och infektionssjukdomar.

Detta är ett tvärvetenskapligt projekt som involverar programmering och modellering. Den framgångsrika sökanden kommer att utveckla och tillämpa state-of-the-art paleogenomiska verktyg och skriva upp resultaten för publicering i vetenskapliga tidskrifter. Projektet kommer att involvera samarbeten med forskare inom andra discipliner, inklusive biostatistik, cellbiologi, epidemiologi och molekylärbiologi. Det förväntas också att den framgångsrika sökanden kommer att delta i den dagliga verksamheten vid MCBU enheter. 

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har

• avlagt examen på avancerad nivå eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, med innehåll som är relevant för forskarutbildningen eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för biologi uppfyller den som har avklarat ett självständigt arbete (till exempel examensarbete) i relevant ämne omfattande minst 30 högskolepoäng, samt har goda kunskaper i det engelska språket, såväl skriftligt som muntligt.

Övriga krav

• MSc i kvantitativ genetik, beräkningsbiologi, fysik, datavetenskap, statistik eller liknande område.
• Kandidaten måste ha praktisk erfarenhet av genetik, evolution, big data eller maskininlärningsmetoder.
• Kandidaten måste veta hur man programmerar i Python och R.
• Kandidaten ska vara driven med god förmåga att arbeta självständigt samt i grupp.
• Kandidaten ska ha goda pedagogiska färdigheter.
• Utmärkta kunskaper i engelska, både i läsförståelse och skrift.

 Det är meriterande om kandidaten har:

• Erfarenhet av databehandling, statistisk beräkning och scripting i Javascript, C++ samt MS Office Tools. 
• Utbildning eller erfarenhet av maskininlärning

Bedömningsgrunder

Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

• Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.
• Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
• Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
• Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, till exempel yrkeserfarenhet.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor

Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (det vill säga max 20%). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1–7 §§.

Instruktioner

Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla ett personligt brev med motivering till varför du är intresserad av doktorandutbildningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande, kopior av betyg, uppgifter till referenser, 2 rekommendationsbrev etcetera. Frågor om denna tjänst kan mejlas till Dr Eran Elhaik, eran.elhaik@biol.lu.se