Doktorand i bioinformatik och maskinlärning

Ämnesbeskrivning

Vid Lunds universitet utlyser vi tjänsten som DDLS doktorand i Data driven evolution och biologisk mångfald.,

Projektet syftar till att förstå hur kodonanvändning har utvecklats i organismer, att avslöja varför och var bevarande av kodon är centralt för organismers kondition, och hur de tredimensionella strukturerna hos proteiner påverkar kodonval i kodande gener. Den rekryterade doktoranden kommer att utveckla metoder för att brett studera mönster för kodonanvändning över organismer och tillämpa storskalig evolutionär analys. En central komponent i forskningen kommer att vara att utveckla maskininlärning och djupinlärningsmetoder tränade på kodande sekvenser och proteinstruktur för att extrahera mönster i data och för att dra mekanistiska slutsatser. Projektet kommer att innebära viss experimentellt utvärdering av modeller i samarbete med forskare vid Linnéuniversitetet. Den rekryterade doktoranden kommer att skrivas in på DDLS forskarskola.

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för  datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,3 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/ .

Datadriven evolution och biodiversitet omfattar forskning som drar nytta av de massiva dataströmmarna från tekniker som storskalig genom- och biomsekvensering, kontinuerlig inspelning av video och ljud i naturen, storskalig analys av biologiska prover, och storskalig distansbaserad övervakning av organismer eller livsmiljöer.

Livsvetenskapens framtid är data driven. Kommer du att leda den förändringen med oss?

Ansök nu!

Arbetsuppgifter

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har

• avlagt examen på avancerad nivå eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, med innehåll som är relevant för forskarutbildningen eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för molekylär biofysik uppfyller den som har:

• Minst 120 högskolepoäng ska utgöras av kemikurser, inkluderande grundläggande kurs i biokemi eller cellbiologi,
• minst 30 högskolepoäng examensarbete på avancerad nivå inom den valda inriktningen eller närbesläktade inriktningar.
• Den särskilda behörigheten kan också ha erhållits genom annan motsvarande utbildning, vilket prövas i varje enskilt fall

Övriga krav:

• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.
• Studier på mastersnivå i ett program med god förberedelse för forskning och tillämpning av bioinformatik och maskininlärning på sekvenser och molekyler. Detta kan vara ett program i bioinformatik, beräkningsbiologi , maskininlärning, molekylär bioteknik, beräkningskemi, molekylär fysik, datavetenskap, med tillräckliga förberedelser för att slutföra DDLS forskarskola.
• En studiebakgrund inklusive kurser ägnade åt molekylära ämnen tillräckligt för förstå den biologiska bakgrunden i projektet.
• Visad förmåga att skriva vetenskaplig kod med hjälp av programmeringsspråk som python och/eller C++.

Bedömningsgrunder

Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

1. Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.
2. Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
3. Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
4. Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Övriga meriter:

• Erfarenhet av att utveckla metoder för djupinlärning eller mer sofistikerade metoder för maskininlärning
• Erfarenhet av sekvensbaserad bioinformatik och evolutionära modeller
• Projektet kommer att innebära en begränsad mängd experimentell testning av beräkningsmodeller. En vilja att ta sig an detta arbete krävs. Erfarenhet av praktiskt arbete med celler och DNA är fördelaktigt, men inget krav.
• Ett intresse av att arbeta i en multidisciplinär forskningsmiljö och samarbeta med andra medlemmar i forskargruppen som gör experimentellt arbete eller fokuserar på andra områden av beräkningsmodellering

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor

Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Önskar startdatum 1 september 2025, dock senast 1 oktober 2025.

Instruktioner för ansökan

Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).

Intervjuer planeras att hållas 9-13 juni.