Postdoktor i Bioinformatik och genomik hos växter

Särskild ämnesbeskrivning

Detta är en bioinformatik- och genomik-fokuserad postdoktjänst där postdoktorn kommer att ingå i ett team av forskare, postdoktorer och doktorander som arbetar med det genetiska könsbestämningssystemet inom växtsläktet Wikstroemia på Hawaii. Tjänsten involverar en mängd olika bioinformatiska metoder som tillämpas på helgenomsekvensdata för icke-modellarter, och fokuserar på identifiering, annotering och analys av könsbundna genomregioner på unga könskromosomer.

Arbetsuppgifter

I arbetsuppgifterna som postdoktor ingår främst att bedriva forskning. Undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna, dock högst en femtedel av arbetstiden. Inom ramen för anställningen ska det ges möjlighet till tre veckors högskolepedagogisk utbildning.

Arbetsuppgifterna innefattar även: 

• Hantering och filtrering av WGS- och RNAseq-data för cirka 11 arter
• De novo genomassemblering och kvalitetsbedömningar.
• Genomannotering och utveckling av interaktiva genomutforskningsverktyg.
• Tillämpning och utveckling av nya och befintliga analyser inriktade på att identifiera könsbundna och könsbestämmande gener.
• Utbildning av doktorand(er) i ovanstående vid behov.
• Högst 20 % undervisning på grundnivå, avancerad och forskarnivå.
• Handledning av examensarbeten och doktorander.
• Att aktivt söka externa forskningsmedel.
• Administration relaterad till ovan angivna arbetsuppgifter.

Behörighet
Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom anställningens ämnesområde och som avlagts högst tre år före datum för anställningsbeslut. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare.

Övriga krav

• Erfarenhet av hantering, filtrering och analys av WGS- och genuttrycksdata.
• Erfarenhet av databearbetning, statistiska beräkning och kodning i R, Python, bash, UNIX och andra relevanta programmeringsspråk.
• Erfarenhet av att arbeta med bioinformatiska arbetsflöden (t.ex. Snakemake, Nextflow) och versionskontroll (t.ex. git).
• Erfarenhet av att arbeta med superdatorer, beräkningskluster och schemaläggning i klustermiljöer (t.ex. tmux, vim, SLURM).
• Erfarenhet av (i) genomassemblering och annotering av proteinkodande gener (t.ex. med hifiasm, blobtools, BUSCO, AUGUSTUS), (ii) genkartering och genotypering (t.ex. med samtools, FreeBayes) och (iii) syntenianalyser (t.ex. MCScanX, SynVisio), anses vara en stark merit.
• Erfarenhet av bioinformatiska analyser av polyploida växter anses vara meriterande.
• Visad förmåga till framåttänkande och självständigt arbete.
• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.

Bedömningsgrunder
Detta är en meriteringsanställning främst inriktad på forskning. Anställningen är tänkt som ett inledande steg i karriären och bedömningen av de sökande kommer i första hand att baseras på deras vetenskapliga meriter och potential som forskare. 

Särskild vikt kommer att fästas vid vetenskaplig förmåga inom ämnesområdet. 

Vid anställning av postdoktor ska följande utgöra grund för bedömning:

• God förmåga att utveckla och genomföra forskning av god kvalitet.
• Pedagogisk förmåga.
• Goda kunskaper inom bioinformatik och analyser relevanta för forskningsprojektet.

Övriga meriter

• Erfarenhet av hantering, filtrering och analys av WGS och genuttrycksdata.
• Erfarenhet av databehandling, statistiska beräkningar och kodning i R, Python, bash, UNIX och andra relevanta programmeringsspråk.
• Erfarenhet av att arbeta med bioinformatiska arbetsflöden (t.ex. Snakemake, Nextflow) och versionskontroll (t.ex. git).
• Erfarenhet av superdatorer, beräkningskluster och jobbschemaläggning i klustermiljöer (t.ex. tmux, vim, SLURM).
• Erfarenhet av (i) genomassemblering och annotering av proteinkodande gener (t.ex. med hifiasm, blobtools, BUSCO, AUGUSTUS), (ii) genkartläggning och genotypering (t.ex. med samtools, FreeBayes) och (iii) synteny analyser (t.ex. MCScanX, SynVisio).
• Erfarenhet av bioinformatiska analyser av polyploida växter.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka pågående forskning inom institutionen samt bidra till dess framtida utveckling.

Villkor

Anställningen är tidsbegränsad till 2 år och avser heltid. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter daterat 2022-02-01 (Arbetsgivarverket, OFR:s, och Saco-S).

Instruktioner för ansökan 

• Ansökan ska skrivas på engelska och innehålla:Meritförteckning/CV inklusive publikationslista.
• En generell beskrivning av tidigare forskningsarbete och framtida forskningsintressen (max tre sidor).
• Kontaktuppgifter till minst två referenser.
• Kopia av examensbevis för doktorsexamen samt ev. andra intyg/betyg som du önskar åberopa.