Doktorand i maskininlärning för proteiner

Ämnesbeskrivning

Projektet syftar till att bättre förstå hur konformationsförändringar kodas i proteinsekvenser, och att utveckla ny metodik för att förutsäga konformationell mångfald och förändringar med hjälp av maskininlärning. Med hjälp av djupinlärningsmetoder kommer metoder för att förutsäga flexibilitet, konformationsförändringar och strukturella ensembler att utvecklas. Projektet kan också innebära tillämpning av metodiken i beräkningsdesign av proteiner med förmåga att ta prov på konformationstillstånd. Metodiken kan innefatta användning av generativa modeller för att prova proteinstrukturer, utvidgning av ramverk för djupinlärning för förutsägelse av proteinstruktur, språkmodeller och algoritmer för morphing och klustring. Den rekryterade kandidaten kommer att skrivas in på en forskarskola i maskininlärning genom WASP.

Wallenberg AI, Autonomous Systems and Software Program, WASP, är Sveriges största enskilda forskningsprogram i modern tid. Programmet skapar en plattform för akademisk forskning och utbildning i nära samarbete med ledande svensk teknikintensiv industri. Forskningen innefattar artificiell intelligens och autonoma system som verkar i samarbete med människor och som anpassar sig till sin omgivning med hjälp av sensorer, information och kunskap och skapar intelligenta system av system.

WASPs vision är excellent forskning och kompetens inom artificiell intelligens, autonoma system och mjukvara till gagn för Sveriges industri och samhälle.

Läs mer: https://wasp-sweden.org/

Forskarskolan inom WASP har som mål att förse framtidens forskare med nödvändig kunskap för att kunna analysera, utveckla och bidra aktivt till den tvärvetenskapliga utvecklingen av artificiell intelligens, autonoma system och mjukvara. Genom ett ambitiöst program med forskningsbesök, partneruniversitet och gästföreläsare stöder forskarskolan aktivt bildandet av ett starkt multidisciplinärt och internationellt professionellt nätverk mellan doktorander, forskare och industri.

Forskarskolan erbjuder därmed en unik möjlighet för de studenter som lockas av internationell forskning i världsklass med industriell relevans.

Mer information: https://wasp-sweden.org/graduate-school/

Arbetsuppgifter

Doktoranden kommer huvudsakligen utveckla maskininlärningsmodeller för prediktion av konformationsändringar i proteiner, med fokus på djupinlärning. Metodiken kan eventuellt appliceras på design av proteiner, tex design av proteiner med konformationsändringar.

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna ingår det även medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har:

• avlagt examen på avancerad nivå eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, med innehåll som är relevant för forskarutbildningen eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för molekylär biofysik uppfyller den som har:

• Minst 120 högskolepoäng ska utgöras av kemikurser, inkluderande grundläggande kurs i biokemi eller cellbiologi,
• minst 30 högskolepoäng examensarbete på avancerad nivå inom den valda inriktningen eller närbesläktade inriktningar.
• I vissa fall kan kravet om kemikurser ersättas med andra ämnen. Den särskilda behörigheten kan också ha erhållits genom annan motsvarande utbildning, vilket prövas i varje enskilt fall.

Övriga krav:

• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.
• Studier på masternivå i ett program med god förberedelse för forskning och tillämpning av maskininlärning på molekyler, gärna proteiner. Detta kan vara ett program inom maskininlärning, beräkningsbiologi, beräkningskemi, bioinformatik, molekylär fysik, molekylär bioteknik, datavetenskap, med tillräckliga förberedelser för att slutföra WASP forskarskolan.
• En studiebakgrund som inkluderar kurser ägnade åt molekylära ämnen.
• Visad förmåga att skriva vetenskaplig kod med hjälp av programmeringsspråk som python och/eller C++.

Bedömningsgrunder

Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

1. Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.
2. Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
3. Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
4. Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Övriga meriter:

• Erfarenhet av att utveckla metoder för djupinlärning eller mer sofistikerade metoder för maskininlärning
• Intresse av att arbeta i en multidisciplinär forskningsmiljö och samarbeta med andra medlemmar i forskargruppen som gör experimentellt arbete eller fokuserar på andra områden av beräkningsmodellering av proteiner.
• Tidigare erfarenhet av arbete med proteiner bedöms som meriterande, men inget krav

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Villkor

Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§. Startdatum enligt överenskommelse, dock senast 2024-11-01.

Instruktioner för ansökan

Ansökan bör skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).