Doktorand i AI-driven proteindesign

Beskrivning av verksamheten

Doktoranden kommer att arbeta i ett team vid Centrum för molekylär proteinvetenskap (CMPS), institutionen för kemi vid Lunds universitet. Projektgruppen samlar experter inom proteindesign, halvledarfysik, artificiell intelligens och biofysikalisk kemi. Doktoranden kommer att arbeta tillsammans med ett team bestående av 2–3 doktorander och 2–3 postdoktorala forskare. Doktoranden kommer att integreras i en forskargrupp med både beräkningsmässig och experimentell profil, med forskning inom proteindesign, strukturprediktion, analys av kodonanvändning och maskininlärning.

Att vara doktorand

Som doktorand är du både antagen som student och anställd vid Lunds universitet.

Som forskarstuderande tränas du i ett vetenskapligt förhållningssätt. Det kan kort beskrivas som att du får övning i att tänka kritiskt och analytiskt, att du får lösa problem självständigt med hjälp av rätt metodval och du får en forskningsetisk medvetenhet. Dessutom ges möjlighet för dig som doktorand att arbeta med projekt, att utveckla dina ledaregenskaper och din pedagogiska förmåga. Under hela din studietid guidas du av handledare. Forskarstudierna avslutas med en avhandling och doktorsexamen.

Ämnes- och projektbeskrivning           

Doktoranden kommer att ansluta till ett projekt med fokus på att utveckla proteinbaserade elektroniska komponenter, med det långsiktiga målet att möjliggöra produktion av halvledarkomponenter direkt i celler. Detta specifika doktorandprojekt syftar till att utveckla metoder för att designa tvådimensionella proteingitter som fungerar som byggnadsställningar för att fästa andra proteinsammansättningar med exakt geometri, och därigenom skapa molekylära strukturer som kan överföra elektroner och interagera med ljus. Sådana sammansättningar har även tillämpningar inom biomedicin, och arbete kommer också att bedrivas för att utveckla användningsområden inom detta område.

Det huvudsakliga målet är att utveckla beräkningsmetoder, baserade på djupinlärningsdriven proteindesign, för framgångsrik design av tvådimensionella gitterstrukturer. Dessa metoder kommer därefter att användas för att generera designer som är avsedda för experimentell utvärdering.

Arbetsuppgifter

Du kommer framförallt att ägna dig åt din forskarutbildning, vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser, seminarier och konferenser.

Arbetsuppgifterna innefattar:

• Du kommer att utveckla metoder för AI-driven proteindesign
• Du kommer att ta fram designsekvenser avsedda för experimentell testning
• Du kommer att samarbeta med en doktorand som huvudsakligen ansvarar för den experimentella testningen
• Om du är intresserad kan viss experimentell testning genomföras
• Du kommer att delta i projektmöten och sammanfatta resultat
• Du kommer att hålla dig uppdaterad om utvecklingen inom området proteindesign
• I arbetsuppgifterna ingår det även att medverkan i undervisning och annat institutionsarbete (dock max 20 % av arbetstiden).

Kvalifikationer

För att kunna antas och anställas som doktorand behöver du uppfylla kraven nedan.

Behörighetskrav

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå uppfyller du som har:

• avlagd examen på avancerad nivå eller
• fullgjorda kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Särskild behörighet för biokemi uppfyller du som har:

• Minst 120 högskolepoäng ska utgöras av kemikurser, inkluderande grundläggande kurs i biokemi eller cellbiologi,
• minst 30 högskolepoäng examensarbete på avancerad nivå inom den valda inriktningen eller närbesläktade inriktningar.
• Den särskilda behörigheten kan också ha erhållits genom annan motsvarande utbildning, vilket prövas i varje enskilt fall

Studieplanen kommer att uppdateras den 12 juni och det är den versionen som man kommer att studera efter.

Övriga krav

För att tillgodogöra sig den aktuella forskarutbildningen krävs även:  

• Mastersstudier inom ett program som ger god förberedelse för forskning och tillämpning av bioinformatiska metoder och maskininlärning på sekvenser och molekyler. Detta kan vara ett program inom bioinformatik, beräkningsbiologi, maskininlärning, molekylär bioteknik, beräkningskemi, molekylfysik eller datavetenskap.
• Starka beräkningsmässiga färdigheter med betydande erfarenhet av programmering i Python.
• Kompetens i att använda AI- och maskininlärningsverktyg inom molekylärvetenskap.
• En utbildningsbakgrund som inkluderar kurser inom molekylära ämnen, inklusive proteinstruktur.
• Den sökande bör också ha god analytisk förmåga (problemlösning), vara initiativtagande, visa samarbetsförmåga samt vara uthållig.
• Kunskaper som krävs (var gärna specifik eftersom det är lättare att bedöma).
• god förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
• god förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation
• mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift

Meriterande

För den aktuella forskarutbildningen är följande meriterande:  

• Erfarenhet av AI-driven proteindesign är mycket meriterande.
• Erfarenhet av proteinexpression och proteinrening är meriterande.
• Erfarenhet av att utveckla djupinlärningsmodeller för molekylära studier, särskilt inom proteinvetenskap, är mycket meriterande.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension.

Mer om att jobba på Lunds universitet på lu.se. https://www.lu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss

Om anställningen

Anställningen är en visstidsanställning på heltid, med start 2026-08-01 eller enligt överenskommelse. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad. Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Mer om anställningsvillkor för doktorander på Lunds universitets medarbetarwebb. https://www.medarbetarwebben.lu.se/forska-och-utbilda/stod-till-forskning/utbildning-pa-forskarniva/anstallningsvillkor-doktorander

Så här söker du

Ansökan ska skrivas på engelska och till din ansökan ska du bifoga:

• CV och personligt brev med motivering till varför du är intresserad av utbildningsplatsen/anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund.
• Kopior på utfärdade studieintyg och/eller examensbevis. Dessa ska styrka din grundläggande och särskilda behörighet till forskarutbildningsämnet och visa att du har de ämneskunskaper som krävs för forskarutbildningsprojektet.
• Övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).

Välkommen med din ansökan!