Postdoktor inom bioinformatik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av arbetsplatsen
Forskargruppen Kardiovaskulär forskning – Translationella studier bedrivs forskning inom kardiovaskulär sjukdom med fokus på biologiska skillnader som ligger till grund för akuta komplikationer såsom hjärtinfarkt och stroke. Forskningen är translationell och omfattar studier av human vävnad och flertalet in-vitro modeller. Gruppen har i många år varit i framkant av fältet och har etablerade samarbete med internationella forskargrupper.

Gruppen, som leds av professor Isabel Goncalves och docent Andreas Edsfeldt, består och postdoks, doktorander, bioinformatiker samt laboratorieingenjörer med både klinisk och preklinisk bakgrund. Verksamheten är lokaliserad på CRC i Malmö.

Vi har ett brett samarbete mellan våra gruppmedlemmar och med närliggande grupper inom samma område och strävar efter en utvecklande och stimulerande arbetsplats för alla. Vi stödjer yngre forskare i gruppen att etableras som självständiga forskare. Du kan läsa mer om vår forskning på vår hemsida.

Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet.  

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra, och strävar efter en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare. Vi arbetar vi ständigt för att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare. Vi värnar både om den fysiska säkerheten och psykosociala arbetsmiljön.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden
Vi söker en motiverad postdoktor till ett projekt i världsklass som arbetar med att identifiera underliggande biologiska orsaker till komplikationer av åderförkalkning, en av de vanligaste dödsorsakerna globalt. Delar av projektet riktar sig även specifikt mot sjukdomar som är starkt kopplade till åderförkalkning såsom diabetes.

Projektet bygger på en världsunik human vävnadsbiobank med ett mycket stort antal åderförkalkningsplack där vi studerar skillnader i biologiska processer såsom metabola mönster, cellfenotyper, inflammation och extracellulärmatrix, som ligger till grund för akuta komplikationer av åderförkalkning. Projektet använder även and stora humana kohorter som har bilddiagnostik, RNA-sekvensering, GWAS och kliniska uppföljningsdata. Studierna i projektet har genererat ett flertal publikationer i tidsskrifter med hög impact (European Heart Journal, JACC, Circulation mm). Projektet bygger även på nära samarbeten med andra starka grupper i internationellt välkända miljöer (till ex Oxford, Amsterdam och Mayo kliniken i USA).

Anställningen erbjuder en viktig möjlighet att bli involverad i ett projekt med hög potential för patientbehandling i framtiden.

Som postdoktor kommer du att arbeta i direkt samarbete med Prof Goncalves och docent Edsfeldt (de seniora forskarna som leder projekten) och i nära samarbete med övriga gruppmedlemmar. Gruppen består av 15 personer (inklusive sjuksköterskor, biomedicinska forskare, stipendiater, postdoktorer och doktorander) och är en del av LUDC där det finns ett stort intresse för kardiovaskulära komplikationer av diabetes. På grund av den växande mängden data och möjliga mål som genereras av gruppen kommer postdoktorn att vara avgörande för oberoende målvalidering och analyser av data. Du förväntas att självständigt kunna initiera, planera och utföra analyser av data, handleda yngre kollegor, tolka data och presentera resultaten i publikationer samt vid internationella möten.

Den sökande skall ha erfarenhet av genetiska studier och/eller maskininlärning. Personen som erhåller tjänsten kommer att ansvara för att utveckla och implementera bioinformatiska analyser och verktyg för att främja forskningsprojektet. Detta innebär analysering och tolkning av storskaliga genetiska och bilddiagnostiska data, identifiering av genetiska varianter samt identifiering av biomarkörer och molekylära mekanismer som ligger till grund för åderförkalkning och som kan användas för att prediktera kardiovaskulära komplikationer.

Den sökande förväntas även självständigt introducera och optimera nya metoder.

Även andra arbetsuppgifter kan bli aktuella.

Behörighet
Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas, och bevis om att behörighetskravet är uppfyllt ska ha inkommit senast vid denna tidpunkt. Främst den kommer i fråga som har avlagt examen för högst tre (3) år sedan. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter.

Bedömningsgrunder
Vid Lunds universitet ska en anställning som postdoktor ge möjlighet till vetenskaplig och pedagogisk meritering. I första hand ges utrymme för meritering inom forskning, men även till viss högskolepedagogisk utbildning. Undervisning kan även ingå i arbetsuppgifterna.

Vid anställning som postdoktor kommer främst beaktas vetenskaplig förmåga.

Övriga kvalifikationer
För anställningen krävs:

• Disputerad i bioinformatik, beräkningsbiologi, genetik eller ett närliggande område. Beprövad erfarenhet av att analysera transkriptomik (bulk, singel cell och spatial RNA-sekvensering), bilddiagnostik (histologiska färgningar, ultraljud och datortomografi-bilder), genetik (SNP-analyser, exomsekvensering och WGS) och epigenetik (metyleringsanalyser, ChIP-sekvensering och ATAC-sekvensering) samt proteomik.
• Utmärkt analytisk förmåga och problemlösningsförmåga.
• Starka programmeringskunskaper i Python eller Java.
• Goda kunskaper om statistiska analyser i R eller SPSS.
• Erfarenhet av att skriva vetenskapliga manuskript för publicering.
• Utmärkt kommunikationsförmåga samt förmåga att självständigt arbeta. Det är också viktigt att kunna samarbeta i en grupp. 
• Flytande engelska (tal och skrift)

Meriterande för anställningen är:

• Beprövad erfarenhet av att utveckla/tillämpa maskininlärning inom medicinsk forskning.
• God erfarenhet i handledning av studenter och doktorander
• Genomförd internationell postdoc

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper. Arbetsuppgifterna kräver att du är flexibel, innovativ, social och intresserad av internationella samarbeten, noggrann och dokumenterar väl.

Villkor
Anställningen är tidsbegränsad till två år och avser heltid, med möjlighet till förlängning med upp till ett år. Önskat tillträdesdatum är 2023-06-01 eller enligt överenskommelse. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter (Arbetsgivarverket, OFR:s, Saco-S och SEKO) daterat 2021-11-19. Anställningen kan också förlängas om det finns särskilda skäl. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla:

Ett personligt brev (max 2 sidor) där du beskriver varför du är intresserad i projektet, hur du uppfyller eftersökta kvalifikationer (inklusive tidigare självständiga projekt och tekniska färdigheter), samt dina forskningsintressen och framtida karriärplaner. CV – inklusive namn och kontaktinformation till två tidigare handledare. Komplett publikationslista (kan inkluderas i din CV). Kopia av examensbevis (PhD diplom eller ekvivalent).