Doktorand i strukturell och funktionell proteinbioinformatik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Forskargruppen

Vid forskargruppen för protein evolution bedrivs forskning inom utvecklingen av proteinfunktion och struktur. Vi arbetar främst med bioinformatiska metoder, utvecklar våra egna verktyg och drar nytta av den stora mängd tillgängliga genom och förutspådda proteomsekvenser. Verksamheten är lokaliserad på Biomedicinskt centrum i Lund. Du kan läsa mer om vår grupp på vår labwebbplats här: https://atkinson-lab.com/ och om avdelningen här: https://www.medicin.lu.se/medicinska-fakulteten-vid-lunds-universitet/institutioner/institutionen-experimentell-medicinsk-vetenskap

En av våra huvudsakliga forskningsinriktningar gäller toxin-antitoxinsystem (TA) av bakterier och bakteriofager, vilket har lett till papper i PNAS(1) och Molecular Cell(2) om toxSAS-enzymer som dramatiskt hämmar bakterietillväxt genom att producera giftiga nukleotider, eller modifiera tRNA, samt en nyare preprint på den hyper-promiskuösa antitoxindomänen som vi har döpt till Panacea(3). Vårt arbete med toxin-antitoxiner och deras utveckling, struktur, funktion och biotekniska tillämpningar stöddes nyligen av ett generöst bidrag från stiftelsen Knut och Alice Wallenberg (se https://kaw.wallenberg.org/forskning/gas-och-broms-bakteriers-tillvaxt). Som en mekanism för försvar mot bakteriofager har TAs betydelse för att utveckla nya biotekniska verktyg, samt förstå och så småningom övervinna naturliga hinder för fagterapi för behandling av antibiotikaresistenta infektioner.

Referenser

1. Jimmy, S. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 117, 10500-10510, (2020).
2. Kurata, T. et al. Mol Cell 81, 3160-3170 e3169, (2021).
3. Kurata, T.et al. Proc Natl Acad Sci U S A (in press) and bioRxiv, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.1105.1107.442387v442381, (2021).

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra. Vi värnar om en arbetsplats som känns utvecklande och stimulerande för alla medarbetare.

Vi söker härmed en driven doktorand för arbete med att fortsätta laboratoriets högeffektiva arbete och driva nya riktningar inom toxin-antitoxinsystemforskning. En del av projektet kommer att vara användningen av metoder för djupinlärning för strukturell förutsägelse som AlphaFold2. Anställningen är under en period av 4 år på heltid med tillträdesdatum 220301 eller enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter

I detta doktorandprojekt kommer du att använda och utveckla bioinformatiska verktyg för att förutsäga strukturen och den biologiska funktionen hos toxin-antitoxinsystem av bakterier och bakteriofager. Bioinformatiska förutsägelser som kommer ut ur detta projekt kommer att verifieras experimentellt genom vårt samarbetsnätverk. Mycket av projektet kommer att fokusera på toxin-antitoxinsystem, men du kommer också att ha möjligheter att vidga dina horisonter till andra molekylära system. Du får möjlighet att delta och presentera ditt arbete på internationella möten.

Kvalifikationer

• Kodningskunskaper (helst i Python)
• Erfarenhet av strukturell bioinformatik
• Bakgrundsförståelse för och intresse för molekylärbiologi och evolution av mikrober
• Kunskaper i engelska i tal och skrift.

Meriterande för anställningen är:

• Erfarenhet av att skapa pipelines för användning med högpresterande datorkluster
• Kompetens inom hantering av stora dataset
• Tidigare användning av metoder för maskininlärning eller artificiell intelligens, särskilt för strukturella förutsägelser som AlphaFold2 eller RosettaFold.
  
  

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.

Instruktioner för ansökan

1. Ett följebrev (max 1 sida) med följande avsnitt:

a) Motivation

(Förklara ditt intresse för projektet, motivation för att söka och vad du hoppas kunna lära dig)

b) Behörighet och erfarenhet

(Förklara hur du uppfyller behörighets- och kvalifikationskraven, beskriv din tidigare relevanta erfarenhet och beskriv hur du kommer att bidra till forskargruppen.)

2. Ett fullständigt CV med kontaktuppgifter för två referenser

3. Certifikat av kandidatexamen och magisterexamen