Doktorand i Beräkningskemi

Beskrivning av verksamheten

Avdelningen för beräkningskemi omfattar tio forskargrupper inom alla områden av kvantmekanik och statistisk mekanik. Gruppen för beräkningsbiokemi består för närvarande av åtta personer och kombinerar kvantkemi, statistisk mekanik och maskininlärning med biokemi, medicinsk kemi och strukturbiologi för att förstå strukturer och funktion hos biologiska makromolekyler och för att manipulera deras funktion, t.ex. genom läkemedelsutveckling. Mer information finns på https://www.compchem.lu.se/ulf-ryde. Projektet kommer att utföras i ett nära samarbete med Molekylär AI vid AstraZeneca och Institutionen för farmaceutisk biovetenskap vid Uppsala universitet.

Att vara doktorand

Som doktorand är du både antagen som student och anställd vid Lunds universitet.

Som forskarstuderande tränas du i ett vetenskapligt förhållningssätt. Det kan kort beskrivas som att du får övning i att tänka kritiskt och analytiskt, att du får lösa problem självständigt med hjälp av rätt metodval och du får en forskningsetisk medvetenhet. Dessutom ges möjlighet för dig som doktorand att arbeta med projekt, att utveckla dina ledaregenskaper och din pedagogiska förmåga. Under hela din studietid guidas du av handledare. Forskarstudierna avslutas med en avhandling och doktorsexamen.

Projektbeskrivning

Att beräkna precisa uppskattningar av bindningsaffiniteten för små molekyler (t.ex. läkemedelskandidater) till en makromolekylär receptor (t.ex. ett protein) är en av de största utmaningarna inom beräkningskemi. Doktoranden kommer att utveckla fysikinformerade maskininlärningsmodeller för att förutsäga bindningsaffiniteter i rationell läkemedelsdesign av små molekyler. Modellerna kommer att möjliggöra prioritering av kandidater från hit discovery till lead-optimering. Projektet utgår från fysikbaserade metoder som MM/PBSA, frienergiperturbation, SQM 2.20 och fragment-molekylorbitalberäkningar, och kommer att använda moderna maskininlärningstekniker för att förbättra prediktionerna och för att välja ut fysisk information som är viktig för prediktionerna.

Arbetsuppgifter

Du kommer framförallt att ägna dig åt din forskarutbildning, vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser, seminarier och konferenser. Du kommer att utföra fysikbaserade metoder för att uppskatta absoluta och relativa bindningsfria energier. Baserat på dessa kommer du att utveckla maskininlärningsmodeller för att förbättra de uppskattade bindningsaffiniteterna.I arbetsuppgifterna kan det även komma att ingå medverkan i undervisning och annat institutionsarbete (max 20% av arbetstiden).

Kvalifikationer

För att kunna antas och anställas som doktorand behöver du uppfylla kraven nedan.

Behörighetskrav

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå uppfyller du som har:

• avlagd examen på avancerad nivå eller
• fullgjorda kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Särskild behörighet för beräkningskemi uppfyller du som har:

• Masterexamen i beräkningskemi, bioinformatik, maskininlärning, datavetenskap, matematik, statistik, fysik eller liknande område.

Övriga krav

För att tillgodogöra sig den aktuella forskarutbildningen krävs även:  

• Dokumenterad skicklighet i programmering, t.ex. i Python.
• God förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
• God förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
• Goda kunskaper i engelska, i tal och skrift.
• Hög samarbetsförmåga och stark motivation för arbete inom detta område.

Meriterande

För den aktuella forskarutbildningen är följande meriterande:  

• Praktisk erfarenhet av moderna maskininlärningsmetoder tillämpade på vetenskapliga problem.
• Praktisk erfarenhet av molekylmodellering, inklusive molekylmekanik, molekyldynamik och kvantmekanik.
• Praktisk erfarenhet av förutsägelse av bindningsaffiniteter för små molekyler, t.ex. MM/PBSA och frienergiperturbation.
• Erfarenhet av beräkningsarbetsflöden och högpresterande datormiljöer.
• Erfarenhet av arbetsflödesautomatisering och kollaborativ programutveckling.
• Kurser i kvantmekanik, statistisk mekanik, medicinsk kemi och bioinformatik.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension.

Mer om att jobba på Lunds universitet på lu.se. https://www.lu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss

Om anställningen

Anställningen är en visstidsanställning på heltid, med start 2026-09-01 eller enligt överenskommelse. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad. Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Mer om anställningsvillkor för doktorander på Lunds universitets medarbetarwebb. https://www.medarbetarwebben.lu.se/forska-och-utbilda/stod-till-forskning/utbildning-pa-forskarniva/anstallningsvillkor-doktorander

Så här söker du

Ansökan skall skrivas på engelska och till din ansökan ska du bifoga:

• - CV och personligt brev med motivering till varför du är intresserad av utbildningsplatsen/anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund.
• - Kopior på utfärdade studieintyg och/eller examensbevis. Dessa ska styrka din grundläggande och särskilda behörighet till forskarutbildningsämnet och visa att du har de ämneskunskaper som krävs för forskarutbildningsprojektet.
• - Övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).

Välkommen med din ansökan!