Doktorand i AI-baserad design av tvinnade hybridnanotrådar - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av verksamheten

Tjänsten är placerad i Saragovi-gruppen vid CMPS, Kemicentrum, Lunds universitet. Gruppens forskning fokuserar på design av proteiner som kan fungera som mallar för och styra bildandet av protein–mineral-hybridmaterial för nästa generations hållbara (opto)elektroniska teknologier. Genom att kombinera beräkningsbaserad proteindesign med experimentell biokemi och materialkarakterisering strävar vi efter att utveckla biologiskt inspirerade metoder för framställning av funktionella material med exakt kontrollerade egenskaper.

Gruppen består för närvarande av flera forskningsassistenter på masternivå och befinner sig i en expansionsfas med rekrytering av flera doktorander och postdoktorala forskare. Detta är en spännande möjlighet att ansluta till laboratoriet i ett tidigt skede och bidra till att forma dess vetenskapliga inriktning, kultur och framtida utveckling. Gruppmedlemmarna arbetar nära tillsammans över gränserna mellan beräkningsbaserade och experimentella discipliner, vilket ger möjligheter att utveckla bred kompetens samtidigt som man arbetar med ambitiösa tvärvetenskapliga forskningsprojekt.

Vi är engagerade i att omsätta grundläggande vetenskapliga upptäckter till teknologier med verklig samhällsnytta. Laboratoriets första avknoppningsföretag är redan finansierat och operativt, och ytterligare möjligheter till nyttiggörande och teknikutveckling är under utveckling. Detta skapar en unik miljö för forskare som är intresserade av en framtida karriär antingen inom akademin, med fokus på utmanande grundvetenskapliga frågeställningar, eller inom teknikutveckling och entreprenörskap.

Vi värdesätter stark laganda, engagemang och strävan efter innovativ forskning med potential att bidra meningsfullt till hållbarhet och framtidens teknologier.

För mer information: https://saragovi.science/

Att vara doktorand

Som doktorand är du både antagen som student och anställd vid Lunds universitet.

Som forskarstuderande tränas du i ett vetenskapligt förhållningssätt. Det kan kort beskrivas som att du får övning i att tänka kritiskt och analytiskt, att du får lösa problem självständigt med hjälp av rätt metodval och du får en forskningsetisk medvetenhet. Dessutom ges möjlighet för dig som doktorand att arbeta med projekt, att utveckla dina ledaregenskaper och din pedagogiska förmåga. Under hela din studietid guidas du av handledare. Forskarstudierna avslutas med en avhandling och doktorsexamen.

Mer om att vara doktorand vid den naturvetenskapliga fakulteten på naturvetenskap.se.

Ämnes- och projektbeskrivning

Doktorandprojektet fokuserar på beräkningsbaserad och experimentell design av proteiner som självorganiserar till strukturer med exakt definierade geometriska hålrum som kan styra mineraltillväxt. Dessa proteinstrukturer kommer att fungera som programmerbara mallar för bildandet av protein–mineral-hybridmaterial med tillämpningar inom nästa generations hållbara (opto)elektroniska teknologier.

Projektet kombinerar beräkningsbaserad proteindesign med experimentell validering. På den beräkningsmässiga sidan kommer doktoranden att tillämpa och vidareutveckla avancerade metoder inom djupinlärning och förstärkningsinlärning för proteindesign. På den experimentella sidan omfattar arbetet användning av biokemiska och biofysikaliska metoder med hög genomströmning för att uttrycka, validera och funktionellt utvärdera de designade proteinerna samt de resulterande hybridmaterialen.

Arbetsuppgifter

Du kommer framförallt att ägna dig åt din forskarutbildning, som till största delen består av att skriva en doktorsavhandling.

Arbetsuppgifterna omfattar:

• Du kommer att utveckla arbetsflöden för proteindesign baserade på förstärkningsinlärning, med utgångspunkt i de senaste metoderna från den vetenskapliga litteraturen, för att generera tvåkomponents-proteinstrukturer med inbyggda funktionella motiv.
• Du kommer att utveckla nya beräkningsmetoder för att filtrera, rangordna och prioritera proteindesigner.
• Du kommer att använda moderna modeller för sekvensdesign och strukturprediktion som ett utvärderingssteg ("oracle") för att bedöma, förfina och prioritera beräkningsbaserade designer före experimentell validering.
• Du kommer att använda proteinexpressions-, renings- och karakteriseringsmetoder med hög genomströmning i 96- och 384-brunnsplattor samt biblioteksbaserade arbetsflöden för att snabbt utvärdera designade proteinstrukturer.
• Du kommer att utveckla och genomföra funktionella analyser för att identifiera proteinstrukturer som kan styra bildandet av oorganiska material och uppfylla projektets designmål.
• Du kommer kontinuerligt att följa den vetenskapliga litteraturen och utvecklas till en internationell expert inom ditt forskningsområde, inklusive metoder för proteindesign, beräkningsverktyg och materialsystem.
• Du kommer att initiera och leda kompletterande forskningsprojekt som stärker och breddar forskningsprogrammets övergripande mål.
• Du kommer att samarbeta nära med andra medlemmar i laboratoriet genom att dela kunskap, stödja dina kollegor och bidra till en öppen, samarbetsinriktad och positiv forskningsmiljö.
• Du kommer att presentera din forskning vid gruppmöten, nationella och internationella konferenser samt genom publikationer i ledande vetenskapliga tidskrifter.
• Förutom studierna får maximalt 20 % av arbetstiden ägnas åt undervisning och annat institutionsarbete.

Kvalifikationer

För att kunna antas och anställas som doktorand behöver du uppfylla kraven nedan.

Behörighetskrav

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå uppfyller du som har:

• avlagd examen på avancerad nivå eller
• fullgjorda kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Särskild behörighet för Biokemi och Strukturbiologi uppfyller du som har:

• En masterexamen, eller motsvarande kvalifikation, inom molekylär bioteknik, syntetisk biologi, bioinformatik, proteindesign eller ett annat närliggande område som är relevant för forskningsprojektet.

Övriga krav

För att tillgodogöra sig den aktuella forskarutbildningen krävs även:  

• Dokumenterad erfarenhet av att utveckla och arbeta med Linux- och Python-baserade beräkningsflöden för avancerad vetenskaplig dataanalys och beräkningsbaserad forskning.
• Kunskap om och erfarenhet av att utveckla och tillämpa moderna beräkningsplattformar för proteindesign, inklusive modeller för generering av proteinryggrader (t.ex. RFdiffusion), metoder baserade på förstärkningsinlärning, modeller för proteinsekvensdesign (t.ex. ProteinMPNN) samt modeller för strukturprediktion (t.ex. AlphaFold eller motsvarande).
• Erfarenhet av molekylärbiologi och proteinbiokemi, särskilt utveckling och användning av experimentella arbetsflöden med hög genomströmning för proteinexpression, proteinrening och funktionell karakterisering.
• Utmärkta analytiska, problemlösnings- och organisatoriska färdigheter, med förmåga att arbeta självständigt, hantera flera forskningsprojekt parallellt samt visa den arbetsdisciplin och uthållighet som krävs för att trivas i en krävande forskningsmiljö.
• Utmärkta samarbets- och kommunikationsfärdigheter samt förmåga att bidra till en positiv och stödjande forskningsmiljö.
• god förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation
• mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift

Urvalskriterier

Urvalet bland behöriga sökande kommer att ske med hänsyn till förmåga att tillgodogöra sig utbildningen utifrån följande kriterier:

• Kunskap inom oorganisk kemi, materialkemi eller mineraliseringsprocesser.
• Erfarenhet av karakteriseringsmetoder för oorganiska material.
• Erfarenhet av vetenskapligt skrivande, inklusive vetenskapliga manuskript, forskningsansökningar eller anslagsansökningar, posters samt muntliga presentationer.
• Erfarenhet av arbete i tvärvetenskapliga forskningsmiljöer som omfattar beräkningsbiologi, proteinteknik och materialvetenskap.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension.

Våra faciliteter omfattar avancerad instrumentering för proteinproduktion, rening och karakterisering, inklusive ÄKTA-kromatografisystem med storleksuteslutningskromatografi (SEC), autosamplers och fraktionssamlare för 96-brunnsplattor, bänkbaserad flödescytometri och cellsortering (FACS), handskboxar för luftkänsliga experiment, ytplasmonresonans (SPR), isoterm titreringskalorimetri (ITC), avancerad cirkulär dikroism-spektroskopi (CD), bioreaktorer, inkubatorer, skakinkubatorer samt laboratorieautomation för experiment med hög genomströmning.

Du kommer även att ha tillgång till ett dedikerat Linux-baserat GPU-beräkningskluster för AI-driven proteindesign och maskininlärning, vilket möjliggör utveckling och tillämpning av moderna beräkningsmetoder i nära kombination med experimentell validering.

Mer om att jobba på Lunds universitet på lu.se. https://www.lu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss

Om anställningen

Anställningen är en visstidsanställning på heltid, med start 2026-09-15 eller enligt överenskommelse.

Forskarutbildningen vid naturvetenskapliga fakulteten är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad. Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Mer om anställningsvillkor för doktorander på Lunds universitets medarbetarwebb. https://www.medarbetarwebben.lu.se/forska-och-utbilda/stod-till-forskning/utbildning-pa-forskarniva/anstallningsvillkor-doktorander

Övrigt

Vänligen bifoga ett personligt brev (maximalt två sidor) där du beskriver:

• Din motivation till att söka tjänsten.
• Ditt engagemang och din passion för vetenskaplig forskning samt din ambition att bedriva forskning av högsta kvalitet.
• Hur du arbetar i en krävande och snabb forskningsmiljö med flera parallella projekt.
• Varför du anser att du är en lämplig kandidat för tjänsten och passar väl in i vår forskargrupp.

Intervjuer kommer att genomföras online.

Så här söker du

Ansökan ska skrivas på engelska och till din ansökan ska du bifoga:

• CV och personligt brev med motivering till varför du är intresserad av utbildningsplatsen/anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund.
• Kopior på utfärdade studieintyg och/eller examensbevis. Dessa ska styrka din grundläggande och särskilda behörighet till forskarutbildningsämnet och visa att du har de ämneskunskaper som krävs för forskarutbildningsprojektet.
• Övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).

Välkommen med din ansökan!