Doktorand i protein engineering och evolution - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Arbetsplatsen

Forskningen vid avdelningen för biokemi och strukturbiologi syftar till att förstå grundläggande livsprocesser på molekylär nivå med hjälp av experimentella och beräkningsmässiga tillvägagångssätt, främst med inriktning på studier av proteiners funktion och struktur. Avdelningen för biokemi och strukturbiologi är en del av Centrum för molekylär proteinvetenskap (CMPS), Institutionen för kemi. CMPS erbjuder en kreativ och stark forskningsmiljö med utmärkt infrastruktur och flera framgångsrika grupper som attraherat prestigefyllda anslag från European Research Council och Wallenbergstiftelsen (se https://www.cmps.lu.se för mer information).

Den nuvarande tjänsten är placerad i Prof. Ingemar Andrés forskargrupp. Gruppen har både experimentella och beräkningstekniska forskningsprojekt samt projekt som blandar dessa områden. Experimentellt utvecklar gruppen metoder för karakterisering av proteiner med high-througphut, metoder för att förbättra biofysiska egenskaper hos nativa och designade proteiner, och strukturell karakterisering av designade proteiner. Gruppen designar också proteinstrukturer med hjälp av beräkningsmässig proteindesign och artificiell intelligensmetodik.

Ämnesbeskrivning

Projektet syftar till att bättre förstå de evolutionära krafter som formar proteiners sekvenslandskap. Med hjälp av high-throughputmätningar av proteinstabilitet kommer effekterna av mutationer i olika i evolutionärt relaterade proteiner att utvärderas för att förstå hur naturliga proteiner har evolverats och sambandet mellan proteinsekvens och tredimensionell struktur. Du kommer att lära dig hur du använder sofistikerade experimentella metoder som labbautomation, generering av DNA-sekvensbibliotek och fluorescensaktiverad cellsortering. Projektet kommer också att involvera viss bioinformatisk analys av experimentella data och naturliga protein- och DNA-sekvenser.

Arbetsuppgifter

Arbetet omfattar generering av DNA-mutantbibliotek, rekombinant proteinuttryck, labautomation, analys av celler med fluorescensaktiverad cellsortering, förberedelse av DNA för Next Generation Sequencing, analys av sekvenseringsresultat med hjälp av bioinformatiska verktyg, proteinrening och biofysisk karakterisering av proteiner.

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna ingår det även medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden.

Behörighet

Grundläggande behörighet att antas till utbildning på forskarnivå har den som har

1. avlagt en examen på avancerad nivå, eller
2. fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.
4. Prefekt kan för en enskild sökande medge undantag från kravet på grundläggande behörighet, om det finns särskilda skäl.

Särskild behörighet

Minst 120 högskolepoäng ska utgöras av kemikurser varav minst 30 högskolepoäng examensarbete på avancerad nivå inom den valda inriktningen eller närbesläktade inriktningar.

Den särskilda behörigheten kan också ha erhållits genom annan motsvarande utbildning, vilket prövas i varje enskilt fall.

Övriga krav

• Masterutbildning inom biokemi, bioteknik, ingenjörsbiologi, biologi eller jämförbara studier med en betydande del av studier ägnade åt molekylära ämnen.
• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.

Bedömningsgrunder
Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

1. Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.
2. Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
3. Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
4. Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Övriga meriter:

• Examensarbete med experimentellt molekylärt arbete med protein eller DNA.
• Praktisk erfarenhet av molekylärbiologi och biofysisk karakterisering av proteiner.
• Tidigare erfarenhet av dataanalys med pythonprogrammering.
• Intresse av att arbeta i en multidisciplinär forskningsmiljö och samarbeta med beräkningspersoner inom forskargruppen. Intresse att lära sig vissa teoretiska koncept i proteinevolution.
• Intresse att utveckla tillvägagångssätt för att automatisera labprotokoll för high-throupgput proteinkaraktärisering.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor

Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Instruktioner för ansökan

Ansökan bör skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).