Institutionen för kliniska vetenskaper, Malmö

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns 40 000 studenter och 7 600 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Lunds Universitet Diabetes Centrum (LUDC; www.ludc.med.lu.se) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. LUDC är ett av världens största diabetes centra med cirka 300 anställda (forskare och övrig personal) som arbetar för att förebygga diabetes samt förbättra diagnostik och behandling av diabetes. För att nå dessa mål arbetar vi vid centret för att kombinera expertis inom genetik, epidemiologi, bioinformatik, molekylär och cell biologi, fysiologi och klinisk diabetes och endokrinologi.

LUDC har en stor samling biobanker och databaser med helgenomsdata länkat till nationella register med information rörande sjukdomsuppkomst och sjukdomsförlopp, såväl som länkat till register rörande behandling och respons på behandling. Centret har egna plattformar för de flesta molekylära genetiska metoder och metabolomik. Omics-information kombinerat med utförlig fenotypdata möjliggör att vi kan använda oss av ”systems medicine” för att förstå komplexiteten av diabetes. En viktig del för LUDC är att utveckla individanpassad behandling för att förbättra hälsan och livskvaliteten för patienter med diabetes.

Arbetsuppgifter

Sökanden kommer att ingå i den centrala bioinformatik- och beräkningsinfrastrukturenheten för LUDC, som för närvarande består av 7 personer (inklusive bioinformatiker, en genetisk statistiker, en datahanterare, en datortekniker och en IT-datahanterare) som tillhandahåller bioinformatikrelaterat stöd till alla forskare inom LUDC-miljön.

Sökanden kommer att:

Utveckla, implementera och testa standardiserade pipelines för att stödja gemensamma NGS-analyser, inklusive, men inte begränsat till, RNA-seq, ChIP-seq, Exome-seq, etc.

Implementera anpassade bioinformatik och maskininlärningsalgoritmer för genomiska analyser

Kvalifikationer

Civilingenjör (MSc) i bioinformatik, matematisk statistik, datavetenskap

Erfarenhet i dataanalys och data mining för att identifiera trender och producera meningsfulla datavisualiseringar

Arbetskunskap om minst ett scripting språk (R eller Python, Pandas och numpy stack)

Erfarenhet av att arbeta i en Linux-miljö

Erfarenhet med versionsstyrningssystem som git eller mercurial

Följande är också meriterande:

Kunskap om ett programmeringspråk (Java, Scala, C ++)

Kunskap om public biologiska databaser och bioinformatiska verktyg

Kunskap om algoritmer för machine learning, som scikit-learning, Keras, Tensorflow

En bra förståelse för linjär algebra och multivariabel kalkyl

Erfarenhet av att arbeta i high performance computing environment

GitHub-profil med kodexempel är fördelaktig

Eventuella erfarenheter av att arbeta i en internationell miljö ses också som en tillgång

Vi kommer att främja individer som är flexibla, sociala, kan samarbeta, ta initiativ, vara detaljorienterade och arbeta på ett väl dokumenterat sätt.

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.


Anställningsform Tijdelijk dienstverband 3-6 maanden
Anställningen avslutas 2019-08-31
Anställningens omfattning Heltid
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100
Ort Malmö
Län Skåne län
Land Sverige
Referensnummer PA2019/272
Kontakt
  • Maria Gomez, +4640391058
Facklig företrädare
  • OFR/ST:Fackförbundet ST:s kansli, 046-222 93 62
  • SACO:Saco-s-rådet vid Lunds universitet, 046-222 93 64
Publicerat 2019-01-24
Sista ansökningsdag 2019-03-13

Terug naar vacatures