Postdoktor i hybridiseringsinducerade ändringar av genetisk arkitektur - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Särskild ämnesbeskrivning

Vi rekryterar en postdoktor till en 24 månaders tjänst på projektet ”Hybridization derived novel patterns of gene expression”. Projektet syftar till att undersöka hur nya mönster av genuttryck kan uppstå genom hybridisering och möjliggöra anpassning. Två specifika frågor som kommer att undersökas är 1) vilken roll hybridiseringsinducerade ändringar av genetisk arkitektur, e.g. indels och inversioner bidrar till ändrat genuttryck i en hybridart, den Italienska sparven Passer italiae, jämfört med genuttrycket i dess föräldraarter. 2) Vilken roll ändringar i metyleringsmönster har i ändrade mönster av genuttryck i den Italienska sparven. För att utröna ifall mönstren som observeras är generella kommer vi att använda oss av fyra oberoende linjer av Italiens sparv från olika Medelhavsöar som studiesystem. Viktiga komponenter i detta arbetet kommer att vara extraktioner av DNA för long-read sequencing samt de novo assembly av referensgenom av toppkvalitet för alla öpopulationerna av Italiensk sparv samt annotera dessa. Detta är avgörande för att förstå hur genetisk arkitektur påverkar genuttrycket. Post doktorn kommer också att analysera genuttryck, hjälpa till att designa genuttrycksstudierna och bidra till fältarbetet. Postdoktorn kommer att jobba med HybridExpress teamet som består av en lab manager, en doktorand och en forskare. Det finns möjligheter för mentorskap för studenter. Projektet leds av biträdande universitetslektor Anna Runemark, och är baserat i gruppen SPeciation, Adaptation and Co-Evolution gruppen på biodiversitetsenheten.

Arbetsuppgifter

I arbetsuppgifterna som postdoktor ingår främst att bedriva forskning. Undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna, dock högst en femtedel av arbetstiden. 

Arbetsuppgifterna innefattar:

• Extraktion av högmolekylärt DNA för long read referensgenom och RNA för genuttrycksanalys.
• Genome assembly mha PacBio och Hi-C data och annotering.
• Identifikation av strukturella varianter.
• Analys av metylering
• Analys av genexpressionsdata.
• Sammanställa resultaten för publicering.

Inom ramen för anställningen ska det ges möjlighet till tre veckors högskolepedagogisk utbildning.

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom anställningens ämnesområde och som avlagts högst tre år före datum för anställningsbeslut. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare.

Övriga krav:

• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.
• Dokumenterad förmåga att utveckla och utföra forskning av hög kvalitet
• Mycket starka kunskaper i bioinformatik, inklusive genome assembly.
• Dokumenterade kunskaper i molekylärt labarbete.
• Bakgrund i evolutionär biologi, evolutionär ekologi eller evolutionär genomik dokumenterad genom publikationer

 Bedömningsgrunder

Detta är en meriteringsanställning främst inriktad på forskning. Anställningen är tänkt som ett inledande steg i karriären och bedömningen av de sökande kommer i första hand att baseras på deras vetenskapliga meriter och potential som forskare.

Särskild vikt kommer att fästas vid vetenskaplig förmåga inom ämnesområdet.

Vid anställning av postdoktor ska följande utgöra grund för bedömning:

• God förmåga att utveckla och genomföra forskning av god kvalitet.
• Mycket goda kunskaper i bioinformatik, inkluderande dokumenterad erfarenhet av genome assembly från long read data.

Övriga meriter:

• Dokumenterad erfarenhet av att extrahera högmolekylärt DNA
• Kunskaper i att utveckla repeatable work flows e.g. snake make

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka pågående forskning inom institutionen samt bidra till dess framtida utveckling.

Villkor

Anställningen är tidsbegränsad till max 2 år och avser heltid. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter daterat 2022-02-01 (Arbetsgivarverket, OFR:s, och Saco-S).

Instruktioner för ansökan

Ansökan ska skrivas på engelska och innehålla:

• Meritförteckning/CV inklusive publikationslista
• Ett cover letter som beskriver hur tidigare forskningsarbete passar in med den här positionen, samt dina framtida forskningsintressen (max två sidor)
• Kontaktuppgifter till minst två akademiska referenser
• Kopia av examensbevis för doktorsexamen samt ev. andra intyg/betyg som du önskar åberopa