Doktorand i biologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Biologi är det stora ämnet om allt levande. Det spänner över allt från processer på molekylär och cellulär nivå̊ till globala processer på ekosystemnivå. Detta omfattande ämne indelas i ett antal mindre discipliner och ämnesinriktningar. Forskarutbildningen vid biologiska institutionen omfattar många av dessa inriktningar, från molekylärbiologi till tillämpad ekologi, från virus och enskilda celler till evolutionsbiologi och global biodiversitet. Att forskarutbilda sig vid biologiska institutionen innebär i regel en specialisering inom någon mer avgränsad del av hela biologins forskningsfält och kan omfatta fältarbeten, experiment, teoretiskt arbete, eller en kombination av dessa.

Arbetsuppgifter
Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20% av arbetstiden.

Projektets bakgrund: Att förstå den neurala grunden för beteende och dess utveckling kräver djup kunskap om de neurala kretsar som driver beteende över en rad olika djurarter. Med utgångspunkt i denna premiss har vi börjat sammanställa connectomics-data för insektshjärnans beslutsfattande centrum (det centrala komplexet) från hela insektsfylogenin, hittills med fokus på arter i ordningen hymonoptera. Vi har börjat jämföra dessa insekter med mer uråldriga hemimetabola arter, i syfte att identifiera bevarade kretselement och hotspots för evolutionär förändring.

Syfte: Projektet kommer att bygga vidare på detta tillvägagångssätt för att få svar på hur viktiga beslutskretsar kan anpassas för att matcha ekologiska behov, avslöja vilka element som är evolverbara och hur fylogenetiska begränsningar påverkar funktionell diversifiering och konvergens i insektens centrala komplex. Projektet kommer också att syfta till att ytterligare optimera dataanalys och avbildningsmetoder, vilket stärker komparativiteten i metoden. Med hjälp av våra senaste framsteg inom datainsamling och analysmetoder kommer vi att generera connectomics-data av det centrala komplexet av hittills outforskade delar av insektsfylogenin, som direkt kompletterar våra befintliga data.

Metoder: Vi kommer att använda block-face elektronmikrokopi i multipla upplösningar för att erhålla bildseier som täcker hela det centrala komplexet. Autosegmentering och halvautomatiska skelettspårningsskript kommer att tillämpas för att erhålla globala projektomer och lokala kopplingar från varje prov. Projektet kommer sedan att kombinera graf-teoretiska tillvägagångssätt för att avslöja de evolutionära trenderna och mekanismerna bakom beslutsfattande kretsar. I nära samarbete med beräkningsmodellerare i vårt team kommer vi också att förutsäga den funktionella relevansen av identifierade kretsmodifieringar.

Behörighet
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har

•    avlagt examen på avancerad nivå eller

•    fullgjort kurser om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, med innehåll som är relevant för forskarutbildningen eller

•    på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för biologi uppfyller den som har avklarat ett självständigt arbete (till exempel examensarbete) i relevant ämne omfattande minst 30 högskolepoäng, samt har goda kunskaper i det engelska språket, såväl skriftligt som muntligt.

Övriga krav
•    MSc i Biologi / Neurobiologi eller på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

•    Utmärkta kunskaper i engelska, både i läsförståelse och skrift.

•    Mycket god förmåga till proaktivt och självständigt arbete.

•    Praktisk erfarenhet av EM-baserat connectomics-arbete, inklusive bildannotering och analys, med användning av helst Flywire och CATMAID

•    Grundlig förståelse för insekternas neurala kretsar.

Det är meriterande om kandidaten har:

•    Erfarenhet av databehandling, statistisk beräkning och scripting i Python, Matlab och R, eller motsvarande.

•    Erfarenhet av att analysera mycket stora, komplexa datamängder, t.ex. med hjälp av grafteori/analys

•    Erfarenhet av maskininlärning assisterad mikroskopi bildanalys/annotering

Bedömningsgrunder
Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

•    Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.

•    Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.

•    Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.

•    Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, till exempel yrkeserfarenhet.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor
Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (det vill säga max 20%). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1–7 §§.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla ett personligt brev med motivering till varför du är intresserad av doktorandutbildningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa.