Doktorand inom bioinformatik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av arbetsplatsen

I Atkinson-laboratoriet är vi intresserade av att göra upptäckter om proteinfunktion och struktur. Vårt fokus är framför allt på bakteriella immunsystem vilka skyddar bakterier från bakteriofager och andra mobila genetiska element. Vi arbetar huvudsakligen med bioinformatiska metoder där vi utvecklar egna verktyg och utnyttjar den stora mängden av tillgängliga genom- och förutspådda proteomsekvenser. Atkinson-laboratoriet är baserat vid Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap (EMV), fakulteten för medicin, Lunds universitet, och är anslutet till Lunds universitets viruscenter (LUVC). Du kan läsa mer om gruppen här: The Atkinson lab (atkinson-lab.com), och om LUVC här: Virology | Virology (lu.se). I samarbete med Vasili Hauryliuk´s laboratorium, med vilket vi har ett gemensamt team, validerar vi våra upptäckter experimentellt.

Vi söker en doktorand i bioinformatik för att på heltid bedriva forskning om bakterie-virusinteraktioner. I projektet kommer den forskarstuderande tillämpa känsliga sekvenssökningar och AlphaFold2-proteinkomplexförutsägelser samt skapa nya bioinformatiska verktyg som är användbara både för oss och det bredare vetenskapssamhället.

I vår grupp strävar vi efter en stödjande, respektfull och stimulerande arbetsmiljö som främjar personlig och professionell utveckling för alla medlemmar.

Relevanta nyligen publicerade artiklar från laboratoriet:

• Ernits, Saha et al., 2023 PNAS DOI:10.1073/pnas.2305393120
• Egorov and Atkinson 2023 Bioinformatics DOI:10.1093/bioinformatics/btad32
• Zhang et al., 2022 Nature DOI: 10.1038/s41586-022-05444-
• Kurata, Saha et al., 2022 PNAS DOI: 10.1073/pnas.2102212119
• Saha et al, 2021 Bioinformatics DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa78
• Jimmy, Saha et al. 2020 PNAS. DOI: 10.1073/pnas.1916617117

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. 

Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss | Lunds universitet

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

I detta doktorandprojekt kommer du att använda och utveckla metoder för att identifiera och förutsäga funktionen och strukturen hos proteiner och RNA.

De resulterande bioinformatiska förutsägelserna kommer att verifieras experimentellt av våra samarbetspartners. En stor del av projektet kommer att fokusera på system som innehåller toxin- och antitoxindomäner, men du kommer också att ha möjligheter att bredda dina studier till andra molekylära system. Du kommer att vara delaktig laboratoriets gemensamma arbete för att utveckla och underhålla offentligt tillgängliga bioinformatiska verktyg (The Atkinson Lab (atkinson-lab.com)).

Du kommer att ha möjlighet att delta och presentera ditt arbete vid internationella möten.

Kvalifikationer

För anställningen krävs:
• Programmeringskunskaper (helst i Python)
• Goda kunskaper i engelska, i tal och skrift
• Erfarenhet av att använda och/eller utveckla bioinformatiska verktyg för att svara på biologiska frågeställningar
• Grundläggande förståelse för och intresse av molekylärbiologi och mikrobiologi

• Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper. Tjänsten kräver att  du har örmåga att kommunicera effektivt med ett tvärvetenskapligt team samt att du har strukturerat och självständigt arbetssätt.
  
  Meriterande för anställningen är:
  
  • Erfarenhet av att skapa ”pipelines” för användning på högpresterande datorkluster
  • Kompetens i hantering av stora datasets
  • Tidigare erfarenhet av att utveckla webbaserade verktyg
  • Kännedom om bakteriofagbiologi

Övrigt 

Anställningen är tidsbegränsad på fyra år och tillträde är enligt överenskommelse. 

Såhär ansöker

Inkludera följande dokument i din ansökan:

1. Ett följebrev (en sida) med följande avsnitt:

 Motivation (halv sida)

 - Förklara ditt intresse för projektet, din motivation för att ansöka och vad du hoppas lära dig

 Behörighet och erfarenhet (halv sida)

 - Förklara hur du uppfyller behörighets- och kvalifikationskraven, beskriv dina tidigare relevanta erfarenheter och hur du kommer att bidra till forskargruppen.

2. En CV (högst 2 sidor) med kontaktuppgifter till två referenser

3. Kandidat- och masterexamen

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.