Doktorand i beräkningsbaserad immunomprogrammering

Beskrivning av arbetsplatsen

Forskargruppen Cell Reprogramming in Hematopoiesis and Immunity vid Institutionen för laboratoriemedicin inom Medicinska fakulteten studerar hur ödet för hematopoetiska celler specificeras, upprätthålls och slutligen modifieras eller reverseras. Med inspiration från stamcellsbiologi, immunologi och cancerforskning använder vi ett tvärvetenskapligt angreppssätt för att mekanistiskt förstå identiteten hos hematopoetiska och immuna celler och omsätta våra forskningsresultat i nya gen‑ och cellterapier.

Immunterapi har förändrat cancerbehandlingen genom att möjliggöra långvariga behandlingssvar hos vissa patienter. Många patienter har dock fortfarande ingen nytta av behandlingen, och flera cancertyper – däribland så kallade kalla solida tumörer – är fortsatt resistenta mot dagens immunterapier. Ett centralt mål inom forskningsfältet är därför att utveckla nya strategier som ökar tumörers immunogenicitet och stärker antitumörala immunsvar. Omprogrammering av cancerceller till immunogena dendritiska celler är ett nytt och lovande tillvägagångssätt som utvecklas vid Pereira-labbet vid Lunds universitet. Hittills har dock endast ett begränsat antal immuncellstyper kunnat genereras genom transkriptionsfaktor‑medierad direkt omprogrammering, vilket begränsar den terapeutiska potentialen. Detta projekt bygger vidare på en etablerad kombinerad transkriptionsfaktorscreeningplattform med streckkodning och enkelcellsanalys och syftar till att utvidga omprogrammeringen av immunceller bortom de celltyper som i nuläget är tillgängliga. Mer information om forskargruppen finns på https://pereiralab.com/.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet, vilket innebär att anställda omfattas av särskilda förmåner, generös semester samt en förmånlig tjänstepension. Mer information om vad det innebär att arbeta vid Lunds universitet finns på universitetets webbplats Jobba hos oss.

Forskargruppen Cell Reprogramming in Hematopoiesis and Immunity är en mångfacetterad grupp bestående av molekylärbiologer, läkare, farmaceuter, tumörimmunologer, stamcellsbiologer och beräkningsbiologer. Vårt multidisciplinära arbetssätt hämtar inspiration från immunologi, utvecklingsbiologi, stamcellsforskning, cancerbiologi och bioinformatik, vilket leder till korsbefruktning av idéer och nya vetenskapliga upptäckter. Detta kräver mångfald och samarbete både inom forskargruppen och tillsammans med våra internationella akademiska och industriella samarbetspartners. Tjänsten finansieras av SciLifeLab‑programmet Data‑Driven Life Science (DDLS) och doktoranden kommer att ingå i DDLS Research School.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Doktoranden kommer att bedriva ett projekt med målet att etablera en virtuell screeningsplattform för omprogrammering av immunceller. Doktoranden kommer att arbeta med multiplexade enkelcellsdataset för att identifiera inducerade immuncellstillstånd och de transkriptionsfaktorkombinationer som driver dessa, samt förutsäga nya kombinationer med hjälp av maskininlärningsmetoder. Projektet omfattar bland annat att:

• analysera enkelcells- och multiomics‑data genererade i experiment för omprogrammering av immunceller
• utveckla och tillämpa beräkningsmässiga arbetsflöden för annotering, integrering och modellering av celltillstånd
• tillämpa statistiska och matematiska modeller för att förstå och förutsäga beslut om immuncellöde
• identifiera transkriptionsfaktorkombinationer kopplade till specifika immuncellöden
• bidra till tolkning och presentation av resultat i nära samarbete med experimentella forskare
• delta i DDLS Research School och andra relevanta forskarutbildningsaktiviteter
• presentera forskningsresultat muntligt och skriftligt vid gruppmöten, konferenser och i vetenskapliga publikationer

Krav för anställningen är:

• masterexamen eller motsvarande inom bioinformatik, beräkningsbiologi, systembiologi, bioteknik, biomedicin, datavetenskap eller närliggande område
• dokumenterad erfarenhet av analys av nästa generations sekvenseringsdata, företrädesvis enkelcells‑RNA‑sekvensering och/eller andra omics‑data
• dokumenterade färdigheter i programmering eller skriptning, exempelvis i Python och/eller R
• erfarenhet av relevanta bioinformatiska verktyg eller ramverk, såsom Seurat, Scanpy eller motsvarande
• god förmåga att arbeta självständigt och i samarbete inom en multidisciplinär forskningsmiljö
• god muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska

Meriterande för tjänsten är:

• tidigare erfarenhet inom cancerimmunologi, immunterapi eller hematopoes-/immunologirelaterad forskning
• erfarenhet av integrering av multiomics‑data och statistisk modellering
• kännedom om maskininlärningsmetoder för biologiska data
• erfarenhet av datavisualisering eller utveckling av användarvänliga verktyg för delning av biologiska data

Stor vikt läggs även vid samarbetsförmåga, drivkraft och självständighet samt vid den sökandes förmåga att, genom sin erfarenhet och kompetens, tillgodogöra sig utbildningen på forskarnivå. Vetenskaplig kompetens är det viktigaste bedömningskriteriet. Vid urvalet beaktas den sökandes forskningsprofil, erfarenhet och kunskaper.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som:

• har avlagt examen på avancerad nivå, eller
• har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
• på annat sätt inom eller utom landet har förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Anställning av doktorander regleras i högskoleförordningen (1998:80). Endast den som är eller har blivit antagen till utbildning på forskarnivå får anställas som doktorand. Vid beslut om anställning ska i första hand den sökandes förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen beaktas. Utöver studierna kan doktoranden komma att utföra institutionstjänstgöring såsom undervisning, forskning och administration enligt gällande bestämmelser.

Anställningsform

Tidsbegränsad anställning om fyra år enligt HF 5 kap. 7 §. Tillträdesdatum är 1 oktober 2026 eller enligt överenskommelse.

Så här ansöker du:

Ansökan görs via Lunds universitets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla:

• ett personligt brev (max en sida) där du beskriver ditt intresse för tjänsten och hur du uppfyller kvalifikationskraven
• CV med publikationslista samt beskrivning av tidigare beräkningsarbete (en sida)
• kopior av examensbevis
• två rekommendationsbrev
• eventuella övriga handlingar som du önskar åberopa (t.ex. betygsutdrag, kontaktuppgifter till referenser m.m.)