Postdoktor inom bioinformatik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av arbetsplats

Forskargruppen för thoraxkirurgi-bioinformatik driver flera stora nationella och internationella projekt vilka fokuserar på att öka förståelsen för utvecklingen av kronisk avstötning efter hjärttransplantation och vilka immunologiska och icke-immunologiska faktorer som har en avgörande betydelse. Målet är att minska risken för avstötning genom individuellt anpassad behandling. Gruppen använder artificiell intelligens (AI) för analys och modellering.  Enheten leds av universitetslektor Johan Nilsson och består av biträdande forskare och flera doktorander. Gruppen är placerad på BMC i Lund, men tillhör institutionen för translationell medicin, Malmö.

Vi är nu i behov av att utöka vår enhet med en skicklig, ambitiös och motiverad postdoktor, varför vi söker efter en talangfull bioinformatiker. 

Vi värnar om att skapa en positiv, respektfull och stimulerande miljö. Vi värdesätter kommunikation och samarbete samt en arbetsplats som främjar lärande och utveckling för alla medarbetare. Vi är också engagerade i att bygga en säker och positiv miljö för alla anställda genom ömsesidig respekt och tolerans.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

En viktig del av det arbete som du skall utföra är omfattande kvalitetskontroller (QC), Bearbetning, vizualizering och analyser av data. Det bioinformatiska området är brett och utvecklas i imponerande takt. Således kommer du självständigt ansvara för att följa utvecklingen, arbeta med att förbättra befintliga pipelines och presentera alternativa lösningar hur man bäst utnyttjar tillgänglig data och resurser, inklusive visualiseringar och artificiell intelligens för vårt stora material av humana data.

Du kommer ansvara för uppbyggnaden av infrastruktur (linux server med GPU) för att kunna analysera materialet. I arbetet ingår även att delta i forskargruppens dagliga arbete, insamling av patientdata, hjälpa till med handledningen av doktorander och studenter, samt arbeta med att producera material till forskningspublikationer.

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom anställningens ämnesområde och som avlagts högst tre år före datum för anställningsbeslut. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare än ovan nämnda tre år.

Bedömningsgrunder
Vid Lunds universitet ska en anställning som postdoktor ge möjlighet till vetenskaplig och pedagogisk
meritering. I första hand ges utrymme för meritering inom forskning, men även till viss
högskolepedagogisk utbildning. Undervisning kan även ingå i arbetsuppgifterna.
Vid anställning som postdoktor kommer främst beaktas vetenskaplig förmåga.

Övriga kvalifikationer

Vid anställning som postdoktor beaktas främst den vetenskapliga förmågan och som sökande ska du ha en gedigen bakgrund inom åtminstone ett av följande områden:

• Biostatistisk och bioinformatik
• Maskininlärning
• Överlevnadsanalys

I övrigt görs bedömningen med utgångspunkt i följande krav för anställningen:

• Doktorsexamen inom medicin[JN1], bioinformatik, eller datorvetenskap
• Goda skriftliga färdigheter i engelska
• Erfarenhet av analys och datautvinning för att identifiera trender och producera meningsfulla datavisualiseringar
• Färdigheter i R och Python (Pandas och NumPy) eller en lägre nivå̊ av programmeringsspråk (C++, Java, etc.)
• Erfarenhet av att analysera WGS och RNA-SEQ data, kunskap om modern RNA-SEQ-relaterad metodik: Star, Kallisto, DESeq2 etc.
• Erfarenhet inom något av följande kärnområden: WGS eller Exome-seq. Kunskap om moderna bioinformatiska verktyg som GATK, Snakemake, Nextflow, etc. Nya verktyg såsom Alfafold är meriterande.
• Gedigen förståelse för dataanalys där maskininlärning är meriterande
• Erfarenhet av att arbeta i Linux och/eller MacOS miljö
• Erfarenhet av att skriva och kommunicera vetenskap
• God förmåga till självständigt arbete[ST2][JN3] 

Vi kommer att lägga stor vikt vid personlig lämplighet. Utöver god samarbetsförmåga, eget driv, social kompetens och kommunikationsförmåga är det viktigt att du känner entusiasm för att arbeta med att ge analytiskt stöd till pågående projekt samt är intresserad av att vara delaktig i ett dynamiskt och kreativt team.  

Meriterande för anställningen är:

• Bevisad förmåga att arbeta med snäva tidsfrister
• Erfarenhet av att sköta och organisera datorlabb, labböcker och protokoll samt ha en god organisatorisk förmåga
• Erfarenhet av att handleda/undervisa studenter
• Vana av att samarbeta med internationella samarbetspartners

Kunskap om epidemiologiska metoder och kardiometabolisk sjukdom är starkt meriterande, men inte en nödvändighet.

Villkor

Anställningen är tidsbegränsad till två år (med möjlighet till ytterligare förlängning på 12 månader) och avser heltid. Preliminärt startdatum är 1 mars 2023, eller enligt överenskommelse. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter (Arbetsgivarverket, OFR:s, Saco-S och SEKO) daterat 2021-11-19.

Instruktioner för ansökan

Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller de eftersökta
kvalifikationerna, ett CV, kontaktuppgifter till tre referenser, examensbevis och andra dokument som du vill ska beaktas (t.ex. rekommendationsbrev). Om examensbeviset inte har utfärdats före
ansökningstillfället ber vi dig att skicka in detta i efterhand till Sara Tvermoes (sara.tvermoes@med.lu.se).

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan