Postdoktor med inriktning mot generativ modellering för att skapa syntetiska kohorter för hjärnforskning

Beskrivning av arbetsplatsen

Inom forskargruppen för klinisk minnesforskning bedrivs forskning som är inriktad på att förstå biologiska processer bakom Alzheimers sjukdom och andra neurodegenerativa sjukdomar. Vi arbetar med patienter och kognitivt friska volontärer, vilka genomgår omfattande tester med hjärnavbildning, mätningar av biomarkörer och neuropsykologisk testning, samt med djur- och cellbiologiska experiment. Du kan läsa mer om forskningen här. Forskargruppen leds av professor Oskar Hansson. Anställningen är placerad vid BMC i Lund.

Neurodegenerativa sjukdomar är komplexa och mångfacetterade. Det övergripande målet med projektet är att utveckla avancerade statistiska modeller och artificiella neurala nätverk som kan bidra till förbättrad förmåga att diagnostisera, prognostisera och stratifiera neurodegenerativa sjukdomar, såsom Alzheimers sjukdom. Specifikt kommer projektet att fokusera på generering och validering av syntetiska multimodala kohorter, som kan användas för att underlätta delning av data, träna prediktiva modeller och möjliggöra nya upptäckter av komplexa associationer i högdimensionella data.

Forskningen kommer bedrivas under ledning av universitetslektor Niklas Mattsson-Carlgren, professor Oskar Hansson och biträdande universitetslektor Jacob Vogel.

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra, och strävar efter en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare. Vi arbetar ständigt med att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare. Vi värnar både om den fysiska säkerheten och psykosociala arbetsmiljön.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss; Jobba hos oss.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Din huvudsakliga arbetsuppgift som postdoktor består av att utveckla lösningar för att generera högdimensionella syntetiska kohorter, bestående av simulerade biomarkör- och hjärnavbildningsdata från patienter med neurodegenerativa sjukdomar, samt friska äldre kontrollpersoner. Du kommer att använda moderna generativa maskininlärningsmodeller, vilket kan inkludera generativ djupinlärning (t.ex. generativa adversariella nätverk eller diffusionsbaserade transformatorer). Vid framgångsrik syntes kommer kohorterna att återspegla originaldatamängdens samband mellan multimodala egenskaper (t.ex. biokemiska markörer, neuroavbildning, kognitiva tester, proteomik och genomik), men även möjliggöra reproducerbara nya upptäckter. Dessutom bör genereringen av syntetiska data bevara patientintegritet och sekretess på ett sätt som möjliggör flexibel och snabb delning av syntetiska data mellan forskare och laboratorier.

Analysen kommer särskilt att använda våra egna stora och unikt djupt fenotypade kohorter (BioFINDER-studierna) ledda från Lund och Malmö, men också kohorter från andra källor som vi analyserar i olika samarbeten. Vi förväntar oss att analyserna kommer att vara beräkningsmässigt krävande och du kommer därför att ha tillgång till kraftfulla datorresurser för att lösa uppgifterna.

Din forskning kommer främst bestå av statistiska analyser, skrivande av vetenskapliga artiklar, och presentationer av resultat vid nationella och internationella konferenser. Majoriteten av forskningen genomförs i samarbete med andra medlemmar i gruppen. Andra uppgifter inom forskargruppen kan bli aktuella. 

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas, och bevis om att behörighetskravet är uppfyllt ska ha inkommit senast vid denna tidpunkt. Främst den kommer i fråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter.

Bedömningsgrunder

Vid Lunds universitet ska en anställning som postdoktor ge möjlighet till vetenskaplig och pedagogisk meritering. I första hand ges utrymme för meritering inom forskning, men även till viss högskolepedagogisk utbildning. Undervisning kan även ingå i arbetsuppgifterna.

Vid anställning som postdoktor kommer främst beaktas vetenskaplig förmåga.

Övriga kvalifikationer

Krav för anställningen är:

• Doktorsexamen inom ingenjörsvetenskap, bioinformatik, statistik, datavetenskap, matematik, beräkningsbiologi eller ett relaterat ämne. Detta krav behöver vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Vi välkomnar därmed även sökande med planerad doktorsexamen inom kort
• Avancerade programmeringskunskaper, t.ex. i R eller Python.
• God kunskap om maskininlärning, generativ modellering och djupinlärning
• God kunskap om parallella och distribuerade beräkningar, inklusive användning av beräkningskluster
• God kunskap om muntlig och skriftlig kommunikation på engelska
• Mycket goda kommunikations-, presentations- och skrivfärdigheter
• Goda samarbetsfärdigheter och förmåga att arbeta självständigt
• Goda analytiska och initiativtagande färdigheter

Meriterande för anställningen är:

• Erfarenhet av att generera syntetiska data
• Erfarenhet av tekniker för bevarande av integritet och sekretess
• Erfarenhet av demens- och åldersforskning

Villkor

Anställningen är tidsbegränsad till två år och avser heltid, med möjlighet till förlängning med upp till ett år. Preliminärt startdatum är 2024-09-01 eller enligt överenskommelse. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter (Arbetsgivarverket, OFR:s, Saco-S och SEKO) daterat 2021-11-19.

Instruktioner för ansökan

Ansökan till tjänsten sker genom universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller de eftersökta kvalifikationerna och varför du är intresserad av tjänsten. Ansökan behöver även innehålla ett CV, kontaktuppgifter till två referenser, examensbevis (inklusive betygsavskrift) och andra dokument som du vill ska beaktas (t.ex. rekommendationsbrev).