Postdoktor inom Bioinformatik

Beskrivning av arbetsplatsen
Forskargruppen Kardiovaskulär forskning – Translationella studier bedriver forskning inom kardiovaskulära sjukdomar med fokus på biologiska skillnader som ligger till grund för akuta komplikationer såsom hjärtinfarkt och stroke. Forskningen är translationell och omfattar studier av human vävnad och flertalet in-vitro modeller. Gruppen har i många år varit i framkant av fältet och har etablerade samarbeten med flera internationella forskargrupper.

Gruppen, som leds av professor Isabel Goncalves och docent Andreas Edsfeldt, består av postdoktorer, doktorander, bioinformatiker samt laboratorieingenjörer med både klinisk och preklinisk bakgrund. Verksamheten är lokaliserad på CRC i Malmö.

Centralt för arbetet i gruppen är att främja samarbeten mellan gruppens medlemmar samt med andra nationella och internationella forskargrupper med målet att skapa en utvecklande och stimulerande arbetsplats för alla. Vi arbetar aktivt för att stödja gruppens yngre forskare för att de på sikt ska kunna etablera sig som självständiga forskare. Du kan läsa mer om vår forskning på vår hemsida.

Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet.  

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra, och strävar efter en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare. Vi arbetar ständigt för att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare. Vi värnar både om den fysiska säkerheten och psykosociala arbetsmiljön.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden
Vi söker en motiverad postdoktor till ett projekt i världsklass, med målet att identifiera underliggande biologiska orsaker till komplikationer av åderförkalkning, en av de vanligaste dödsorsakerna globalt. Delar av projektet riktar sig även specifikt mot sjukdomar som är starkt kopplade till åderförkalkning såsom diabetes.

Projektet bygger på en världsunik human vävnadsbiobank med åderförkalkningsplack där vi studerar skillnader i biologiska processer såsom metabola mönster, cellfenotyper, inflammation och extracellulärmatrix, som ligger till grund för akuta komplikationer av åderförkalkning. Projektets studier har genererat ett flertal publikationer i högt ansedda tidskrifter (European Heart Journal, JACC, Circulation mm). Projektet bygger även på nära samarbeten med andra starka grupper i internationellt välkända miljöer (till ex Oxford, Amsterdam och Mayo kliniken i USA).

Anställningen erbjuder en viktig möjlighet att bli involverad i ett projekt med hög potential att identifiera nya framtida behandlingsvägar vid aterosklerotisk sjukdom.

Som postdoktor kommer du att arbeta i direkt samarbete med Prof Goncalves, docent Edsfeldt och docent Jiangming Sun, de seniora forskarna som leder projekten, och med de andra gruppmedlemmarna. Gruppen består av 15 personer (inklusive sjuksköterskor, biomedicinska forskare, stipendiater, postdoktorer och doktorander) och är en del av Lunds Universitets Diabetes Centre (LUDC) där det finns ett stort intresse för kardiovaskulära komplikationer till följd av diabetes. På grund av den växande mängden data och möjliga mål som genereras av gruppen kommer postdoktorn att vara avgörande för oberoende målvalidering och dataanalyser. Du förväntas att självständigt kunna initiera, planera och utföra experiment, koordinera samarbeten, handleda studenter, genomföra statistiska analyser, tolka data och presentera resultaten i publikationer och vid internationella möten.

Den sökande förväntas även självständigt introducera och optimera nya metoder.

Den sökande skall ha erfarenhet av att analysera resultat från experimentella metoder applicerbara på human vävnad (till exempel, singel cell transkriptomik, spatial transkriptomik, proteomik, lipidomik, metabolomik och överlevnadsanalyser)

Även andra arbetsuppgifter kan bli aktuella.

Behörighet
Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas, och bevis om att behörighetskravet är uppfyllt ska ha inkommit senast vid denna tidpunkt. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter.

Bedömningsgrunder
Vid Lunds universitet ska en anställning som postdoktor ge möjlighet till vetenskaplig och pedagogisk meritering. I första hand ges utrymme för meritering inom forskning, men även till viss högskolepedagogisk utbildning. Undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna.

Vid anställning som postdoktor kommer främst beaktas vetenskaplig förmåga.

Övriga kvalifikationer
För anställningen krävs:

• PhD inom bioinformatik eller datavetenskap, alternativt biologi, biomedicin, medicin, kemi eller biokemi med inriktning mot databehandling eller motsvarande kompetens
• God kunskap om planering av mekanistiska studier
• God erfarenhet av analys av resultat från experimentella tekniker (som transkriptomik, proteomik, metabolomik, lipidomik)
• Programmering skills in R or Python.
• Erfarenhet av att utföra analyser av NGS-data
• Grundläggande statistik och/eller bioinformatik
• Flytande engelska (tal och skrift)

Meriterande för anställningen är:

• God erfarenhet i handledning av studenter och doktorander
• Genomförd internationell postdok
• Kunskap om maskininlärning/artificiell intelligens
• Kunskap och hantering av Big Data

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper. Arbetsuppgifterna kräver att du är flexibel, innovativ, social och intresserad av internationella samarbeten, noggrann i utförande och dokumentation av arbetet.

Villkor
Anställningen är tidsbegränsad till två år och avser heltid, med möjlighet till förlängning med upp till ett år. Önskat tillträdesdatum är 1 februari 2025 eller enligt överenskommelse. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter (Arbetsgivarverket, OFR:s, Saco-S och SEKO) daterat 2021-11-19. Anställningen kan också förlängas om det finns särskilda skäl. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla: Ett personligt brev (max 2 sidor) där du beskriver varför du är intresserad i projektet, hur du uppfyller eftersökta kvalifikationer (inklusive tidigare självständiga projekt och tekniska färdigheter), samt dina forskningsintressen och framtida karriärplaner. CV – inklusive namn och kontaktinformation till två tidigare handledare. Komplett publikationslista (kan inkluderas i din CV). Kopia av examensbevis (PhD diplom eller ekvivalent).