Medicinska fakulteten, Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 47 000 studenter och mer än 8 800 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.

Forskargruppen

I Atkinson-labbet är vi intresserade av att göra spännande upptäckter om utvecklingen av proteinfunktion och struktur. Vi arbetar främst med bioinformatiska metoder, utvecklar våra egna verktyg och drar nytta av den stora mängd tillgängliga genom och förutspådda proteomsekvenser. Atkinson-labbet är baserat på Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap i Biomedicinskt centrum (BMC) i Lund.

Du kan läsa mer om vår grupp på vår labwebbplats här: https://atkinson-lab.com/ och om avdelningen här: https://www.medicin.lu.se/medicinska-fakulteten-vid-lunds-universitet/institutioner/institutionen- experimentell-medicinsk-vetenskap

En av våra huvudsakliga forskningsinriktningar gäller toxin-antitoxinsystem (TA) av bakterier och bakteriofager, vilket har lett till papper i PNAS [1] och Molecular Cell [2] om toxSAS-enzymer som dramatiskt hämmar bakterietillväxt genom att producera giftiga nukleotider, eller modifiera tRNA, samt en nyare preprint på den hyper-promiskuösa antitoxindomänen som vi har döpt till Panacea [3]. Vårt arbete med toxin-antitoxiner och deras utveckling, struktur, funktion och biotekniska tillämpningar stöddes nyligen av ett generöst bidrag från stiftelsen Knut och Alice Wallenberg (se https://kaw.wallenberg.org/ grundforskning-djupt-inne-i-bakteriernas-arvsmassa). Som en mekanism för försvar mot bakteriofager har TAs betydelse för att utveckla nya biotekniska verktyg, samt förstå och så småningom övervinna naturliga hinder för fagterapi för behandling av antibiotikaresistenta infektioner.

Vi söker en doktorand på heltid för att fortsätta laboratoriets högeffektiva arbete och driva nya riktningar inom toxin-antitoxinsystemforskning, inklusive användning av maskininlärningsmetoder. I vår grupp strävar vi efter en stödjande, respektfull och stimulerande arbetsmiljö som främjar personlig och professionell utveckling för alla medarbetare.

Startdatum enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter

I detta doktorandprojekt kommer du att använda och utveckla Python-verktyg för evolutionära analyser av proteiner och genområden och använda resultaten för att förutsäga nya funktioner. Detta projekt bygger på vår tidigare framgång med FlaGs-verktyget [4], vilket direkt ledde till våra high impact -artikel, och används av forskare runt om i världen via vår webbserver på www.webflags.se. Bioinformatiska förutsägelser som kommer ut ur detta projekt kommer att verifieras experimentellt genom vårt samarbetsnätverk. Mycket av projektet kommer att fokusera på toxin-antitoxinsystem, men du kommer också att ha möjligheter att vidga dina horisonter till andra molekylära system.

Du får möjlighet att delta och presentera ditt arbete på internationella möten.

Referenser

  1. Jimmy, S. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 117, 10500-10510, (2020).
  2. Kurata, T. et al. Mol Cell 81, 3160-3170 e3169, (2021).
  3. Kurata, T. et al. bioRxiv, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.1105.1107.442387v442381, (2021).
  4. Saha, C. K. et al. Bioinformatics , 1312-1314 (2021).

Kvalifikationer

krav för anställningen är:
- Kodningskunskaper (helst i Python)
- Bakgrundsförståelse för och intresse för molekylärbiologi och evolution
- Kunskaper i engelska i tal och skrift.
Meriterande för anställningen är:
- Erfarenhet av fylogenetisk sekvensanalys
- Erfarenhet av stor datahantering
- Erfarenhet av maskininlärningsmetoder.

Instruktioner för ansökan

- Ett personligt brev som förklarar ditt intresse för projektet och din tidigare relevanta erfarenhe

- Ett fullständigt CV med kontaktuppgifter för två referenser

- Examensbevis för kandidatexamen och masterexamen

Vid informella förfrågningar välkommen att kontakta på gemma.atkinson@med.lu.se

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.

Anställningsform Tidsbegränsad anställning
Tillträde Enligt överenskommelse
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100
Ort Lund
Län Skåne län
Land Sverige
Referensnummer PA2021/2819
Kontakt
  • Gemma Atkinson, Forskargruppschef, 046-2220000
  • Sofia Sönnerstedt, Personalsamordnare, +46462229876
Facklig företrädare
  • OFR/ST:Fackförbundet ST:s kansli, 046-222 93 62
  • SACO:Saco-s-rådet vid Lunds universitet, 046-222 93 64
  • SEKO: Seko Civil, 046-222 93 66
Publicerat 2021-09-08
Sista ansökningsdag 2021-10-03

Tillbaka till lediga jobb