Doktorand i biologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Arbetsuppgifter

Målet med doktorandprojektet är att undersöka genuttryckets roll i ny variation som uppstår vid hybridisering. Det har länge varit känt att hybrider kan ha transgressiv morfologi, mer extrem än båda föräldraarternas, trots att de har intermediära genom. I det här projektet kommer vi att undersöka ifall hybridisering leda till nya genuttrycksprofiler. Projektet kommer att undersöka i vilken utsträckning nya, transgressiva genuttrycksmönster, som är mer extrema än genuttrycket hos båda föräldraarterna, återfinns i gamla, stabiliserade hybridpopulationer av den Italienska sparven som är en hybridart. Denna uppstod genom hybridsering för ca. 5000 år sedan. Det kommer också att undersöka ifall det är möjligt att förutsäga vilka gener som kommer ha nya mönster av genuttryck i hybridarter baserat på hur uttrycket av generna regleras, vilket nätverk generna hör till och genernas funktion. Den Italienska sparven är ett utmärkt system för att adressera dessa frågeställningar då fyra oberoende hybridpopulationer återfinns på olika Medelhavsöar, vilket möjliggör att identifiera de mönster som är generella. Forskningen kommer att belysa hur hybridisering kan ge upphov till nya fenotyper.

Projektet kommer att baseras på avancerade analyser av genuttryck, fältarbete med fåglar, RNA-extraktioner för både hela vävnader och single cell RNA sekvensering, såväl som uppfödning av F1- och F2 hybrider mellan föräldraarterna och dissektioner. Det kommer också finnas goda möjligheter att bidra till att förbättra referensgenomet för både studiearten och dess två föräldraarter och för att bidra till analys av ett dataset på transposabla element i dessa arterna.

Projektet inkluderar fältarbete på Medelhavsöar och passar kandidater som har en stark bakgrund både i bioinformatik och evolutionärbiologi och ett intresse för evolutionärgenomik och hybridisering.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för biologi uppfyller den som har avklarat ett självständigt arbete (till exempel examensarbete) i relevant ämne omfattande minst 30 högskolepoäng, samt har goda kunskaper i det engelska språket, såväl skriftligt som muntligt. 

Övriga krav

• MSc i evolutionärbiologi/bioinformatik/evolutionär ekologi eller liknande.
• Dokumenterad kunskap i evolutionär teori.
• Utmärkta kunskaper i engelska, både i läsförståelse och skrift.
• Mycket god förmåga till proaktivt och självständigt arbete.
• Praktisk erfarenhet av avancerad bioinformatisk analys i bash.
• B-körkort (om inte, måste kandidaten förpliktiga sig till att ta ett inom 6 månader efter positionens start).

Det är meriterande om kandidaten har:

• Betydlig erfarenhet av bioinformatisk analys av NGS-data i bash och python, samt statistisk programmering i R.
• Erfarenhet av extraktioner av RNA/single cell RNA (eller annat molekylärt labarbete), och ett intresse av och dedikation för att lära sig dessa tekniker.
• Erfarenhet av fältarbete och/eller dissektioner
• Erfarenhet av att jobba med bioinformatisk data på clusters

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

• Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.
• Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
• Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
• Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, till exempel yrkeserfarenhet.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor

Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (det vill säga max 20%). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1–7 §§.

Instruktioner för ansökan

Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla ett personligt brev med motivering till varför du är intresserad av doktorandutbildningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa.