Postdoktor i proteinkristallografi/beräkningskemi

Särskild ämnesbeskrivning

Denna postdoktorala tjänst är en del av EU:s samfinansierade forskningsprojekt AMBER, Advanced Multiscale Biological imaging using European Research infrastructures, som kommer att ta itu med vetenskapliga och sektoriella luckor i biologisk avbildning från molekylär, via cellulär, till vävnads-, organ- och organismnivå, och samordnas av LINXS Institute of advanced Neutron and X-ray Science.

AMBER finansieras av EU:s Marie Skłodowska-Curie (MSCA) COFUND-program.

Cirka 15 postdoktorer kommer att rekryteras i den femte utlysningen 2026, varje tjänst är 36 månader.

AMBER har sex samverkanpartners: Lunds universitet/MAX IV, Sverige, European Spallation Source (ESS), Sverige, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Institut Laue-Langevin (ILL), Frankrike, International Institute of Molecular Mechanisms and Machines, (IMOL), Polen, och Leicester Institute of Structural and Chemical Biology, Storbritannien.

Ditt arbete kan omfatta kliniska och biomedicinska projekt. Det kan också omfatta teknikutvecklingsarbete som syftar till att kombinera avbildningstekniker och dataanalys för att ge en mer integrerad bild av livsprocesser i samband med hälsa och sjukdom. Som postdoktor inom AMBER-programmet får du tillgång till oöverträffade medicinska, biologiska och metodologiska möjligheter, med en djupgående potentiell inverkan på Europas nästa generation av forskning och forskare. När du har slutfört AMBER-programmet kommer du att vara utomordentligt välutrustad för att främja din karriär inom den akademiska världen, vid infrastrukturer, inom hälso- och MedTech-sektorerna och därefter.

För mer information om de totalt utlysta postdoktorala tjänsterna inom AMBER co-fund-projektet, besök  https://www.euraxess.se/jobs/392999

Intervjuerna kommer att inledas i april/maj 2026. För mer information om AMBER, ansöknings- och utvärderingsprocessen etc., besök: ambercofund.eu

Arbetsuppgifter

I arbetsuppgifterna som postdoktor ingår främst att bedriva forskning. Undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna, dock högst en femtedel av arbetstiden. Inom ramen för anställningen ska det ges möjlighet till tre veckors högskolepedagogisk utbildning.

Beskrivning av forskningsprojekt – Mekanism av triosfosfatisomeras

Dr. Esko Oksanen är forskare och expert på avdelningen Beräkningskemi samt instrumentforskare på European Spallation Source. Hans forskning förenar experimentell strukturinformation med beräkningskemiska metoder i syfte att förstå enzymernas mekanismer. Triosfosfatisomeras är en nyckelenzym i glykolys som katalyserar en mycket snabb isomerisering mellan glyseraldehyd-3-fosfat och dihydroxyacetonfostat. Veteatomer spelar en nyckelroll i denna prosess, men är inte synliga i röntgenstrukturer. Därför har vi använt neutronkristallografi i syfte att lokalisera dessa veteatomer (Kelpsas et al. 2021, https://doi.org/10.1107/S2052252521004619) i komplex med inhibitorer. Medan informationen om protoneringstillstånden kräv för mekanistisk förståelse, behövs det beräkningskemiska metoder för att modellera reaktionsbanan. Vi har tidigare använt kvantmekanik/molekylmekanik (QM/MM) modellering för att undersöka reaktionens kemiska steg, men vår preliminärdata från enzymvarianter pekar på at vår tidigare modell från 2021 behöver modifieringar som inte kan beskrivas enbart med QM/MM. Våra variantstrukturer visar också vägar att uppnå en struktur med substratet dihydroxyacetonfosfat som tidigare inte har varit möjlig.

I detta projekt – som bygger på befintlig neutrondata – år målet att bestämma ett röntgen och neutronstruktur av triosfosfatisomeras med substratet genom modifiering av våra befintliga kristalliseringsprotokoller för stora kristaller. Detta ska följas upp av modellering av reaktionsbanan med hjälp av både QM/MM och empiriska valensbindningsmetoder (EVB). Det senare medger större rörelser än QM/MM medan kemin beskrivs tillräckligt noggrant. För EVB metoder samarbetar vi med Prof. Lynn Kamerlin på Georgia Tech (samt gästprofessor på Lunds Universitet).

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom anställningens ämnesområde och som avlagts högst tre år före datum för anställningsbeslut. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare, dock högst 8 år enligt vad som krävs i projektets Grant Agreement som undertecknats med Europeiska kommissionen.

Minimikrav är:

• minst en originalpublikation i en fackgranskad tidskrift,
• en bakgrund inom relevanta metoder; antingen kristallografi eller beräkningskemi av biomolekyler
• ett komplett ansökningspaket som lämnas in via AMBER-portalen (inklusive CV och detaljerad forskningsplan), och slutligen
• strikt efterlevnad av MSCA:s mobilitetsregel om att forskaren inte får ha varit bosatt eller bedrivit sin huvudsakliga verksamhet (arbete, studier etc.) i värdorganisationens land under mer än tolv månader under de tre åren omedelbart före utlysningens sista ansökningsdag.

Övriga krav:

• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.
• Erfarenhet is strukturell enzymologi

Varje projekt kommer att ha ytterligare specifika krav som kandidaterna måste uppfylla, se till att kontrollera vilka dessa är innan du ansöker.

Bedömningsgrunder

Detta är en meriteringsanställning främst inriktad på forskning. Anställningen är tänkt som ett inledande steg i karriären och bedömningen av de sökande kommer i första hand att baseras på deras vetenskapliga meriter och potential som forskare.

Särskild vikt kommer att fästas vid vetenskaplig förmåga inom ämnesområdet.

Vid anställning av postdoktor ska följande utgöra grund för bedömning:

• God förmåga att utveckla och genomföra forskning av god kvalitet.
• Pedagogisk förmåga.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka pågående forskning inom institutionen samt bidra till dess framtida utveckling.

Villkor

Anställningen är tidsbegränsad till max tre år och avser heltid. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter daterat 2022-02-01 (Arbetsgivarverket, OFR:s, och Saco-S).

Instruktioner för ansökan

För mer information och dokument/mallar/europass-länk, besök https://www.ambercofund.eu/for-applicants.

Ofullständiga ansökningar kommer inte att beaktas. Se till att du laddar upp alla nödvändiga dokument som anges nedan i-ix.

Om du är intresserad av att söka mer än en tjänst (högst 3) måste du vara beredd att lämna in en fullständig ansökan för varje enskild tjänst.

Ansökningarna ska skrivas på engelska och alla dokument ska vara i pdf-format.

i) En meritförteckning (europass-format). Ditt CV ska exporteras till en PDF-fil som du använder i din ansökan.

ii) En detaljerad forskningsplan för projektet ovan inklusive eventuella planerade utstationeringar (kandidater kan föreslå fler än den obligatoriska, de kan också föreslå sina egna utstationeringar), skolor och konferenser samt en mall för budgetplan. (så kortfattad som möjligt, Forskningsplanen ska vara så kortfattad som möjligt, 3 sidor, inklusive en tredjedels sida för sammanfattning/abstract.

Ytterligare texter som ska inkluderas i PDF:en är

iii) Letter of Commitment från eventuella ytterligare secondment partners

iv) Bevis på kunskaper i engelska (minst CEFR B22, kontrolleras även vid intervjun).

v) Ett utkast till en individuell karriärutvecklingsplan (ICDP).

vi) Två referensbrev.

vii) Eventuella ytterligare dokument som stöd för ansökan.

viii) Etiskt frågeformulär (checklista för högskoleetik + forskningsetiskt åtagande)

Dessutom kommer ansökan att kräva:

ix) Varje kandidat kan ansöka om högst 3 tjänster. Du måste ansöka för varje enskild tjänst. En lista med önskad ordning på tjänsterna ska skickas till AMBER-ledningen. amber@linxs.se