Lunds universitet, Medicinska fakulteten, Inst för laboratoriemedicin

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns 40 000 studenter och fler än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Institutionen för laboratoriemedicin (ILM) är en av sex institutioner vid Medicinska fakulteten. Vi bedriver ledande forskning inom det laboratoriemedicinska fältet med fokus på hur sjukdomar uppkommer och hur vi kan förbättra patienters diagnostik och behandling. Några av våra starkaste områden med forskning i världsklass, handlar om cancer-, genetik- och blodforskning.

Forskargruppen

CTG (https://www.ctg.lu.se/) är en prioriterad forskningsinfrastruktur vid Medicinska Fakulteteten vid Lunds Universitet, samfinansierad av Lunds Universitet, Region Skåne och SciLifeLab. Vid centret finns stor expertis inom sekvenserings- och genomikteknologier, och sett både i nationellt och internationellt perspektiv ligger enheten i teknisk framkant med tillgång till mycket kraftfulla sekvenseringsinstrument (t.ex. Illuminas NovaSeq såväl som instrument för långa läsningar, t.ex. Oxford Nanopore GridION) och metoder för single cell-analyser. För beräkningar använder centret ett dedikerat kluster vid Lunds Universitets superdatorcentrum (LUNARC). CTG arbetar nära Centrum för Molekylär Diagnostik (CMD), Region Skåne, i toppmoderna och särskilt anpassade lokaler för att snabbt kunna translatera forskningsfynd till patientnytta i form av klinisk diagnostik. CTG tillsammans med CMD utgör även en facilitet (Clinical Genomics Lund, del av Diagnostics Development-plattformen) inom den nationella forskningsinfrastrukturen SciLifeLab, och är en av de drivande aktörerna inom det nationella sekvenseringsinitiativet Genomic Medicine Sweden (https://genomicmedicine.se/).

CTG har idag ett femtontal anställda med kompetens inom molekylärbiologi, bioinformatik och systemutveckling.

Inom forskargruppen värnar vi om en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare.

Vi söker härmed en bioinformatiker för arbete i ett dynamiskt team Anställningen är tillsvidare på 100% med önskat tillträdesdatum den 1 september eller enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter

CTG utökar nu sin bioinformatikgrupp med en driven och serviceinriktad bioinformatiker, som tycker om att arbeta i ett dynamiskt team. Den aktuella tjänsten går delvis att anpassa och utforma tillsammans med ansvariga för enheten (t.ex. kan möjlighet till forskning på deltid eventuellt erbjudas). De huvudsakliga arbetsuppgifterna är:

  • Ansvar för bioinformatiska rutiner och flöden för data från de senaste sekvenseringsteknikerna, inklusive helgenomssekvensering (WGS, korta och långa läsningar), RNA-sekvensering, pan-cancerpaneler och ”single cell”-sekvensering.
  • Stötta forskare vid Lunds Universitet med bioinformatiska analyser, inklusive experimentell design, dataanalys, tolkning och i vissa fall publikation.
  • Projekthantering/-ledning av sekvenseringsprojekt för kunder inom Lunds Universitet.
  • Utveckling av verktyg och arbetsflöden för bioinformatiska analyser för forskning och för kliniska ändamål.
  • Utbildning och handledning, externt och internt, d.v.s. av andra forskare och av andra medarbetare inom bioinformatik.
  • Möjlighet att delta i nationella spjutspetssamarbeten inom genomik och bioinformatik, t.ex. via SciLifeLab och det svenska nationella sekvenseringsinititivet Genomic Medicine Sweden.

Dataanalys, dataleverans och intern projekthantering/-ledning av forskningsprojekt inom CTG är de primära uppgifterna och kommer att genomföras i samarbete med translationella och kliniska forskare vid i första hand Lunds Universitet och inom den regionala sjukvården.  Arbetet kan omfatta allt från kortare uppgifter (såsom sammanställning av kvalitetsdata och leverans av rådata) till djupa analyser där du har det övergripande ansvaret för den bioinformatiska aspekten. 

Kvalifikationer

För anställningen krävs:

  • grundutbildning inom adekvat ämnesområde (d.v.s. med bioinformatik och genomik som bas) eller motsvarande (minst 4 års) relevant arbetslivserfarenhet inom bioinformatik, från näringsliv, sjukvård eller akademi
  • erfarenhet av arbete med sekvenseringsdata (DNA- och/eller RNA-baserat)
  • erfarenhet av att arbeta i terminalbaserad i Linux-miljö och i minst ett script-språk (t.ex. Python, Perl eller R)
  • utmärkt förmåga till muntlig och skriftlig kommunikation på engelska

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Arbetsuppgifterna kräver att du har en utmärkt förmåga till samarbete och kommunikation, en utmärkt förmåga att strukturera och prioritera i arbetet samt utmärkt förmåga att arbeta självständigt och utveckla arbetssätt, även där befintliga rutiner saknas.

Meriterande för anställningen är:

  • doktorsutbildning inom adekvat forskningsområde (d.v.s. bioinformatik, genomik eller motsvarande)
  • erfarenhet av arbete med s.k. ”containers” (t.ex. Singularity eller Docker)
  • erfarenhet av arbete med bioinformatiska s.k. ”workflow managers” (t.ex. Snakemake eller Nextflow)
  • erfarenhet av arbete med, eller själv ha utvecklat, projekthanteringssystem
  • erfarenhet av arbete med, eller själv ha utvecklat, databaser
  • adekvat erfarenhet av handledning och/eller undervisning
  • utmärkt förmåga till muntlig och skriftlig kommunikation på svenska

Instruktioner till ansökan

Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur uppfyller eftersökta kvalifikationer, ett CV samt examensbevis.

Övrigt

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.

Anställningsform Tillsvidareanställning
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde 2020-09-01
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100
Ort Lund
Län Skåne län
Land Sverige
Referensnummer PA2020/2108
Kontakt
  • Thoas Fioretos, rekryterande chef, +46462224595
  • Tilde Lindgren, personalsamordnare, 046-2220000
Publicerat 2020-06-10
Sista ansökningsdag 2020-07-04

Tillbaka till lediga jobb