Ämnesbeskrivning

Forskning inom beräkningsskemi innebär utvecklande och tillämpandet av kvantkemiska och statistiska mekaniska beräkningsmetoder för att beskriva kemiska system och processer. Dessa metoder tillämpas för att lösa eller belysa frågeställningar inom bland annat biokemi, medicinsk kemi, fysikalisk kemi och intermolekylär växelverkan.

Arbetsuppgifter

Att beräkna hur starkt små molekyler (t.ex. läkemedelskandidater) binder till en makromolekylär receptor (t.ex. ett protein) är en av de största utmaningarna inom beräkningskemi. Den mest lovande metoden är fri-energi-perturbation (FEP), som oftast ger en användbar noggrannhet för läkemedelsindustri. Men för vissa proteiner är noggrannheten sämre. Detta gäller i synnerhet metalloproteiner där läkemedelskandidaten binder till metallen, vilket är ett problem för farmaceutiska tillämpningar. I detta projekt kommer vi att försöka lösa detta problem med tre olika typer av beräkningsmetoder. För det första kommer vi att utveckla och testa två metoder för att ta fram ett molekyl mekanik kraftfält för metaller baserat på kvantmekaniska (QM) beräkningar. För det andra kommer vi att använda explicita kombinerade QM och molekyl mekaniska (QM/MM) FEP simuleringar med olika QM metoder. För det tredje kommer vi att använda data från de senare simuleringarna för att utveckla ett maskininlärningskraftfält för metaller som sedan skall användas för FEP beräkningar. Vi kommer att testa metoderna på farmaceutiskt intressanta metalloenzymer. Projektet är ett nära samarbete mellan Lunds universitet, Chalmers och AstraZeneca.

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan även ingå medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har

• avlagt examen på avancerad nivå eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, med innehåll som är relevant för forskarutbildningen eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för beräkningskemi uppfyller den som har:

• Minst 120 högskolepoäng kemikurser varav minst 30 högskolepoäng examensarbete på avancerad nivå inom beräkningskemi eller närbesläktade inriktningar. För beräkningskemi godkänns även 60 högskolepoäng fysik och 60 högskolepoäng matematik. Den särskilda behörigheten kan också ha erhållits genom annan motsvarande relevant utbildning, vilket prövas i varje enskilt fall.

Övriga krav:

• Goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.
• Programmeringskunskaper, samt erfarenhet av Linux och högpresterande datorsystem.
• Praktisk erfarenhet av beräkningskemiska metoder (kvantkemi, molekylär dynamik, fri energistörningar etc.).
• Praktisk erfarenhet av maskininlärning.
• Kurser i kvantmekanik, statistisk mekanik och bioinformatik.

Bedömningsgrunder

Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

1. Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.
2. Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
3. Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
4. Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Övriga meriter:

• Programmeringserfarenhet.
• Erfarenhet av Linux och högpresterande datorsystem.
• Praktisk erfarenhet av beräkningskemiska metoder.
• Praktisk erfarenhet av maskininlärning.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor

Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Instruktioner för ansökan

Ansökan skall skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).