Biträdande forskare till Centrum för Translationell Genomik (CTG) - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Om forskargruppen

Centrum för Translationell Genomik (CTG) är en prioriterad forskningsinfrastruktur vid Medicinska Fakulteteten, samfinansierad av Lunds universitet, Region Skåne och SciLifeLab. Vid centret finns stor expertis inom olika sekvenserings- och genomik-teknologier, och sett både i nationellt och internationellt perspektiv ligger enheten i teknisk framkant med tillgång till mycket kraftfulla sekvenseringsinstrument (t.ex. Illuminas NovaSeq såväl som instrument för långa läsningar) och metoder för ”single cell”-analyser. För beräkningar använder centret ett dedikerat kluster vid Lunds universitets superdatorcentrum (LUNARC).

CTG utvecklar och erbjuder forskare expertkunskap och service huvudsakligen inom den nya generationens sekvenseringsteknologi (NGS) och samverkar nära med Centrum för Molekylär Diagnostik (CMD), Region Skåne, för att omsätta forskningsfynd till förbättrad klinisk diagnostik inom hälso- och sjukvård. CTG utgör tillsammans med CMD även en facilitet (Clinical Genomics Lund) inom den nationella forskningsinfrastrukturen SciLifeLab, och är en av de drivande aktörerna inom det nationella initiativet för precisionsmedicin; Genomic Medicine Sweden.

CTG har idag drygt 10 anställda med stark kompetens inom framför allt NGS och bioinformatik, och har nyligen flyttat till det nybildade forskningsinfrastrukturcentrat i BMC:s D-hus i Lund.

CTG söker nu en erfaren, driven och lösningsorienterad biträdande forskare som tycker om att arbeta i ett dynamiskt team inom ett område under snabb utveckling. Tjänsten är en tillsvidaretjänst (100%) med startdatum den 1 oktober 2021, eller enligt överenskommelse. 

Arbetsuppgifter

Dina huvudsakliga arbetsuppgifter kommer att vara att driva utvecklingen av nya metoder för spatial vävnadsanalys (t.ex. baserat på 10X Genomics Visium-plattform) samt att utföra singel-cell-service inom faciliteten. Tjänsten innefattar praktiskt arbete baserat på de senaste singelcells- (t.ex. iCell8cx, 10X Chromium) och sekvenseringsplattformarna (t.ex. NovaSeq 6000). Vidare inkluderar arbetsuppgifterna etablering av spatiala sekvenseringsteknologier vid CTG, delvis i samarbete med liknande plattformar inom Lunds universitet, samt konsultation för att möjliggöra spatial vävnadsanalys för forskare. Rollen inkluderar även kontinuerligt förbättringsarbete och standardisering av befintliga analysmetoder (t.ex. rörande singelcell-metoder, vävnadsberedning och mikroskopering), rådgivande möten med forskare eller andra användare av faciliteten i samband med olika typer av serviceprojekt samt viss administration kopplat till dessa.

I ditt arbete kommer du att jobba mycket teambaserat, såväl internt som externt, varför utmärkta kommunikations- och samarbetsförmågor är förutsättningar för tjänsten. Externa samarbeten kan t.ex. ske med lokala forskare vid Lunds Universitet (t.ex. med SpatialOmics-plattformen) eller Region Skåne, eller nationellt inom ramen för olika typer av SciLifeLab- eller GMS-samarbeten.

De huvudsakliga arbetsuppgifterna är:

• Utveckling och implementering av nya metoder för NGS-baserade spatiala vävnadsanalyser
• Implementering av fluorescensmikroskopi och histologiska analyser vid CTG
• Utförande av toppmoderna singelcell-sekvenseringsexperiment på olika kommersiella plattformar
• Tillhandahålla expertis och rådgivning till forskare och andra användare av faciliteten i samband med olika service- och utvecklingsprojekt (singelcell- och spatial vävnadsanalys)
• Olika typer av administrativa uppgifter, såsom dokumentation och rapportering av serviceaktiviteter
• Ansvar för interna och externa projekt inom NGS-baserade spatiala vävnadsanalyser samt uppbyggnad av nätverk inom detta område.

Kvalifikationer

För anställningen krävs:

• Magisterexamen inom molekylärbiologi, biomedicin eller motsvarande
• Doktorsexamen inom relevant ämnesområde (t.ex. genomik, molekylärgenetik eller motsvarande)
• Mycket goda kunskaper om, och dokumenterad praktisk erfarenhet av, arbete med den nya generationens sekvenseringsteknologi (NGS)
• Minst 4 års praktisk erfarenhet av arbete med molekylärgenetiska metoder (DNA- och/eller RNA-baserat)
• Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Du som söker ska ha god förmåga att snabbt sätta dig in i nya metoder och etablera nya protokoll. Du ska vidare ha utmärkt kommunikationsförmåga och samarbetsförmåga samt kunna driva ditt arbete självständigt och med hög kvalitet. Slutligen ska du uppvisa utmärkt planerings-, strukturerings- och prioriteringsförmåga.

Meriterande för anställningen är:

• Praktisk erfarenhet av beredning av av NGS-bibliotek (t.ex. Illumina DNA Prep, Nextera XT, DLP +)
• Praktisk erfarenhet av NGS-baserad Illumina-sekvensering (t.ex. på NovaSeq 6000)
• Praktisk erfarenhet av singelcell-transkriptomik eller annan singelcell-baserad sekvenseringsmetod
• Erfarenhet av kommersiellt tillgängliga plattformar för singelcellanalys (t.ex. 10X Chromium, inDrop, iCell8cx)
• Erfarenhet av praktiskt arbete inom histologisk vävnadsanalys och/eller fluorescensmikroskopi
• Erfarenhet av s.k. ”long-read”-sekvenseringsteknologi samt relaterad dataanalys
• Erfarenhet av automatisering av laboratorieprocesser på vätskehanteringssystem
• Tidigare projektledarerfarenhet
• Goda kunskaper i svenska i tal och skrift

Instruktioner för ansökan

Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller eftersökta kvalifikationer, ett CV samt examensbevis.

Villkor

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.