Bioinformatiker vid LUDC - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av arbetsplatsen
Lund University Diabetes Centre (LUDC; www.ludc.med.lu.se) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. LUDC är ett av världens största diabetescentrum med cirka 300 anställda (forskare och övrig personal) som arbetar för att förebygga diabetes samt förbättra diagnostik och behandling av diabetes. För att nå dessa mål arbetar vi vid centret för att kombinera expertis inom genetik, epidemiologi, bioinformatik, molekylär- och cellbiologi, fysiologi och klinisk diabetes och endokrinologi. LUDC har stora unika biobanker och databaser med helgenomsdata länkade till nationella register med data om sjukdomsuppkomst och -förlopp, samt till register med data om behandling och behandlingsrespons. Centret har egna plattformar för de flesta molekylära genetiska metoderna och metabolomik. Tack vare Omics-information kombinerat med utförliga fenotypdata kan vi använda oss av ”systems medicine” för att förstå komplexiteten av diabetes. Ett viktigt mål för LUDC är att utveckla individanpassad behandling för att förbättra hälsan och livskvaliteten för patienter med diabetes.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Sökanden inbjuds att ansöka om en tillsvidareanställning på heltid (100 %) som bioinformatiker vid LUDC. Anställningen inleds med sex månaders provanställning. Preliminärt startdatum är 2023-04-01 eller enligt överenskommelse.

Den sökande som anställs (bioinformatikern) kommer att ingå i enheten för bioinformatik vid LUDC, som innefattar flera bioinformatiker, en biostatistiker, en data manager, en dataingenjör och en IT-data manager (LUDC Bioinformatics Unit | LUDC). Enheten tillhandahåller bioinformatik, biostatistik och computational support till alla som är anslutna till LUDC, samt tillgång till en datormiljö med hög prestanda. Supporten omfattar delaktighet i både långsiktiga forskningsprojekt och mindre omfattande projekt, samt att vara tillgänglig för konsultationer, frågor och vägledning inom ramen för olika LUDC projekt.

Den bioinformatiker som anställs kommer att hantera förfrågningar och leverera kort- och långsiktiga bioinformatiklösningar till forskare vid LUDC som inte är bioinformatiker. Därför måste den sökande kunna kommunicera effektivt med personer som inte är experter på området och planera/fördela sin tid mellan flera olika projekt. Bioinformatikern kommer att bidra till förberedandet av manuskript med state-of-the-art-analyser och bilder/grafer av publikationskvalitet.

Bioinformatikern kommer att vara involverad i alla aspekter som ingår för utveckling, implementering och hantering av bioinformatics/computational pipelines för varierande typer av data, inklusive men inte begränsat till genomik, epigenomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik, samt kliniska data och metadata. Vi förväntar oss även att bioinformatikern oberoende följer utvecklingen i bioinformatikfältet, för att kunna förbättra befintliga pipelines och presentera alternativa lösningar för hur man bäst använder tillgängliga data och resurser.

En annan viktig del av det arbete som bioinformatikern kommer att utföra omfattar kvalitetskontroll, bearbetning och analys av data för Human Tissue Laboratory (HTL), en mycket viktig resurs för LUDC-forskare. HTL samlar in humana vävnadsprover för forskningsändamål och utför centrala analyser av dessa material vilka är tillgängliga för kollegor vid LUDC och Uppsala universitet.

Den sökande förväntas även delta i utbildningen av och ge support till LUDC:s personal och forskare vid valet och användningen av bioinformatikverktyg.

Kvalifikationer:

• PhD i bioinformatik, matematik, molekylärbiologi, statistik, datavetenskap eller annat närliggande fält.
• Bevisad erfarenhet av att tillämpa kvantitativa metoder på dataanalysuppgifter, samt erfarenhet av programmering och computing cluster.
• Kunskap i att arbeta med next generation sequencing pipelines och erfarenhet av hantering, analys och annotering av mycket stora biologiska dataset (t.ex. RNA-seq, SNPs arrays, WGS, ChIP-seq, ATAC-seq), både utforskande och i form av pipelines.
• Färdighet i R och kunskap och erfarenhet från BASH/UNIX.
• Erfarenhet av dataanalys och datautvinning för att identifiera trender och producera betydelsefulla datavisualiseringar. Erfarenhet av att arbeta med olika bioinformatikverktyg och statistiska metoder (t.ex. DESeq, edgeR, GATK, PLINK, STAR, BWA, Salmon, Kallisto, FastQC). Erfarenhet av webbaserade bioinformatikverktyg och offentliga databaser med biologiska data.
• Mycket kapabel att samarbeta i tvärvetenskapliga team, som kan inkludera laboratorieforskare, läkare, epidemiologer, bioinformatiker, statistiker och dataanalytiker.
• Vi kommer även att överväga personliga egenskaper där självmotiverade och flexibla individer, som klarar av att arbeta självständigt på ett väldokumenterat sätt, att hantera flera projekt parallellt och att prioritera och möta deadlines, kommer att prioriteras.
• Dokumenterad muntlig och skriftlig utmärkt färdighet i kommunikation på engelska.

Meriterande för anställningen är:

• Erfarenhet av att arbeta med reproducerbara forskningsverktyg (t.ex. RMarkdown, Git, Conda, Snakemake).
• GitHub-profil med kodexempel är fördelaktigt.
• Erfarenhet av något annat programmeringsspråk (t.ex. Python, Java, Perl).
• Erfarenhet av att arbeta med multi-omics dataintegration.
• Erfarenhet av metagenomik och single-cell-dataanalyser. Kunskap om maskininlärningsalgoritmer och frameworks, som scikit-learn, Keras, Tensorflow, är inte ett krav men anses fördelaktigt.
• Utmärkta kommunikationsegenskaper (både muntliga och skriftliga), som inkluderar muntliga föredrag och posterpresentationer.
• Erfarenhet av utbildning och/eller undervisning.
• Erfarenhet av att arbeta i en internationell miljö.

Så här söker du
Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan ska/bör även innehålla CV, publikationslista och uppgifter till 3 referenser.