Doktorand i maskininlärning för life science inom WASP Graduate School - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Ämnesbeskrivning

Vi söker en doktorand i Machine Learning tillämpad på life science inom WASP, placerad vid institutionen för biokemi och strukturbiologi.

Arbetsuppgifter

Wallenberg AI, Autonomous Systems and Software Program (WASP) är ett stort nationellt initiativ för strategiskt motiverad grundforskning, med målet att föra Sverige till en internationellt erkänd och ledande position inom områdena artificiell intelligens, autonoma system och mjukvara.

Huvudfokus för forskningen inom WASP är artificiell intelligens och autonoma system som agerar i samarbete med människor, anpassar sig till och lär sig av sin omgivning genom sensorer, information och kunskap, och bildar intelligenta system-of-systems. Läs mer på https://wasp-sweden.org.

WASP Graduate School är dedikerad till att ge de färdigheter som behövs för att analysera, utveckla och bidra till det tvärvetenskapliga området artificiell intelligens, autonoma system och programvara. Läroplanen ger grunderna, perspektiven och den senaste kunskapen inom de olika disciplinerna som undervisas av ledande forskare inom området. Läs mer på WASP Graduate School websida https://wasp-sweden.org/graduate-school.

Fokus för forskningen är att utveckla metoder för maskininlärning för att modellera och designa den tredimensionella strukturen hos proteiner. Metoder för djupinlärning (som AlphaFold) har nyligen revolutionerat förutsägelse av proteinstruktur, vilket möjliggör mycket exakta förutsägelser av atomstrukturerna baserat på aminosyrasekvensinformation. Liknande framsteg förväntas för det omvända problemet, att hitta aminosyrasekvenser som kodar för en önskad atomstruktur. Detta kallas proteindesign och har många tillämpningar inom biomedicin, bioteknik och materialvetenskap. Projektet syftar till att utveckla djupa generativa modeller för att designa proteiner som samtidigt kan anta två konformationer. Maskininlärningsmetoder kommer att kombineras med state-of-the-art metoder för beräkningsproteindesign.

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden.

Behörighet
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har

avlagt examen på avancerad nivå eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, med innehåll som är relevant för forskarutbildningen eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Övriga krav:

Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift. Kandidaten bör ha en utbildningsbakgrund motsvarande en master i ett ämne som är relevant för doktorandprojektet, såsom bioinformatik, beräkningsfysik, fysikalisk eller teoretisk kemi, tillämpad matematik, statistik eller datavetenskap. Tillräcklig utbildningsbakgrund i matematik/statistik för att framgångsrikt delta i forskarskolan WASP. Ett stort intresse för att tillämpa maskininlärningsmetoder på problem inom proteinforskning

Bedömningsgrunder
Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet. Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem. Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation. Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Övriga meriter:

Stark bakgrund inom matematik och datorprogrammering är mycket fördelaktigt. Tidigare bakgrund inom maskininlärning är meriterande. Erfarenhet av arbete med biologiska data (speciellt proteinsekvens och struktur) är meriterande, men inget krav. Studiebakgrund inom kemi och biologi.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor
Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.