Medicinska fakulteten, Institutionen för kliniska vetenskaper, Malmö

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns 40 000 studenter och 7 600 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Institutionen för kliniska vetenskaper i Malmö är en av de sex institutionerna vid Lunds universitets medicinska fakultet. Vi har ett starkt fokus på klinisk och epidemiologisk forskning, och bedriver även en omfattande preklinisk laboratorieforskning.

Institutionen för kliniska vetenskaper, Malmö, Kardiovaskulär forskning - translationella studier, söker en bioinformatiker. Anställningen är på heltid och på två år. Startdatum så fort som möjligt eller enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter

Anställningen avser en tjänst som bioinformatiker i professor Isabel Goncalves forskargrupp. Gruppen består av 10 personer (sjuksköterskor, biomedicinska forskare, postdocs och doktorander) och är en del av LUDC där det finns en växande bioinformatisk enhet. På grund av den ökande mängden data som genereras skall bioinformatikern i första hand arbeta med Goncalves grupp, men skall också vara beredd att interagera med den befintliga enheten för idéutbyte av och vidareutveckling.

Den sökande förväntas ha god kommunikationsförmåga (i både tal och skrift), intresse av samarbete med andra forskare samt att bidra till gruppens och centrumets gemensamma mål.

Prof Goncalves har skapat det världsunika projektet Carotid Plack Imaging Project (CPIP) i slutet av 2005. Detta projekt är unikt eftersom utrustning och expertis samlats vid Lunds universitet, Clinical Research Center, Skånes universitetssjukhus i Malmö, där också en stor patientpopulation hanteras. Den är för närvarande en av de största biobankerna i världen med humana aterosklerotiska plack och är unik på grund av den omfattande karakteriseringen av proverna (Snap-frusna plack, serum och blod-härledda levande celler, standardiserade ultraljudsbilder, omfattande patientutvärdering samt uppföljning). Mer än 1200 patienter har inkluderats och följs nu upp med intervjuer och registrering från nationella register.

Denna biobank genererar transkriptomik, genetiska och epigenetiska profiler, lipidomik metabolomik, bindvävnaden-omik, proteomik, single cell transkriptomik (isolerad från humana plack), spatiell transkriptomik från plack utöver cirkulerande lipidomik, metabolomik.

En viktig del av det arbete som bioinformatikern skall utföra är omfattande kvalitetskontroller (QC), bearbetning och analyser av data. Vi förväntar oss att sökandena har lång erfarenhet av att implementera och utveckla pipelines för analyser av stora databaser inklusive microarray, NGS och Single-cell-teknik.

Det bioinformatiska området är brett och utvecklas i imponerande takt. Således förväntas bioinformatikern självständigt följa utvecklingen, arbeta med att förbättra befintliga pipelines och presentera alternativa lösningar hur man bäst utnyttjar tillgänglig data och resurser, inklusive visualiseringar och artificiell intelligens för vårt stora material av human data.

Kvalifikationer

Krav

  • Doktorsexamen i bioinformatik, matematisk statistik, datavetenskap eller annan kvantitativ disciplin
  • Erfarenhet av analys och datautvinning för att identifiera trender och producera meningsfulla datavisualiseringar
  • Färdigheter i R och Python (Pandas och NumPy) eller en lägre nivå av programmeringsspråk (C++, Java, etc.)
  • Lång erfarenhet av att analysera RNA-SEQ data, kunskap om modern RNA-SEQ-relaterad metodik: Star, Kallisto, DESeq2 etc.
  • Erfarenhet inom ett av följande kärnområden: Chip-SEQ, WGBS, WGS eller Exome-seq
  • Kunskap om moderna bioinformatiska verktyg som Snakemake, Nextflow, etc.
  • Gedigen förståelse för dataanalys och artificiell intelligens
  • Färdighet i att arbeta i Linux-miljö
  • Erfarenhet av single-cell sekvensering
  • Erfarenhet med versionskontrollsystem som ”git” eller ”Mercurial”. Källkoden tillgänglighet i offentliga förråd ”public repositories” skulle vara fördelaktigt.
  • Engelska i tal och skrift

Meriterande

Erfarenhet med single-cell sekvensering är fördelaktigt

Erfarenhet med versionskontrollsystem som ”git” eller ”Mercurial”. Källkoden tillgänglighet i offentliga förråd ”public repositories” är fördelaktigt.

Vi kommer också att värdesätta personlighet, flexibilitet, social förmåga att samarbeta, initiativförmåga på ett väl dokumenterat sätt. Erfarenhet av att arbeta i en internationell miljö kommer att betraktas som ett plus.

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.


Anställningsform Visstidsanställning längre än 6 månader
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Snarast eller enligt överenskommelse
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100
Ort Malmö
Län Skåne län
Land Sverige
Referensnummer PA2019/3274
Kontakt
  • Isabel Goncalves, professor, isabel.goncalves@med.lu.se
Facklig företrädare
  • OFR/ST:Fackförbundet ST:s kansli, 046-222 93 62
  • SACO:Saco-s-rådet vid Lunds universitet, 046-222 93 64
Publicerat 2019-10-10
Sista ansökningsdag 2019-11-13

Tillbaka till lediga jobb