Doktorand i biologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Biologi är det stora ämnet om allt levande. Det spänner över allt från processer på molekylär och cellulär nivå̊ till globala processer på ekosystemnivå. Detta omfattande ämne indelas i ett antal mindre discipliner och ämnesinriktningar. Forskarutbildningen vid biologiska institutionen omfattar många av dessa inriktningar, från molekylärbiologi till tillämpad ekologi, från virus och enskilda celler till evolutionsbiologi och global biodiversitet. Att forskarutbilda sig vid biologiska institutionen innebär i regel en specialisering inom någon mer avgränsad del av hela biologins forskningsfält och kan omfatta fältarbeten, experiment, teoretiskt arbete, eller en kombination av dessa.

Arbetsuppgifter
Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20% av arbetstiden.

Projektets bakgrund: Liksom många andra djur, håller humlor reda på sin position i rummet med hjälp av vektorintegrering (path integration), vilket möjliggör att de kan återvända till sitt bo i en rak linje - även i okänd terräng. Humlor har dessutom den ovanliga förmågan att använda vektornavigering för mer komplexa navigeringsuppgifter. De kan till exempel optimera rutter där de besöker flera matare i sekvens, minimera den totala reselängden (trap lining) och kombinera vektornavigering med visuell, landmärkesbaserad navigering. Nyligen utvecklade vi en analys där krypande humlor visade vektorintegreringsbaserad målsökning i en inomhusarena, vilket banade vägen för undersökningar av mer komplexa former av vektornavigering med oöverträffade nivåer av experimentell kontroll.

Syfte: I detta projekt kommer vi att använda den nya metoden för att utreda två viktiga frågor. För det första, kan den nya promenadanalysen användas för att undersöka komplexa former av humlors navigeringsbeteende? För det andra, påverkas dessa navigeringsförmågor av exponering för insektsbekämpningsmedel? Målet är att avslöja grunden för tidigare observationer att bekämpningsmedel negativt påverkar födosökningseffektiviteten hos bin, samt att erbjuda mekanistisk insikt i den neurala grunden för vektornavigering, givet de kända molekylära målen för bekämpningsmedel.

Metoder: För att möjliggöra en detaljerad kvantifiering av bekämpningsmedelseffekter på bins prestanda, kommer studenten att utveckla ett tillvägagångssätt för att erhålla kvantitativa etogram av humlor med hjälp av höghastighetskameror och maskininlärningsbaserad analys, både för enkla och komplexa navigeringsuppgifter. Vi kommer dessutom att relatera alla beteenderesultat till detaljerade, connectomicsbaserade, beräkningsmodeller av nervkretsar som tros ligga bakom vektornavigering, och därmed direkt validera och anpassa anatomiskt drivna funktionshypoteser.

Behörighet
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har

•    avlagt examen på avancerad nivå eller

•    fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, med innehåll som är relevant för forskarutbildningen eller

•    på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för biologi uppfyller den som har avklarat ett självständigt arbete (till exempel examensarbete) i relevant ämne omfattande minst 30 högskolepoäng, samt har goda kunskaper i det engelska språket, såväl skriftligt som muntligt.

Övriga krav
•    MSc i Biologi / Neurobiologi eller närliggande område.

•    Utmärkta kunskaper i engelska, både i läsförståelse och skrift.

•    Mycket god förmåga till proaktivt och självständigt arbete.

•    Praktisk erfarenhet av beteendearbete på insekter, helst humlor.

•    Grundlig förståelse för de nervkretsar som ligger bakom vektornavigering hos insekter.

Det är meriterande om kandidaten har:

•    Erfarenhet av databehandling, statistisk beräkning och scripting i Matlab och R

•    Erfarenhet av DeepLabCut, eller annan maskininlärningsbaserad programvara för spårning av djur

•    Erfarenhet av att analysera volym-elektronmikroskopidata och nervkretsanalys (t.ex. med CATMAID)

Bedömningsgrunder
Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

•    Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.

•    Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.

•    Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.

•    Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, till exempel yrkeserfarenhet.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor
Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (det vill säga max 20%). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1–7 §§.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla ett personligt brev med motivering till varför du är intresserad av doktorandutbildningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa.