Postdoktor i biologi med inriktning på AI och forensik

Handledaren för den utlysta positionen Dr Eran Elhaik är ansvarig för de genomiska analyserna i över ett dussin sekvenseringskonsortier, vars resultat publicerats i Science, Nature, PNAS och Genome Research. Dr. Elhaiks lab är känt för sin befolkningsgenomik och biogeografiska forskning http://www.eranelhaiklab.org/ och Dr. Elhaik samarbetar med hundratals forskare från hela världen.

Spåra DNA ursprung med hjälp av AI-baserade verktyg

Särskild ämnesbeskrivning

Artificiell intelligens (AI) omvandlar kriminalteknik genom att möjliggöra oöverträffad precision när det gäller att spåra genomiska sekvensers geografiska ursprung och överföringsvägar. Trots den växande tillgängligheten av genomisk data med hög genomströmning har bristen på avancerade analytiska ramverk hindrat kriminaltekniska ansträngningar. Detta projekt syftar till att utveckla och tillämpa AI-baserade metoder för att förutsäga ursprung och spridningsmönster för genomiska sekvenser, med tillämpningar som sträcker sig från biogeografisk kartläggning till paleogenetiska rekonstruktioner. Kandidaten kommer att arbeta tillsammans med Dr. Eran Elhaik för att designa modeller för maskininlärning som frigör potentialen för genomik för kriminaltekniska undersökningar och historiska rekonstruktioner.

Arbetsuppgifter

Vi strävar efter att utveckla metoder för maskininlärning som lokaliserar mikrobiella samhällen med en applikation för att spåra det geografiska ursprunget för DNA-segment som återvunnits från olika platser för att svara på frågor om deras källor och överföringsvägar.

Detta är ett tvärvetenskapligt projekt som involverar programmering och modellering. Projektet innebär också samarbete med forskare inom andra discipliner, inklusive biomatematik, biostatistik, och molekylärbiologi. Kandidaten ska ha en stark grund i programmering inom R, Python och i matematik/statistik.

I arbetsuppgifterna som postdoktor ingår främst att bedriva forskning. Undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna, dock högst 20% av arbetstiden (på denna tjänst troligtvis högst 16%). Inom ramen för anställningen ska det ges möjlighet till tre veckors högskolepedagogisk utbildning.

Arbetsuppgifterna innefattar även:

• Den framgångsrika kandidaten kommer att arbeta heltid på ovan beskrivna forskningsprojekt. Det förväntas att hen aktivt och kreativt kommer att utveckla och optimera de detaljerade metoderna för att fullfölja de övergripande projektmålen och, efter en träningsperiod, självständigt analysera genomdata med hjälp av maskininlärningsmetoder och andra statistika metoder.
• Allt arbete kommer att utföras inbäddat i ett samarbetsforskningsteam som kräver delning av expertis, öppen diskussion om resultat och underlättande av experiment av andra teammedlemmar.
• Aktivt deltagande i internationella konferenser samt spridning av resultat i peer review-publikationer förväntas.
• Möjligheter till handledning av examensarbeten (kandidatexamen och masterexamen) samt biträdande handledning av doktorandprojekt kan erbjudas
• Slutligen inkluderar befattningen begränsade uppgifter inom administration relaterade till ovan nämnda arbetsuppgifter.

Behörighet
Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom anställningens ämnesområde och som avlagts högst tre år före datum för anställningsbeslut. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare.

Kandidaten ska ha en examen i matematik, biostatistik, statistisk genetik eller liknande relevant ämne, erfarenhet av att analysera stora mängder data samt erfarenhet av att bedriva sådan forskning. Kandidater förväntas också ha grundläggande kunskaper i och bevisad erfarenhet av maskininlärningsmetoder. Sökande ska ha förmågan att samarbeta väl och kommunicera vetenskapligt material till icke-forskare.

Övriga nödvändiga krav:

• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.
• Utmärkta programmeringskunskaper, åtminstone i bash, Python och R.
• Stark statistikförmåga och erfarenhet av ML-metoder.
• Kunskap om vanliga ML-ramar
• Erfarenhet av att analysera kvalitativa och kvantitativa NGS-data
• En meritlista av publicering av vetenskapligt granskade vetenskapliga artiklar
• Bevis på förmåga att arbeta effektivt både självständigt och som medlem i ett litet team.
• Bevis på förmåga att organisera resurser, planera och utveckla arbetsaktiviteter och uppfylla tidsfrister effektivt och konsekvent.
• Erfarenhet av att anpassa egna färdigheter till nya omständigheter.

Bedömningsgrunder

Detta är en meriteringsanställning främst inriktad på forskning. Anställningen är tänkt som ett inledande steg i karriären och bedömningen av de sökande kommer i första hand att baseras på deras vetenskapliga meriter och potential som forskare. Särskild vikt kommer att fästas vid vetenskaplig förmåga inom ämnesområdet.

Vid anställning av postdoktor ska följande utgöra grund för bedömning:

• God förmåga att utveckla och genomföra forskning av god kvalitet.
• Pedagogisk förmåga.

Övriga meriter:

• Kandidater förväntas ha ett intresse för biologi och mänsklig historia.

Hänsyn kommer också att tas till kvalificerade kandidater med god samarbetsförmåga, drivkraft och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka pågående forskning inom institutionen samt bidra till dess framtida utveckling.

Kandidater som uppfyller kraven kommer att utvärderas vidare om programmerings- och skrivförmåga och om de lyckas inbjuds till intervju.

Villkor

Anställningen är tidsbegränsad till max 2 år och avser heltid. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter daterat 2022-02-01 (Arbetsgivarverket, OFR:s och Saco-S).

Instruktioner för ansökan

Ansökan ska skrivas på engelska och sammanställas till en PDF-fil som innehåller:

• Personligt brev (din bakgrund, varför är du intresserad av anställningen, och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund, dina mål, och startdatum)
• Meritförteckning/CV inklusive publikationslista
• En generell beskrivning av tidigare forskningsarbete och framtida forskningsintressen (max tre sidor).
• Kontaktuppgifter till minst tre referenser.
• Kopia av examensbevis för doktorsexamen samt betyg för doktors-, master- och kandidatstudierna samt ev andra betyg/intyg du önskar åberopa.