Medicinska fakulteten, Institutionen för kliniska vetenskaper, Malmö

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns 40 000 studenter och 7 600 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Institutionen för kliniska vetenskaper i Malmö är en av de sex institutionerna vid Lunds universitets medicinska fakultet. Vi har ett starkt fokus på klinisk och epidemiologisk forskning, och bedriver även en omfattande preklinisk laboratorieforskning.

Lunds Universitet Diabetes Centrum (LUDC; www.ludc.med.lu.se) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. LUDC är ett av världens största diabetescentra med cirka 300 anställda (forskare och övrig personal) som arbetar för att förebygga diabetes samt förbättra diagnostik och behandling av diabetes. För att nå dessa mål arbetar vi vid centret för att kombinera expertis inom genetik, epidemiologi, bioinformatik, molekylär och cellbiologi, fysiologi och klinisk diabetes och endokrinologi. LUDC har en stor samling biobanker och databaser med helgenomsdata länkat till nationella register med information rörande sjukdomsuppkomst och sjukdomsförlopp, såväl som länkar till register rörande behandling och respons på behandling. Centret har egna plattformar för de flesta molekylära genetiska metoder och metabolomik. Omics-information kombinerat med utförlig fenotypdata möjliggör att vi kan använda oss av ”systems medicine” för att förstå komplexiteten av diabetes. En viktig del för LUDC är att utveckla individanpassad behandling för att förbättra hälsan och livskvaliteten för patienter med diabetes.

Forskargruppen

Forskargruppen, Diabetiska komplikationer, leds av professor Maria Gomez och består av både forskande och teknisk personal. Verksamheten är lokaliserad till Clinical Research Center (CRC) i Malmö.
Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra och vi arbetar ständigt för att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare.
Vi söker härmed en driven bioinformatiker för arbete inom diabetesforskning. Anställningen är tillsvidare på heltid med önskat tillträdesdatum den 1 mars 2020 eller enligt överenskommelse. Provanställning kan komma att tillämpas.

Arbetsuppgifter

Bioinformatikenheten består idag av ungefär 12 personer (inklusive bioinformatiker, en biostatistiker, en datahanterare, en datoringenjör och en IT-datahanterare), men förväntas expandera inom de närmaste åren. Ungefär hälften av befintlig personal är verksamma i olika forskningsgrupper och deras arbete leds av deras forskargruppsledare vid LUDC.  Den andra hälften av personalen vid bioinformatikenheten förväntas bistå forskare vid LUDC med expertis inom bioinformatik.

Vi söker nu en entusiastisk och begåvad person för att leda alla aspekter av utveckling, implementering och hantering av computational/bioinformatik pipelines för att stödja gemensamma NGS (next generation sequencing)-analyser, inklusive, men inte begränsat till RNA-seq, ChIP-seq, Exome-seq, GWAS.

Det humana vävnadslaboratoriet (The Human Tissue Laboratory (HTL)) är en betydelsefull resurs for LUDCs forskare. HTL samlar in humana vävnadsprover för forskningsändamål och utför centrala analyser på detta material som tillgängliggörs kollegor vid Lund och Uppsala universitet. En viktig del av arbete kommer att utgöras av kvalitetskontroll, behandling och analys av dessa data för HTLs räkning.

Bioinformatikfältet är brett och utvecklas med imponerande hastighet. Därför förväntas sökanden till tjänsten att oberoende följa fältets utveckling, arbeta med att förbättra befintliga pipelines och presentera alternativa lösningar på hur man bäst använder tillgängliga data och resurser.

Kvalifikationer

För anställningen krävs:

  • Kvalificerade kandidater måste ha en PhD i bioinformatik, matematisk statistik, datavetenskap eller annan högkvantitativ disciplin. Måste kunna ge prov på utmärkta färdigheter inom programmering och datavetenskap.
  • Kunskap i att arbeta med next generation sequencing pipelines och erfarenhet med hantering, analys och annotering av mycket stora biologiska sekvenserings-datasets, både i exploratory- och pipelined-fashions.
  • Erfarenhet av dataanalys och data-mining för att identifiera trender och producera betydelsefull datavisualiseringar.
  • Omfattande kunskaper från åtminstone ett relevant programmeringsspråk t.ex. R och/eller Python, samt vilja att lära sig ytterligare programmeringsspråk vid behov (t.ex. Perl, Pandas, numpy stack)
  • Kunskap i att utveckla och använda pipelines mot high performance computing clusters.
  • Erfarenhet av att arbeta med Unix, Linux och Windows
  • Erfarenhet av att arbeta med version control systems såsom git or mercurial
  • Erfarenhet av webbaserade bioinformatiska verktyg och offentliga domändatabaser med biologiska data.
  • Hög kapacitet när det gäller att samarbeta i ett interdisciplinärt team som kan inkludera laboratorieforskare, epidemiologer, bioinformatiker, statistiker, och dataanalytiker.
  • Självmotiverad både för eget arbete och arbete med teamet, kapabel till multi-tasking.
  • Utmärkta kommunikativa egenskaper (både muntliga och skriftliga), som inkluderar muntliga- och posterpresentationer, samt djupa vetenskapliga diskussioner med forskare, kollegor och försäljare
  • Dokumenterat skicklig på skriftlig och muntlig kommunikation på engelska

Meriterande för anställningen är:

  • Kunskap i andra lägre nivå programmeringsspråk (Java, Scala, C++)
  • Kunskap i maskininlärningsalgoritmer och frameworks, såsom scikit-learn, Keras, Tensorflow
  • God förståelse i linjäralgebra algebra och multipelvariabel calculus
  • Erfarenhet med arbete in a high-power computing environment
  • GitHub profile with code examples är en fördel
  • Erfarenhet av SQL
  • Erfarenhet av att arbeta i en internationell miljö
  • Vi kommer även uppmärksamma personliga egenskaper och gynna individer som är flexibla, sociala, kan samarbeta, ta initiativ, vara detaljorienterade och arbeta på ett väldokumenterat sätt.

En komplett ansökan innehåller:

  • CV
  • Tre rekommendationsbrev
  • Exempel av bioinformatic software development/implementation
  • Cover Letter

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.


Anställningsform Tillsvidareanställning
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Enligt överenskommelse
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Malmö
Län Skåne län
Land Sverige
Referensnummer PA2019/4221
Kontakt
  • Maria Gomez, professor, maria.gomez@med.lu.se
  • Jonathan Esguerra, biträdande forskare, jonathan.esguerra@med.lu.se
  • Claes Moreau, personalsamordnare, claes.moreau@med.lu.se
Facklig företrädare
  • OFR/ST:Fackförbundet ST:s kansli, 046-222 93 62
  • SACO:Saco-s-rådet vid Lunds universitet, 046-222 93 64
  • SEKO: Seko Civil, 046-222 93 66
Publicerat 2019-12-20
Sista ansökningsdag 2020-01-30

Tillbaka till lediga jobb