Bioinformatiker i translationell genomik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av arbetsplatsen
Centrum för Translationell Genomik CTG är en prioriterad forskningsinfrastruktur vid Medicinska fakulteten, Lunds universitet, som ingår i Clinical Genomics-plattformen inom SciLifeLab, Sveriges nationella forskningsinfrastruktur inom molekylära livsvetenskaper. Clinical Genomics-plattformen syftar bl.a. till att erbjuda translationella och kliniska forskare tillgång till de senaste analysmetoderna inom genomik och singelcell-sekvensering, samt till att snabbt omsätta nya forskningsfynd till klinisk nytta i samarbete med hälso- och sjukvården.

Vi söker nu en driven och teamorienterad bioinformatiker med intresse för att utveckla och erbjuda forskningsservice i den absoluta frontlinjen inom genomik, transkriptomik och singelcell-sekvensering. Som arbetsplats värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra.

Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Vi har även ett flextidsavtal som skapar goda förutsättningar för balans mellan arbete och fritid. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet, Jobba hos oss

Arbetsuppgifter och ansvarsområden
De huvudsakliga arbetsuppgifterna i tjänsten är dataanalys, dataleverans och intern projekthantering av sekvenseringsprojekt, baserade på i första hand Illumina- och Oxford Nanopore Technology-plattformarna. Nuvarande service inom faciliteten inkluderar såväl genomik (t.ex. genpaneler, WES och WGS) och transkriptomik (RNA-seq) som en rad singelcell-metoder, baserade primärt på 10x Genomics-plattformen. Beroende på erfarenhet och bakgrund, kan arbetsuppgifterna komma att innefatta ett eller flera av dessa metodområden.

Arbetet kommer att utföras i nära samarbete med bioinformatiker-teamet, som för närvarande består av 3 medarbetare, såväl som med laboratoriet (7 medarbetare), samt med translationella och kliniska forskare från i först hand Lunds Universitet och den regionala sjukvården. Arbetet kan innefatta allt från enklare uppgifter, som sammanställning av kvalitetsdata och leverans av rådata, till utveckling av nya bioinformatiska flöden och avancerade analyser där du har det helhetsansvaret för bioinformatik och dataanalys.

Mer specifikt kommer dina arbetsuppgifter att innefatta:

• Driftsansvar för befintliga bioinformatiska rutiner och flöden.
• Utveckling av nya - och vidare optimering av befintliga - bioinformatiska, flöden och analysmetoder.
• Vidareutveckling och integration av datasystem (för projekthantering och LIMS) för uppnå sömlös och automatiserad dataöverföring från projektinitiering och provinlämning till laboratoriet till dataleverans till kund.
• Bistå med bioinformatisk expertis i utvecklingsprojekt inom genomik, transkriptomik, och/eller singelcell-sekvensering mellan CTG och lokala eller nationella samarbetspartners.
• Aktivt bidragande i projektmöten med användare av faciliteten samt med vetenskapliga samarbetspartners
• Möjlighet att delta i nationella spjutspetssamarbeten inom genomik och bioinformatik, t.ex. via SciLifeLab och det svenska nationella sekvenserings-inititivet Genomic Medicine Sweden.

Kvalifikationer
För anställningen krävs:

• Adekvat grundutbildning från universitet (d.v.s. med bioinformatik, genomik eller motsvarande som inriktning)
• erfarenhet av arbete med storskaliga sekvenseringsdata (DNA- och/eller RNA-baserat)
• erfarenhet av att arbeta i terminalbaserad Linux-miljö och i minst ett script-språk (t.ex. Python, Perl eller R)
• utmärkt förmåga till muntlig och skriftlig kommunikation på engelska

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Arbetsuppgifterna kräver att du har en utmärkt förmåga till samarbete och kommunikation, en utmärkt förmåga att strukturera och prioritera i arbetet samt utmärkt förmåga att arbeta självständigt och utveckla arbetssätt, även där befintliga rutiner saknas.

Meriterande för anställningen är:

• doktorsutbildning inom adekvat forskningsområde (d.v.s. bioinformatik, genomik eller motsvarande)
• erfarenhet av arbete med genomik- och/eller transkriptomikdata.
• erfarenhet av arbete med singelcell-sekvensering och/eller spatiala analyser.
• erfarenhet av arbete med bioinformatiska ”workflow managers” (t.ex. Nextflow eller Snakemake)
• erfarenhet av arbete med ”containers” (t.ex. Singularity eller Docker)
• erfarenhet av arbete med ”high-performance computing” (HPC)-kluster
• erfarenhet av arbete med, eller själv ha utvecklat, projekthanteringssystem och/eller databaser

Övrigt
Anställningen är en tillsvidareanställning på heltid med tillsättning snarast. Provanställning kan komma att bli aktuell.

Så här söker du
Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller kvalifikationskraven samt varför du är intresserad av anställningen. Ansökan ska även innehålla CV, inklusive publikationslista, en generell beskrivning av tidigare forskningsarbete, kopia av doktorsexamen samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av examensbevis, betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.)