Doktorand i teknisk mikrobiologi med inriktning mot DNA-analys - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Ämnesbeskrivning

Ämnet teknisk mikrobiologi berör grundläggande och tillämpad forskning med applikationer inom livsmedels-, läkemedels-, kemiteknisk-, och miljöteknisk industri. Forskningsverksamheten omfattar genetiskt, biokemiskt och jäsningstekniskt arbete med mikroorganismer. Gentekniska tillämpningar är av särskilt intresse såsom genetisk modifiering av metabolismen hos mikroorganismer i industriella processer samt DNA-baserade analystekniker. Det aktuella projektet fokuserar på att öka förståelsen för DNA-analysens begränsningar, specifikt vid analys av små mängder DNA i en komplex bakgrund, och genomförs i samverkan med Nationellt Forensiskt Centrum. Delar av projektet genomförs i samarbete med National Institute of Standards and Technology (NIST), Gaitherburg, USA.

Arbetsuppgifter

In vitro DNA-polymerisering är ryggraden i modern nukleinsyraanalys, inklusive polymeraskedjereaktionen (PCR) och sekvensering. PCR styrs av flera biokemiska och biofysikaliska funktioner och reaktioner kopplade till bland annat DNA-DNA-interaktioner och DNA-polymeras-aktivitet. För närvarande är kunskapen begränsad gällande hur de olika funktionerna och reaktionerna påverkas mekanistiskt av reaktionsförhållandena. Detta begränsar möjligheten att utveckla optimala metoder för analys av små mängder DNA av låg kvalitet för tillämpningar inom bland annat forensisk DNA-analys och klinisk diagnostik. I projektet kommer de olika funktionerna och reaktionerna studeras individuellt under olika fysikaliska och biokemiska förhållanden.

Vi söker dig som är påhittig och noggrann med ett stort intresse för problemlösning. Projektet baseras på laborativa experiment kopplade till de olika delmoment som utgör dagens och morgondagens DNA-analyser. Du kommer att planera och genomföra experiment med tekniker såsom qPCR, digital PCR, kapillärelektrofores, high resolution melting, massiv parallellsekvensering, fluorometri och isoterm titreringskalorimetri. Du kommer också att hantera och sammanställa stora mängder data med hjälp av olika mjukvaror. En mindre del av arbetet kan komma att genomföras vid NFC i Linköping samt vid NIST i USA.

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna ingår det även medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har:

• avlagt examen på avancerad nivå eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för teknisk mikrobiologi uppfyller den som har:

• minst 30 högskolepoäng inom ämnesområdet (motsvarande biovetenskap), varav minst 15 högskolepoäng på avancerad samt ett fördjupningsarbete på 15 högskolepoäng på avancerad nivå inom ämnesområdet, eller
• civilingenjörsexamen, magisterexamen eller annan examen på jämförbar avancerad nivå med inslag av tillämpade biovetenskaper.

Övriga krav:

• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift

Slutligen krävs att studenten bedöms ha den förmåga som behövs för att klara utbildningen.

Bedömningsgrunder

Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

1. Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.
2. Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
3. Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
4. Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Övriga meriter:

• Praktisk erfarenhet av arbete med PCR-baserade tekniker såsom konventionell PCR, qPCR och digital PCR i rutin- eller forskningslaboratorium
• Praktisk erfarenhet av massiv parallellsekvensering och bioinformatik
• Erfarenhet av att använda programmeringsspråket R eller liknande för statistiska beräkningar och för att sammanställa data

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor

Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Instruktioner för ansökan

Ansökan skall skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).

Du ombeds även att svara på urvalsfrågorna.