Doktorand i biologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Ämnesbeskrivning

Jordsvampar spelar en viktig roll i globala biogeokemiska kretslopp, främst genom nedbrytning av komplext organiskt material. Den övergripande funktionen och produktiviteten för svampsamhället i marken påverkas avsevärt av interaktioner mellan arter och konkurrens om resurser, vilket i sin tur påverkar de biogeokemiska kretsloppen och flödena av inandad CO2 från marken. Dessa interaktioner förmedlas ofta av en arsenal av utsöndrade sekundära metaboliter, som kan fungera både som kommunikationsmedel och krigföring mellan svamparna. Emellertid är metaboliternas specifika ekologiska roller och i vilken utsträckning de påverkar biogeokemisk cykling under svampinteraktioner okänd.

Arbetsuppgifter

Denna doktorandtjänst är en del av projektet INTERSPEC, finansierad av Europeiska forskningsrådet (European Research Council - ERC), och kommer specifikt att behandla interaktioner mellan växtsymbiotiska ektomykorrhiza och saprotrofa nedbrytarsvampar. Även om de vanligtvist lever i olika jordlager av skogsmark, har de visat sig konkurrera om begränsade näringsämnen (t.ex. kväve (N)) med stora effekter på den totala nedbrytningshastigheten för organiskt material. Doktorandens mål kommer att vara att avgöra hur varierande näringsförhållanden i laboratorieodlade kulturer av konkurrerande svampar påverkar nedbrytningen samt sammansättning och funktion av sekundära metaboliter hos de konkurrerande partnerna. Utöver traditionella experiment på agarplattor kommer mikrofluidteknikbaserade soil chips att användas för mer detaljerade undersökningar på mikroskala. Dessa ger en arena för mikroskopiska observationer av enstaka konfrontera hyfer och deras fysiologiska svar på konkurrens.

Kemisk karakterisering av de sekundära metaboliter som utsöndras av svamparna i kulturer kommer att göras via vätskekromatografi - masspektrometri (LC-MS) och kärnmagnetisk resonans (NMR) spektroskopi av metabolitextraktionerna. Transkriptomanalys kommer att utföras ytterligare för att avslöja svampgener involverade i upp- eller nedreglering av metabolitens biosyntes, men även extracellulär enzymproduktion för nedbrytning av organiskt material och näringsupptagning. Doktoranden kommer också att jobba i nära samarbete med postdoktorer som arbetar i projektet och kommer att tillämpa nyutvecklad metodik för ytförstärkt Raman-spridningsmikrospektroskopi för att analysera svampmetabolomer på skalan av enskilda hyfer i soil chips.

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har

• avlagt examen på avancerad nivå eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, med innehåll som är relevant för forskarutbildningen eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för Jordsvampinteraktioner uppfyller den som har:

• en magisterexamen i biologi, ekologi, mikrobiologi med miljöfokus, markvetenskap med biologisk inriktning, eller inom annat område av relevans för detta projekt.

Övriga krav:

• Erfarenhet av laboratoriearbete i allmänhet och sterilt arbete med mikroberkulturer i synnerhet, eller stort intresse för att lära.
• Erfarenhet av att sätta upp en experimentell design, genomföra datainsamling, analys och tolkning.
• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.

 Bedömningsgrunder

Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

• Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.
• Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
• Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
• Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Övriga meriter:

• Kunskaper om molekylärbiologiska metoder är meriterande.
• Erfarenhet av analytisk kemiteknik (t.ex. LC-MS, NMR, Raman eller infraröd spektroskopi) är meriterande, ett stort intresse för att lära sig är ett krav.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor
Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).