Postdoktor i Djupinlärningsbaserad design av proteinhalvledarmetamaterial

Beskrivning av arbetsplatsen

Amijai Saragovi-laboratoriet vid Lunds universitet är en del av Avdelningen för tillämpad biokemi inom Kemiska institutionen. Saragovi-laboratoriets långsiktiga vetenskapliga mål är att utveckla och tillämpa en kombinerad beräkningsmässig, artificiell intelligens (AI)-baserad och högkapacitets experimentell metod för att systematiskt kartlägga protein–halvledar hierarkier och designa de novo-strukturerade arkitekturer med atomär precision.

Postdoktorprojektet syftar till att designa de novo-proteiner som självorganiserar i definierade arkitekturer och styr bildningen av halvledarmaterial med sub-nanometer precision. Tjänsten ingår i ett tvärvetenskapligt samarbete mellan Kemiska och Fysiska institutionen, där expertis inom protein design, biokemi och halvledarfysik förenas. Forskningen kommer att bedrivas vid Avdelningen för tillämpad biokemi i nära samarbete med forskargrupper vid Center for Molecular Protein Science (CMPS) och halvledarkarakteriseringsgrupper inom NanoLund.

Saragovi-laboratoriet består för närvarande av flera masterstudenter och forskningspraktikanter, och kommer att utökas med ytterligare postdoktorer och doktorander under början av 2026. Laboratoriet är fysiskt beläget vid Kemicentrum i Lund och är en del av det dynamiska NanoLund-nätverket, som samlar över 400 forskare från olika discipliner. Samarbetet ger tillgång till omfattande beräkningsresurser (GPU-noder), avancerad högkapacitets utrustning (inklusive FACS, massfotometer, ITC, SPR med flera) samt karakteriseringsverktyg i världsklass såsom högupplösande TEM, ellipsometri och renrumsteknik. Dessa samlade resurser möjliggör en stark återkopplingsloop mellan beräkning och experiment, som är centrala för projektet.

Särskild ämnesbeskrivning

Nya genombrott inom djupinlärningbaserad protein design, uppmärksammade genom Nobelpriset i kemi 2024, har möjliggjort skapandet av proteiner med nästan atomär noggrannhet. Modeller som RFdiffusion, LigandMPNN och hallucinationsbaserade ramverk kan nu generera symmetriska oligomerer, kapslar och ryggradsstrukturer samtidigt som de optimerar sekvensegenskaper. Ett framväxande forskningsområde fokuserar på att designa proteiner som fungerar som mallar för oorganiska gränsytor, där symmetriska oligomerer styr polymorfism, kristallplankomposition och geometri hos oorganiska material. Projektet syftar till att etablera det första design ramverket för programmerbara, funktionella protein–halvledarmetamaterial, och därigenom bidra till en bredare vision om hållbar biofabrikation av (opto)elektronisk nanoteknologi. För ytterligare upplysningar om anställningen, vänligen kontakta Amijai Saragovi (huvudsökande/PI) på e-postadress amijai.saragovi@ftf.lth.se

Arbetsuppgifter

I arbetsuppgifterna som postdoktor ingår främst att bedriva forskning.  Även undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna, dock högst en femtedel av arbetstiden. Inom ramen för anställningen ges det möjlighet till tre veckors högskolepedagogisk utbildning. Syftet med anställningen är att utveckla sin självständighet som forskare samt skapa förutsättningar för vidare meritering.

Arbetsuppgifterna innefattar:

• Utveckla beräkningsmässiga proteindesign-pipelines för att möjliggöra design av: (1) volymer, symmetriska eller Janus-arkitekturer som kapslar in definierade hålrum, (2) gränsytor, mallar och katalytiska motiv som styr kontrollerad bildning av utvalda halvledarmaterial inom avgränsade utrymmen, (3) porer, strukturer som reglerar selektivt inflöde av metalljoner i nanokammare, samt, (4) inerta ytor,  yttre sammansättningar som förblir stabila i övermättade lösningar.
• Utföra högkapacitets uttryck och screening av designade proteiner för att experimentellt utvärdera deras strukturella och funktionella kvalitet.
• Genomföra experimentell karakterisering av hybridmaterial mellan mjuka och hårda hierarkiska strukturer för att studera deras sammansättning, funktion och halvledaregenskaper.
• Nära samarbete med forskargrupper inom CMPS och NanoLund, och integrera expertis från kemi, biofysik och halvledarmaterialvetenskap.
• Bidra till ansökningar om forskningsfinansiering och söka extern finansiering som en del av din akademiska utveckling (projektet är fullt finansierat).
• Utföra administrativa uppgifter kopplade till forskningsverksamheten ovan.

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen inom forskningens ämnesområde. Bevis om att behörighetskravet är uppfyllt ska ha inkommit senast vid tidpunkten då anställningsbeslut fattas. Prioriteringen kommer ges till sökande som avlagt examen högst tre år före sista ansökningsdagen. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare.

• Du har en god förmåga att utveckla och bedriva forskning av hög vetenskaplig kvalitet.
• Du har en doktorsexamen i biokemi, biofysik, kemi, beräkningsbiologi eller ett närliggande område.
• Du har mycket goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift.
• Du har en stabil programmeringsgrund och känner dig bekväm med att utveckla och underhålla beräkningsmässiga protein design-pipelines.
• Du har grundläggande erfarenhet av biokemiskt laboratoriearbete.
• Du har förmåga att arbeta självständigt samt i samarbete i en tvärvetenskaplig och vetenskapligt krävande miljö.
• Du har öppenhet för att lära dig och tillämpa nya beräkningsmässiga och experimentella metoder.
• Du har ett starkt engagemang och intresse för att arbeta med komplexa designproblem.

Övriga krav:

• Det är meriterande om du har fördjupade kunskaper i oorganisk och organisk kemi.
• Det är meriterande om du har erfarenhet av utveckling av djupinlärningsmodeller eller beräkningsbaserad protein design.
• Det är meriterande om du har erfarenhet av att integrera experimentella och beräkningsmässiga arbetsflöden.
• Det är meriterande om du har erfarenhet av handledning eller mentorskap för studenter.

Bedömningsgrunder

Detta är en meriteringsanställning främst inriktad på forskning. Anställningen är tänkt som ett inledande steg i karriären och bedömningen av de sökande kommer i första hand att baseras på deras vetenskapliga meriter och potential som forskare. Särskild vikt kommer att fästas vid vetenskaplig förmåga inom ämnesområdet.

Vid anställning av postdoktor ska följande utgöra grund för bedömning:

• God förmåga att utveckla och genomföra forskning av god kvalitet.
• Pedagogisk förmåga.

Övriga meriter:

• Stark förmåga att arbeta både självständigt och i samarbete inom en tvärvetenskaplig och vetenskapligt krävande miljö.
• Dokumenterad öppenhet för att lära sig och tillämpa nya beräkningsmässiga och experimentella metoder.
• Engagemang och drivkraft att arbeta i ett ambitiöst och vetenskapligt utmanande projekt.
• Mycket goda muntliga och skriftliga kunskaper i engelska.
• Dokumenterad förmåga att utveckla, genomföra och kommunicera forskning av hög kvalitet inom relevanta vetenskapsområden.
• Dokumenterad erfarenhet motsvarande en doktorsexamen i biokemi, biofysik, kemi, beräkningsbiologi eller ett närliggande område.
• God programmeringsvana och förståelse för protein design-pipelines.
• Kunskap om beräkningsmässiga arbetsflöden för protein design.
• Fördjupade kunskaper i oorganisk och organisk kemi relevanta för design av hybridmaterial.
• Betydande erfarenhet av att utveckla djupinlärningsmetoder med beräkningsramverk som PyTorch eller TensorFlow.
• Erfarenhet av handledning eller mentorskap av studenter samt av arbete i forskargrupper med starkt teamfokus.

Hänsyn kommer att tas till hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka forskningen inom avdelningen/institutionen samt bidra till dess framtida utveckling.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension.

Denna anställning erbjuder en unik möjlighet att utveckla banbrytande kompetens i korsningen mellan protein design, artificiell intelligens (AI) och halvledarnanovetenskap – ett av de mest lovande och snabbt växande forskningsområdena inom naturvetenskap och teknik. Som postdoktor kommer du att ingå i en tvärvetenskaplig och starkt samarbetsinriktad miljö, och arbeta nära experter inom protein design, biokemi och halvledarfysik vid NanoLund och Center for Molecular Protein Science (CMPS). Du blir en del av ett ambitiöst och dynamiskt forskningsteam som utforskar nya gränser inom programmerbara protein–halvledarmaterial, genom att kombinera beräkningsmodellering, hög samplingsfrekvens experiment och avancerade karakteriseringstekniker.

Anställningen erbjuder goda möjligheter till vetenskaplig utveckling, internationellt nätverkande och karriärutveckling, inklusive stöd för att utveckla egna forskningsidéer och söka extern finansiering.
Läs mer på universitets webbplats om att Jobba hos oss. https://www.lu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss

Övrigt

Anställningen är tidsbegränsad till 2 år och avser heltid. Anställningen tidsbegränsas enligt kollektivavtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”.

Så här söker du

Ansökan ska skrivas på engelska och bör innehålla CV inkl publikationslista, personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina forskningsmeriter. Ansökan ska även innehålla kopia av doktorsexamen eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc)”.

Välkommen med din ansökan!