Doktorand i bioinformatik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Bakgrund

Vi söker en doktorand inom bioinformatik för att på heltid delta i det Novo Nordisk-finansierade projektet: ’Development of phage biocontrol to overcome the antiphage defense system arsenal of phytopathogenic Ralstonia solanacearum bacterium’. Forskingsprojektet leds av Ville Friman vid Helsingfors universitet, med Vasili Hauryliuk och Gemma C. Atkinson vid Lunds universitet som medforskare. Doktorandpositionen kommer att vara baserad i Atkinson-laboratoriet.

En trygg och stabil livsmedelsproduktion kräver effektiva kontrollmetoder för att bekämpa växtpatogena bakterier. I det här projektet kommer vi att utveckla en ny biologisk bekämpningsmetod mot den växtpatogena bakterien Ralstonia solanacearum. Denna metod baseras på användandet av dess naturliga virala fiender, fager. Även om fager är mycket specifika för patogenen och säkra för miljön kan bakterier utveckla fagresistens vilket gör bekämpningsmetoden ineffektiv. I detta projekt kommer vi att övervinna detta genom att identifiera antifagförsvarssystem i R. solanacearum och sedan isolera fager som kan motverka dessa försvar.

Beskrivning av arbetsplatsen

 Atkinson-laboratoriet är vi intresserade av att göra upptäckter om proteinfunktion och struktur. Vårt fokus är framför allt på bakteriella immunsystem vilka skyddar bakterier från bakteriofager och andra mobila genetiska element. Vi arbetar huvudsakligen med bioinformatiska metoder där vi utvecklar egna verktyg och utnyttjar den stora mängden av tillgängliga genom- och förutspådda proteomsekvenser. Atkinson-laboratoriet är baserat vid Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap (EMV), fakulteten för medicin, Lunds universitet, och är anslutet till Lunds universitets viruscenter (LUVC). I vår grupp strävar vi efter en stödjande, respektfull och stimulerande arbetsmiljö som främjar personlig och professionell utveckling för alla medlemmar.

Ytterligare information:

https://atkinson-lab.com/

Experimental evolution of species interactions in a changing world - Home (weebly.com)

Vasili Hauryliuk — Lund University

https://www.medicine.lu.se/faculty-medicine-lund-university/departments/department-experimental-medical-science

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss

Ansvarsområden

I detta bioinformatiska doktorandsprojekt kommer du att använda och utveckla verktyg för att analysera bakteriegenom och förutsäga försvarssystem. Du kommer att samarbeta med övriga medlemmar i projektteamet för att förstå och övervinna hinder för bakteriofagbaserad biologisk bekämpning av växtpatogena bakterier. Du kommer även att vara delaktig i Atkinson-laboratoriets gemensamma ansträngning att utveckla och upprätthålla en offentligt tillgänglig bioinformatikverktygslåda (https://server.atkinson-lab.com/).

Detta samarbetsprojekt kommer att erbjuda värdefulla nätverks- och utbildningsmöjligheter, inklusive forskningsbesök vid Helsingfors universitet. Du kommer också att få möjlighet att delta i och presentera ditt arbete vid internationella möten.

Kvalifikationer 

För tjänsten krävs:
• Programmeringskunskaper i Python
• Goda kunskaper i engelska, i tal och skrift
• Erfarenhet av att använda och/eller utveckla bioinformatiska verktyg för att svara på biologiska frågeställningar
• Grundläggande kännedom om och intresse för bakteriofagbiologi
• Förmåga att självständigt konceptualisera, genomföra och slutföra forskningsprojekt
• Kreativitet och goda färdigheter i gruppsamarbete

Meriterande är:  
• Erfarenhet av att skapa ”pipelines” för användning på högpresterande datorkluster
• Kompetens i hantering av stora datasets

Såhär söker du

Inkludera följande dokument i din ansökan:

1. Ett följebrev (en sida) med följande avsnitt:

 Motivation (halv sida). Förklara ditt intresse för projektet, din motivation för att ansöka och vad du hoppas lära dig

Behörighet och erfarenhet (halv sida). Förklara hur du uppfyller behörighets- och kvalifikationskraven, beskriv dina tidigare relevanta erfarenheter och hur du kommer att bidra till forskargruppen.

2. En CV (högst 2 sidor) med kontaktuppgifter till två referenser

3. Kandidat- och masterexamen

För mer information, kontakta Gemma C. Atkinson gemma.atkinson@med.lu.se.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§. Anställningen är på heltid. Önskat startdatum är enligt överenskommelse