Doktorand i bioinformatik med inriktning mot havre-genomik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

ScanOats är ett nyetablerat forskningscentrum i samverkan mellan akademi och industri och bedriver forskning om havre och havrebaserade produkter. Havre är en viktig gröda både för det svenska lantbruket och för livsmedelsindustrin. ScanOats är unikt genom att det täcker hela kedjan från grundforskning och växtförädling, över fältförsök, processning av näringskomponenterna, och kliniska hälsostudier.

Ämnesbeskrivning
Vi söker en motiverad bioinformatiker till ScanOats Industrial Research Centre för att utföra arbete inom havre-genomik. Vi har nyligen sekvenserat och assemblerat det hexaploida havre-genomet och en djupanalys kan nu påbörjas. En specifik forskningsinriktning kommer att vara att karakterisera genetiken associerad med lipider, lipaser, antioxidanter och andra faktorer som påverkar havrens hållbarhet. Du kommer att samverka med forskare inom biokemi, växtförädling, bioteknik och bioinformatik, samt med doktorander i övriga projekt inom ScanOats.

Arbetsuppgifter
Huvuduppgiften är att ägna dig åt egen forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan också ingå medverkan i undervisning och annat institutionsarbete (max 20%).

 Specifika uppgifter:

• Applicera moderna verktyg, färdigheter och metoder inom genom-forskning
• Analysera evolution av genfamiljer
• Komparativ genomik
• Identifiera markörer/gener från havre-mutanter som påverkar fenotypen baserat på NGS-data.
• Utveckla nya algoritmer och strategier för genom-analys
• Delta i utvecklingen av en ”genome browser”
• Samarbeta med akademiska/industriella forskare och vara villig att arbeta utomlands med internationella forskare under längre tidsperioder.
• Undersöka fördelningen och eventuella effekter av transposabla element för intressanta genfamiljer
• Assistera i handledning av studenter på grundnivå
• Assistera i utbildning, främst inom bioinformatik
• Arbeta med integration och tolkning av resultat från omics dataset.
• Delta i systemadministration vid behov

 Behörighet
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet uppfyller den som har något av följande 1. minst 30 högskolepoäng inom ämnesområdet, varav minst 15 högskolepoäng på avancerad nivå samt ett fördjupningsarbete på 15 högskolepoäng på avancerad nivå inom ämnesområdet, eller 2. civilingenjörsexamen, magisterexamen eller annan examen på jämförbar avancerad nivå med inslag av grundläggande eller tillämpade biovetenskaper. Slutligen krävs att studenten bedöms ha den förmåga som behövs för att klara utbildningen.

För att lyckas i denna roll bör du ha:

• En masterexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, statistik eller annat relaterat område
• En bred förståelse för de statistiska och beräkningsmässiga aspekterna av bioinformatik och den underliggande genetiken.
• Erfarenhet av sekvensanalys av stora datamängder
• Programmeringsfärdigheter i Python och kunskap i R.
• Erfarenhet av Linux och högpresterande datormiljöer, exempelvis molnbaserade tjänster.
• Erfarenhet i genom-analys, variant calling, RNA-Seq, annotering och databashantering.
• Utmärkt engelska i tal och skrift

Vi kommer att lägga stor vikt vid personlig lämplighet. Andra önskvärda egenskaper är god samarbetsförmåga, drivkraft och självständighet. Genom sin erfarenhet och kompetens förväntas den sökande komplettera och stärka pågående forskning inom institutionen.

Bedömningsgrunder
Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan enligt första stycket sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

• Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet. Dessa kan visas genom bilagda handlingar och en eventuell intervju.
• Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem. Bedömningen kan exempelvis ske utifrån examensarbetet och en diskussion kring detta vid en eventuell intervju.
• Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation
• Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Övriga meriter

• Erfarenhet av karakterisering av eukaryota genom, företrädelsesvis växter, företrädelsevis polyploider
• Tidigare arbete inom havre-genomik är en fördel
• Ett genuint intresse för att utveckla pipelines är önskvärt.
• Erfarenhet inom växtförädling
• Erfarenhet av praktisk molekylärbiologi
• Intresse av tvärvetenskaplig forskning samt förmåga att arbeta självständigt såväl som i grupp.

Villkor
Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).