Bioinformatiker inom translationell genomik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

CTG (https://www.ctg.lu.se/) är en prioriterad forskningsinfrastruktur vid Medicinska Fakulteteten vid Lunds Universitet, samfinansierad av Lunds Universitet, Region Skåne och SciLifeLab. Vid centret finns stor expertis inom sekvenserings- och genomikteknologier, och sett både i nationellt och internationellt perspektiv ligger enheten i teknisk framkant med tillgång till mycket kraftfulla sekvenseringsinstrument (t.ex. Illuminas NovaSeq såväl som instrument för långa läsningar, t.ex. Oxford Nanopore GridION) och metoder för single cell-analyser. För beräkningar använder centret ett dedikerat kluster vid Lunds Universitets superdatorcentrum (LUNARC). CTG arbetar nära Centrum för Molekylär Diagnostik (CMD), Region Skåne, i toppmoderna och särskilt anpassade lokaler för att snabbt kunna translatera forskningsfynd till patientnytta i form av klinisk diagnostik. CTG tillsammans med CMD utgör även en facilitet (Clinical Genomics Lund, del av Diagnostics Development-plattformen) inom den nationella forskningsinfrastrukturen SciLifeLab, och är en av de drivande aktörerna inom det nationella sekvenseringsinitiativet Genomic Medicine Sweden (https://genomicmedicine.se/).

CTG har idag ett femtontal anställda med kompetens inom molekylärbiologi, bioinformatik och systemutveckling. Vi söker en Bioinformatiker på heltid till en tillsvidareanställning. Tjänsten beräknas starta i november, eller enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter

Den aktuella tjänsten är ny inom enheten och går att anpassa och utforma tillsammans med operativt ansvarig för enheten. De huvudsakliga arbetsuppgifterna är:

• Övergripande ansvar för bioinformatiska rutiner och flöden för data från de senaste sekvenseringsteknikerna, inklusive helgenomssekvensering (WGS, korta och långa läsningar), RNA-sekvensering, pan-cancerpaneler och ”single cell”-sekvensering.
• Stötta forskare vid Lunds Universitet med avancerade bioinformatiska analyser, inklusive experimentell design, dataanalys, tolkning och publikation.
• Projekthantering/-ledning av sekvenseringsprojekt för kunder inom Lunds Universitet.
• Utveckling av verktyg och arbetsflöden för bioinformatiska analyser för forskning och för kliniska ändamål.
• Utbildning och handledning, externt och internt, d.v.s. av andra forskare och av andra medarbetare inom bioinformatik.
• Möjlighet till egen forskning och/eller kliniskt arbete.
• Möjlighet att delta i nationella spjutspetssamarbeten inom genomik och bioinformatik, t.ex. via SciLifeLab och det svenska nationella sekvenseringsinitiativet Genomic Medicine Sweden.

Dataanalys och intern projekthantering/-ledning av forskningsprojekt inom CTG är de primära uppgifterna och kommer att genomföras i samarbete med translationella och kliniska forskare vid i första hand Lunds Universitet och inom den regionala sjukvården. Arbetet kan omfatta allt från kortare uppgifter (såsom sammanställning av kvalitetsdata och leverans av rådata) till djupa där du har det övergripande ansvaret för den bioinformatiska aspekten.

Krav

Den sökande ska ha:

• doktorsexamen inom adekvat ämnesområde (d.v.s. med bioinformatik och genomik som bas) eller motsvarande (minst 4 års) relevant arbetslivserfarenhet eller avancerade studier inom bioinformatik, från näringsliv, sjukvård eller akademi
• erfarenhet av att arbeta med sekvenseringsdata
• erfarenhet av att arbeta i terminalbaserad i Linux-miljö och i minst ett script-språk (t.ex. Python, Perl eller R)
• utmärkt förmåga att
  • kommunicera muntligt och skriftligt på engelska
  • samarbeta och kommunicera
  • strukturera och prioritera i arbetet
  • arbeta självständigt och utveckla arbetssätt, även där befintliga rutiner saknas

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Meriterande

Det är meriterande om den sökande har:

• dokumenterad ledarskapserfarenhet
• adekvat erfarenhet av handledning och/eller undervisning
• utmärkt förmåga till muntlig och skriftlig kommunikation på svenska

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.