Doktorand i bioinformatik och infektionsbiologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av verksamheten och forskningsämnet

Vi söker en doktorand inom bioinformatik för att på heltid bedriva forskning inom området ”Data-driven life science (DDLS) ”med fokus på "Data driven epidemiology and biology of infection". Tjänsten är belagd i Gemma Atkinsons forskargrupp vid Institutionen för Experimentell Medicinsk Vetenskap, Lunds universitet. DDLS-projektet kommer ske i samarbete med Andrea Fossati, Karolinska Institutet, Stockholm. Projektet handlar om att identifiera profager i Escherichia coli genom och annotera funktionen hos deras gener med hjälp av AlphaFold.

För mer information om Atkinsons forskargrupp, se: https://atkinson-lab.com

Mer om DDLS:

Datadriven smittspridning och infektionsbiologi omfattar forskning som kommer att förändra vår förståelse av patogener, deras interaktioner med värdorganismer och miljön, och hur de överförs i populationer. 

.SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för  datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,1 miljarder SEK i finansiering  under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2024 kommer DDLS forskarskola att lanseras via rekryteringen av 20 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/ .

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Projektet kommer att innebära utveckling av ”pipelines” för storskaliga sekvens- och strukturanalyser av bakteriers och bakteriofagers genom och proteom.

Kvalifikationer

• Krav för anställningen är:
  Programmeringskunskaper i Python
• Goda kunskaper i engelska, i tal och skrift
• Erfarenhet av att använda och/eller utveckla bioinformatiska verktyg för att svara på biologiska frågeställningar
• Grundläggande kännedom om och intresse för bakteriofagbiologi
• Förmåga att självständigt konceptualisera, genomföra och slutföra forskningsprojekt
• Kreativitet och goda färdigheter i gruppsamarbete

Meriterande för anställningen är:

• Erfarenhet av att skapa ”pipelines” för användning på högpresterande datorkluster
• Kompetens i hantering av stora datasets

Stor vikt kommer att läggas vid hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension.

Som doktorand vid Lunds universitet är du både antagen som student och anställd vilket ger flera förmåner. Läs mer om att vara antagen och anställd vid på universitetets webbplats.

Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss

Om anställningen

Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§. Bestämmelser gällande antagning till forskarstudier finns i 6 kap. 3 § högskoleförordningen (1993:100). Mer information finns på universitetets hemsida

Övrigt
För doktorander finns en särskild lönestege knuten till varje fakultet och lön sätts enligt aktuell lönestege.

Så här söker du

Inkludera följande dokument i din ansökan:

1 Ett följebrev (en sida) med följande avsnitt:

 Motivation (halv sida). Förklara ditt intresse för projektet, din motivation för att ansöka och vad du hoppas lära dig

Behörighet och erfarenhet (halv sida). Förklara hur du uppfyller behörighets- och kvalifikationskraven, beskriv dina tidigare relevanta erfarenheter och hur du kommer att bidra till forskargruppen.

2 CV (högst 2 sidor) med kontaktuppgifter till två referenser

3 Startdatum enligt överenskommelse.

För mer information, kontakta Gemma C. Atkinson gemma.atkinson@med.lu.se.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.