Postdoktor i ingenjörskonst av kontraktila injektionssystem (CIS) för antimikrobiell terapi och biologisk bekämpning

Beskrivning av arbetsplatsen

Tjänsten är placerad vid Medicinska fakulteten vid Lunds universitet, inom Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap och närmare bestämt forskningsgruppen för medicinsk strukturbiologi. Avdelningen fokuserar på att klarlägga molekylära mekanismer för hälsa och sjukdom genom avancerad avbildning och biofysiska metoder.

Forskargruppen undersöker kontraktila injektionssystem (Contractile Injection Systems, CIS) – naturliga proteinmaskiner som bakterier använder för att leverera molekylära laster. Gruppens mål är att förstå struktur, funktion och tillämpning av CIS inom både biopesticidutveckling och målmedveten antimikrobiell leverans. Gruppen är tvärvetenskaplig och består av expertis inom molekylär mikrobiologi, strukturbiologi, bioinformatik och proteinteknik. Teamet inkluderar för närvarande en PI, en doktorand och en bioinformatiker.

Arbetsplatsen har ett starkt internationellt samarbete, särskilt med Halberg-gruppen vid Köpenhamns universitet (insektsneuroendokrinologi och fysiologi) samt Collin-gruppen (infektionsforskning) vid Lunds universitet. Postdoktorn kommer huvudsakligen arbeta i Lund men förväntas delta i samarbetsprojekt över Öresundsregionen, inklusive experimentell koordinering med forskare i Köpenhamn samt datainsamling vid nationella anläggningar som MAX IV (Lund), SciLifeLab (Stockholm) och CFIM (Köpenhamn) för cryo-EM och cryo-ET.

Gruppen värderar en kollegial och stödjande forskningsmiljö med öppen kommunikation, strukturerad handledning och en stark betoning på balans mellan arbete och fritid.

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra, och strävar efter en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare. Vi arbetar ständigt med att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare. Vi värnar både om den fysiska säkerheten och psykosociala arbetsmiljön.

Beskrivning av AMBER-projektets sammanhang

Denna postdoktorala tjänst är en del av EU:s samfinansierade forskningsprojekt AMBER, Advanced Multiscale Biological imaging using European Research infrastructures, som kommer att ta itu med vetenskapliga och sektoriella luckor i biologisk avbildning från molekylär, via cellulär, till vävnads-, organ- och organismnivå, och samordnas av LINXS Institute of advanced Neutron and X-ray Science.

AMBER finansieras av EU:s Marie Skłodowska-Curie (MSCA) COFUND-program.

Cirka 20 postdoktorer kommer att rekryteras i den fjärde utlysningen 2025, varje tjänst är 36 månader.

AMBER har sex samverkanpartners: Lunds universitet/MAX IV, Sverige, European Spallation Source (ESS), Sverige, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Institut Laue-Langevin (ILL), Frankrike, International Institute of Molecular Mechanisms and Machines, (IMOL), Polen, och Leicester Institute of Structural and Chemical Biology, Storbritannien.

Ditt arbete kan omfatta kliniska och biomedicinska projekt. Det kan också omfatta teknikutvecklingsarbete som syftar till att kombinera avbildningstekniker och dataanalys för att ge en mer integrerad bild av livsprocesser i samband med hälsa och sjukdom. Som postdoktor inom AMBER-programmet får du tillgång till oöverträffade medicinska, biologiska och metodologiska möjligheter, med en djupgående potentiell inverkan på Europas nästa generation av forskning och forskare. När du har slutfört AMBER-programmet kommer du att vara utomordentligt välutrustad för att främja din karriär inom den akademiska världen, vid infrastrukturer, inom hälso- och MedTech-sektorerna och därefter.

För mer information om de totalt utlysta postdoktorala tjänsterna inom AMBER co-fund-projektet, besök https://www.euraxess.se/jobs/341970.

Intervjuerna kommer att inledas i november 2025. För mer information om AMBER, ansöknings- och utvärderingsprocessen etc., besök: ambercofund.eu.

Projektbeskrivning

Detta tvärvetenskapliga projekt handlar om upptäckt, strukturell analys och rättad omdesign av bakteriella kontraktila injektionssystem (CIS) – evolutionärt bevarade proteinkomplex som fungerar som nanosprutor för att injicera molekyler i målceller. CIS har stor potential som programmerbara verktyg för precisionsleverans av biomolekyler med tillämpningar inom infektionsbiologi, biomedicin och hållbart jordbruk.

Två huvudsakliga tillämpningsområden:

1. Biomedicin: Selektiv targeting av antibiotikaresistenta patogener (t.ex. Staphylococcus aureus) via CIS som levererar specifika antimikrobiella effekter (enzymer, CRISPR-Cas, peptider).

2. Insektsbekämpning: Programmerade CIS för att leverera neuropeptider eller RNAi till mål i skadedjur (t.ex. skalbaggar) och minska kemiskt pesticidanvändning.

Projektet involverar:

• Sekvensering och metagenomisk dataanalys för att identifiera nya CIS
• Rekombinant uttryck och rening av CIS-varianter
• Högupplöst cryo-EM/cryo-ET av struktur
• Proteinmodellering (t.ex. AlphaFold2)
• Funktionella tester i bakterier/insekter

Projektet är i samarbete med:

• Halberg-gruppen (Köpenhamn)
• Collin-labbet (Lund)

Cryo-EM/ET sker vid MAX IV och plattformar i Stockholm och Köpenhamn. Detta postdokprojekt erbjuder en unik möjlighet att verka i skärningspunkten mellan strukturbiologi, mikrobiomforskning och tillämpad bioteknik.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Vid Lunds universitet ska en anställning som postdoktor ge möjlighet till vetenskaplig och pedagogisk meritering. I första hand ges utrymme för meritering inom forskning, men även till viss högskolepedagogisk utbildning. Undervisning kan även ingå i arbetsuppgifterna.

Som postdoktor i detta tvärvetenskapliga projekt kommer du att spela en nyckelroll i utvecklingen av programmerbara CIS/BIS, genom att kombinera strukturbiologi, mikrobiomanalys och proteinteknik för att skapa nya verktyg för precisionsleverans.

Dina huvudsakliga ansvarsområden kommer att omfatta:

• Identifiering av nya CIS genom mikrobiomdata och bioinformatik
• Kloning, uttryck och rening av proteiner
• Cryo-EM/ET för strukturell analys
• Design av effektorlevererande varianter (RNAi, peptider, CRISPR)
• Funktionella analyser (in vitro/in vivo)
• Datanalys och publikationer
• Presentationer, samarbete och ansökningar

Du kommer att vara baserad vid Lunds universitet (Lund, Sverige), med frekvent kontakt med samarbetspartners vid Köpenhamns universitet och regelbundna besök på nationella avbildningsanläggningar, såsom MAX IV i Lund, samt partnercenter för kryo-EM i Stockholm och Köpenhamn.

Kortare forskningsvistelser eller utbyten kan också arrangeras, beroende på din plan för karriärutveckling.

Tjänsten följer standardarbetstid för heltidsanställning, men flexibilitet kan krävas under perioder av datainsamling, särskilt vid användning av infrastrukturer med hög efterfrågan (t.ex. synkrotron- eller kryo-EM-sessioner). Resor inom Europa för konferenser, samarbetsmöten eller utbildning förväntas.

Rollen erbjuder en hög grad av självständighet och kreativitet och är idealisk för en forskare som vill bidra till nästa generations bioingenjörslösningar samtidigt som man bygger upp stark tvärvetenskaplig kompetens.

Kvalifikationer

Minimikrav för anställningen: 

• kandidaten måste ha högst 8 år efter en doktorsexamen (PhD), enligt vad som krävs i projektets Grant Agreement som undertecknats med Europeiska kommissionen,
• minst en originalpublikation i en fackgranskad tidskrift,
• en bakgrund inom relevanta metoder,
• ett komplett ansökningspaket som lämnas in via AMBER-portalen (inklusive CV och detaljerad forskningsplan), och slutligen
• strikt efterlevnad av MSCA:s mobilitetsregel om att forskaren inte får ha varit bosatt eller bedrivit sin huvudsakliga verksamhet (arbete, studier etc.) i värdorganisationens land under mer än tolv månader under de tre åren omedelbart före utlysningens sista ansökningsdag.

Varje projekt kommer att ha ytterligare specifika krav som kandidaterna måste uppfylla, se till att kontrollera vilka dessa är innan du ansöker.

Specifika krav för anställningen är:

• Doktorsexamen eller motsvarande utländsk examen inom molekylärbiologi, mikrobiologi, strukturbiologi, bioteknik eller liknande. Doktorsexamen ska vara avlagd senast vid tidpunkten då anställningsbeslut fattas. 
• God förmåga att utveckla och genomföra forskning av god kvalitet
• Pedagogisk förmåga
• Självständig forskning visad genom publikationer
• Färdighet i molekylärbiologi (kloning, uttryck)
• Erfarenhet i cryo-EM/ET - strukturbiologi
• God engelska i tal och skrift
• Samarbets- och initiativförmåga

Meriterande för anställningen är:

• Främst kommer den sökande i fråga som avlagt examen högst tre år före sista ansökningsdag
• Struktur-baserad proteindesign
• AlphaFold2/Rosetta-kunskap
• Mikrobiom- och metagenomanalys
• Antimikrobiella peptider, CRISPR
• Insektsmodeller, RNAi-screening
• Leveransanalyser (t.ex. i bakterier eller insekter)

Personlig lämplighet, entusiasm för tvärvetenskaplig forskning och motivation att arbeta i gränssnittet mellan strukturbiologi och tillämpad bioteknik kommer att vägas in i den samlade bedömningen.

Bedömningen av de sökande kommer i första hand att baseras på deras vetenskapliga meriter och potential som forskare. Särskild vikt kommer att fästas vid vetenskaplig förmåga inom ämnesområdet.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension.

Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss.

Om anställningen

Anställningen är en visstidsanställning på tre år, 100% med startdatum den 2026-01-01 eller enligt överenskommelse. Anställningar vid Lunds universitet bedrivs i Sverige, du förväntas därför kunna utföra ditt arbete på plats i Lund.

Anställningen är tidsbegränsad till max tre år enligt kollektivavtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor (Arbetsgivarverket). En anställning som postdoktor är tänkt som ett inledande steg i karriären och som en möjlighet att ytterligare fördjupa och bredda forskningskompetens.

Övrigt 

Vi erbjuder en samarbetande och stödjande forskningsmiljö som värdesätter lagarbete, öppen kommunikation och gemensamma vetenskapliga mål. Du kommer att uppmuntras att ta en aktiv roll i handledning av master- och doktorandstudenter, bidra till gruppens aktiviteter och främja en positiv laganda.

Vi stödjer också utvecklingen av självständiga forskningsprofiler, och du kommer att uppmuntras att delta i ansökan om forskningsbidrag och karriärsutvecklingsaktiviteter som en del av din postdoktorala utbildning.

Du behöver inte vara expert på både infektionsbiologi och insektsfysiologi från början — men du måste vara villig och kapabel att snabbt lära dig inom ett samarbetande och tvärvetenskapligt team.

Instruktioner för hur du ansöker

För mer information och dokument/mallar/europass-länk, besök https://www.ambercofund.eu/for-applicants.

Ofullständiga ansökningar kommer inte att beaktas. Se till att du laddar upp alla nödvändiga dokument som anges nedan i-ix.

Om du är intresserad av att söka mer än en tjänst (högst 3) måste du vara beredd att lämna in en fullständig ansökan för varje enskild tjänst.

Ansökningarna ska skrivas på engelska och alla dokument ska vara i pdf-format.

i) En meritförteckning (europass-format). Ditt CV ska exporteras till en PDF-fil som du använder i din ansökan.

ii) En detaljerad forskningsplan inklusive eventuella planerade utstationeringar (kandidater kan föreslå fler än den obligatoriska, de kan också föreslå sina egna utstationeringar), skolor och konferenser samt en mall för budgetplan. (så kortfattad som möjligt, Forskningsplanen ska vara så kortfattad som möjligt, 3 sidor, inklusive en tredjedels sida för sammanfattning/abstract.

Ytterligare texter som ska inkluderas i PDF:en är:

iii) Letter of Commitment från eventuella ytterligare secondment partners

iv) Bevis på kunskaper i engelska (minst CEFR B22, kontrolleras även vid intervjun).

v) Ett utkast till en individuell karriärutvecklingsplan (ICDP).

vi) Två referensbrev.

vii) Eventuella ytterligare dokument som stöd för ansökan.

viii) Etiskt frågeformulär (checklista för högskoleetik + forskningsetiskt åtagande)

Dessutom kommer ansökan att kräva:

ix) Varje kandidat kan ansöka om högst 3 tjänster. Du måste ansöka för varje enskild tjänst. En lista med önskad ordning på tjänsterna ska skickas till AMBER-ledningen. amber@linxs.se

Mer information om Medicinska fakulteten