Doktorand i medicinsk vetenskap

Doktorand i ämnet medicinska vetenskaper med inriktning på mikrobiologi i det medicinska området.

Beskrivning av arbetsplats
Gruppen för systemvirologi är placerad vid institutionen för translationell medicin och leds av docent Joakim Esbjörnsson. Gruppen använder olika bioinformatiska och phylogenetiska metoder för att kombinera genetiska, kliniska och epidemiologiska data för att förklara hur virus evolverar och anpassar sig till nya miljöer – såväl på populationsnivå som i enskilda individer. Dessutom används olika experimentella modellsystem för att detaljstudera hur virus-värdinteraktioner reglerar sjukdomsprogression. Forskningen är därför ofta baserad på komplex och mångfacetterad (ofta longitudinellt insamlad) data som kräver avancerad biostatistik och modellering. Dessutom utvärderas identifierade nyckelmarkörer och regulatorer för sjukdomsprogression, och deras potential som behandlings- eller vaccinmål, funktionellt i olika humana cell- och vävnadsmodellsystem. Här kan du läsa mer om vår spännande forskning. 

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra. Vi strävar efter en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare, och vi arbetar ständigt för att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare. Vi värnar både om den fysiska säkerheten och psykosociala arbetsmiljön.

Institutionen för translationell medicin ledigkungör nu en forskarutbildningsplats och anställning som doktorand i gruppen för systemvirologi vid institutionen

Forskarutbildningsämne
Medicinsk vetenskap

Projektbeskrivning
HIV-pandemin representerar en av de största utmaningarna i vår tid med cirka 40,8 (37,0–45,6) miljoner människor smittade globalt. Akut HIV-1-infektion kännetecknas av höga nivåer av virusreplikation, vilket typiskt yttrar sig genom höga virusnivåer i blodplasma, en minskning av CD4+ T-celler kort efter infektion, samt influensaliknande symtom. Virusreplikationen minskar genom kroppens immunförsvar under de första veckorna, något som leder till en relativt stabil virusnivå i blodet ungefär fyra månader efter infektion. Hastigheten med vilken HIV-1 leder till sjukdom hos obehandlade patienter varierar kraftigt, och AIDS utvecklas i genomsnitt 9-10 år efter infektion hos de flesta vuxna i frånvaro av antiretroviral behandling. Vad detta beror på och hur virus-värdinteraktionen regleras är inte helt kartlagt. Det övergripande målet med doktorandprojektet är därför att studera HIV-1-evolution, det humana immunsvaret vid akut HIV-1-infektion, samt hur samspelet mellan virus och värd styr HIV-1-orsakad patogenes.

Arbetsuppgifter
Doktorandens huvudsakliga arbetsuppgifter är att bedriva egen forskarutbildning.
Detta inkluderar förutom att genomgå obligatoriska doktorandkurser, att med hjälp av sekvensanalys (inklusive fylogenetiska metoder [både maximum-likelihood och Bayesiansk analys], analys av molekylära egenskaper, analys av anpassning och selektion), proteomikanalys (inklusive variansanalys, strukturell ekvationsmodellering och metoder för dimensionsreduktion), systembiologianalys (inklusive maskininlärning och andra AI-tekniker), statistiska verktyg med fokus på analys av komplex longitudinell data, samt hur olika typer av data korrelerar och samvarierar. Dessutom kommer praktisk erfarenhet att erhållas genom att tillämpa alla de experimentella metoder som använts för att generera befintlig data. En viktig del av doktorandutbildningen är också att analysera genererade resultat och sammanställa dessa i form av vetenskapliga manuskript och artiklar.

Behörighet
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har:

• avlagt examen på avancerad nivå.
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet uppfyller den som har:

• minst 60 högskolepoäng inom ämnesområdet medicinsk vetenskap
• sökande ska ha kunskaper motsvarande lägst 3-årig gymnasiekompetens i engelska.

Särskild krav för befattningen:

• Masterexamen i bioinformatik
• kunskap om virus–värdinteraktioner, immunologi och hur detta relaterar till sjukdomsutveckling
• erfarenhet av biostatistisk analys och programmering i R

Meriterande för befattningen är:

• kunskap om virus-värdinteraktioner, immunologi och hur detta relaterar till sjukdomsutveckling
• erfarenhet av relevant evolutionsbiologi och fylogenetisk sekvensanalys
• publikationer i vetenskapliga tidskrifter med peer review
• stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper. Arbetsuppgifterna kräver att du är självständig, drivande och samarbetsvillig

Bedömningsgrund och urval 
I enlighet med högskoleförordningens bestämmelser ska urvalet främst baseras på en bedömning av de sökandes förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. Vid antagning är det främst den sökandes meriter från den grundläggande utbildningen som normalt kan bedömas. Härvid ska bredd, djup och relevans liksom moment av självständigt arbete beaktas.

Villkor
Som doktorand vid Lunds universitet är du både antagen som student och anställd.

Anställningen är en visstidsanställning på sammanlagt fyra år, 100% med startdatum den 1 februari 2026 eller enligt överenskommelser. Huvudregeln är att anställningar vid Lunds universitet bedrivs i Sverige, du förväntas därför kunna utföra ditt arbete på plats i Malmö.

Ytterligare information angående bestämmelser gällande antagning och anställning som doktorand finns på fakultetens hemsida, se länk 

Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss ”Jobba hos oss”. 

Så här söker du / instruktioner för ansökan
Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.)